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- PDB-7sfy: Crystal structure of human Mis18ab_cc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfy
タイトルCrystal structure of human Mis18ab_cc
要素
  • Protein Mis18-alpha
  • Protein Mis18-beta
キーワードCELL CYCLE / Mis18ab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle ...chromocenter / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mis18 domain / Mis18 domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Mis18-beta / Protein Mis18-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Park, S.H. / Cho, U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK111465 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Mis18 Complex Assembly: Implications for Centromere Maintenance
著者: Park, S.H. / Shimanaka, K. / Cho, U.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mis18-alpha
B: Protein Mis18-alpha
C: Protein Mis18-beta
D: Protein Mis18-alpha
E: Protein Mis18-alpha
F: Protein Mis18-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7476
ポリマ－30,7476
非ポリマー00
水28816
1
A: Protein Mis18-alpha
B: Protein Mis18-alpha
C: Protein Mis18-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3743
ポリマ－15,3743
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
2
D: Protein Mis18-alpha
E: Protein Mis18-alpha
F: Protein Mis18-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3743
ポリマ－15,3743
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.501, 101.815, 88.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Protein Mis18-alpha / FAPP1-associated protein 1


分子量: 5283.056 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIS18A, C21orf45, C21orf46, FASP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYP9
#2: タンパク質・ペプチド Protein Mis18-beta / Cancer/testis antigen 86 / CT86 / Opa-interacting protein 5 / OIP-5


分子量: 4807.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OIP5, MIS18B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43482
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Magnesium acetate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12467 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 49.32 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 600 / CC1/2: 0.912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.28 Å / SU ML: 0.289 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.2322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 655 5.32 %
Rwork0.2477 11650 -
obs0.2494 12305 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1627 0 0 16 1643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06922183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0469268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.65941051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.44141430.39932233X-RAY DIFFRACTION97.42
2.69-2.960.40751280.35132293X-RAY DIFFRACTION98.49
2.96-3.390.33621170.29972318X-RAY DIFFRACTION98.86
3.39-4.270.25591170.21362372X-RAY DIFFRACTION99.68
4.27-44.280.23131500.20432434X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.880665531160.4792279731932.029736944024.41603091565-1.596415127563.284052501331.771381357121.63037300203-0.36588900528-0.192262696111.09023804935-1.337308901511.219762890511.89180707641-0.9090260070120.9517936788760.055071175471-0.03151820432851.47500717734-0.3057522209091.3125625492615.873105475415.8428249268-32.8093965676
210.12353341865.792465927415.123843027535.377754898984.824474463985.169645969850.238386785497-0.01944537082050.172518070570.56618885266-0.129558721160.2130571667661.045340313730.182580456355-0.2951894243160.5047685919230.07227010278320.02450055120720.4180971776660.1429556236110.46142270452219.219321082724.9827765874-14.6890043004
33.378330210830.9479496202621.840568423410.6522730948180.4672494693122.63211680542-0.01340251989550.7683657113590.3336843286210.0106606201865-0.106731058948-0.03260367859820.04169048797221.354850101-0.01321973970320.4418688160620.0162464457990.004663789714940.952611197518-0.000716869565580.51814552341727.71731585127.5128976715-18.1105828009
49.301165847212.651517186373.00663226685.449867252741.653823024626.67180141479-0.5971374585890.5851232236270.853948961287-0.2221184786940.1524827725740.373425719551-0.7345183661370.1279000243360.3497282203780.607756356423-0.023985667450.07737897715080.7231548085950.08687042300810.53237504506917.229669798232.1088186799-21.2743383625
54.68280880064-2.619824657923.200933106945.30596247824-2.048320488613.81999677716-0.173545800793-1.095665290940.195857026270.5654356119320.4140971257740.52979782565-0.377501472042-1.43726893851-0.1811933728710.593999935209-0.04730440789040.01564756061331.44168722711-0.2970654638740.649707258079.1846346567225.33593828735.1297740657
65.99294111228-1.269570709352.262135138585.076159876631.296068839224.918923661660.1865593531710.193324475331-0.509814420337-0.06022624655690.0243264028990.2228152873540.416366408505-0.0564997568515-0.1514524198650.4857330288490.0287140252936-0.06428856872850.772832117705-0.09918136311050.50370899174110.96245344721.8078638496-4.76056677581
78.75846423813-3.205039932252.666404113364.28918422702-5.787922399627.959560776630.06963442220310.07366223136550.4133830326990.351308086529-0.348760822195-0.304074489431-0.1957888110960.1511825895370.2317956128560.631819297994-0.134985578744-0.04317081313430.418742173336-0.1005262481010.53580326843818.136922514224.89103657220.682180753651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 193 through 197 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 198 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 188 through 231 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 190 through 222 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 199 through 227 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 197 through 227 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 192 through 218 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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