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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sfy | ||||||
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Title | Crystal structure of human Mis18ab_cc | ||||||
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![]() | CELL CYCLE / Mis18ab complex | ||||||
Function / homology | ![]() chromocenter / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle ...chromocenter / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, S.H. / Cho, U. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for Mis18 Complex Assembly: Implications for Centromere Maintenance Authors: Park, S.H. / Shimanaka, K. / Cho, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 113.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 74.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7sfzC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 5283.056 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 4807.607 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Magnesium acetate, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 12467 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 49.32 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 600 / CC1/2: 0.912 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 91.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→44.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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