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- PDB-7sft: Filamin complex-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sft
タイトルFilamin complex-2
要素
  • Filamin-A
  • Integrin alpha-IIb light chain, form 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / filamin / integrin / inside-out signaling / outside-in signaling / cell adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / formation of radial glial scaffolds / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / actin crosslink formation / blood coagulation, intrinsic pathway ...regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / formation of radial glial scaffolds / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / actin crosslink formation / blood coagulation, intrinsic pathway / tubulin deacetylation / OAS antiviral response / positive regulation of actin filament bundle assembly / integrin alphaIIb-beta3 complex / positive regulation of neuron migration / protein localization to bicellular tight junction / platelet alpha granule membrane / Fc-gamma receptor I complex binding / fibrinogen binding / Cell-extracellular matrix interactions / apical dendrite / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of platelet activation / extracellular matrix binding / protein localization to cell surface / positive regulation of leukocyte migration / wound healing, spreading of cells / integrin complex / podosome / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SMAD binding / receptor clustering / cortical cytoskeleton / RHO GTPases activate PAKs / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / semaphorin-plexin signaling pathway / cilium assembly / mitotic spindle assembly / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / potassium channel regulator activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein sequestering activity / regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / dendritic shaft / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / protein localization to plasma membrane / actin filament / establishment of protein localization / mRNA transcription by RNA polymerase II / G protein-coupled receptor binding / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cell-cell adhesion / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / cerebral cortex development / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of protein import into nucleus / small GTPase binding / platelet aggregation / kinase binding / integrin binding / Z disc / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / actin cytoskeleton / growth cone / GTPase binding / actin cytoskeleton organization / angiogenesis / perikaryon / blood microparticle / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / postsynapse / protein stabilization / cadherin binding / external side of plasma membrane / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / : ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / Calponin homology domain / FG-GAP repeat / Calponin homology (CH) domain / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-IIb / Filamin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Liu, J. / Qin, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL58758 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL73311 米国
American Heart Association18CDA34110364 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2023
タイトル: A mechanism of platelet integrin alpha IIb beta 3 outside-in signaling through a novel integrin alpha IIb subunit-filamin-actin linkage.
著者: Liu, J. / Lu, F. / Ithychanda, S.S. / Apostol, M. / Das, M. / Deshpande, G. / Plow, E.F. / Qin, J.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamin-A
B: Integrin alpha-IIb light chain, form 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3452
ポリマ－12,3452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7820 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Filamin-A / FLN-A / Actin-binding protein 280 / ABP-280 / Alpha-filamin / Endothelial actin-binding protein / ...FLN-A / Actin-binding protein 280 / ABP-280 / Alpha-filamin / Endothelial actin-binding protein / Filamin-1 / Non-muscle filamin


分子量: 9762.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLNA, FLN, FLN1 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: P21333
#2: タンパク質・ペプチド Integrin alpha-IIb light chain, form 2


分子量: 2581.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B, GP2B, ITGAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08514

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-1H NOESY
123isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic23D HN(CO)CA
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
161isotropic23D HN(CA)CB
171isotropic23D 1H-15N NOESY
182isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] filamin Ig21, 2 mM Integrin alpha-IIb light chain, 90% H2O/10% D2Oin 50mM 20% PIP2 inserted PSPC vesicle buffer solution15N-13C90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N; U-2H] filamin Ig21, 2 mM Integrin alpha-IIb light chain, 90% H2O/10% D2Oin 50mM 20% PIP2 inserted PSPC vesicle buffer solution2D-15N90% H2O/10% D2O
solution32 mM Integrin alpha-IIb light chain, 0.05 mM GST-filamin-Ig21, 90% H2O/10% D2Oin 50mM 20% PIP2 inserted PSPC vesicle buffer solutiontr-NOE90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMfilamin Ig21[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mMIntegrin alpha-IIb light chainnatural abundance1
1 mMfilamin Ig21[U-15N; U-2H]2
2 mMIntegrin alpha-IIb light chainnatural abundance2
2 mMIntegrin alpha-IIb light chainnatural abundance3
0.05 mMGST-filamin-Ig21natural abundance3
試料状態詳細: 25mM Sodium Phosphate PH 6.4, 5mM NaCl, 1mM TCEP / イオン強度: 61 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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