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- PDB-7sff: Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sff
タイトルHuman DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3852279B
要素
  • (DNA (12-MER)) x 2
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / epigentics / DNA methytransferase fold / maintenance methylation / inhibition / DNA binding protein / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / DNA methylation-dependent heterochromatin formation ...chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / female germ cell nucleus / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / pericentric heterochromatin / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / replication fork / Defective pyroptosis / promoter-specific chromatin binding / cellular response to amino acid stimulus / NoRC negatively regulates rRNA expression / methylation / negative regulation of gene expression / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / CXXC zinc finger domain / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C79 / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Horton, J.R. / Pathuri, S. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of dicyanopyridine containing DNMT1-selective, non-nucleoside inhibitors.
著者: Horton, J.R. / Pathuri, S. / Wong, K. / Ren, R. / Rueda, L. / Fosbenner, D.T. / Heerding, D.A. / McCabe, M.T. / Pappalardi, M.B. / Zhang, X. / King, B.W. / Cheng, X.
履歴
登録2021年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
C: DNA (12-MER)
D: DNA (12-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,29314
ポリマ－106,1473
非ポリマー1,14611
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.720, 78.237, 117.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.928, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-103-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Dnmt1 / CXXC-type zinc finger protein 9 / DNA methyltransferase HsaI / M.HsaI / MCMT


分子量: 98803.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT1, AIM, CXXC9, DNMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: P26358, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (12-MER)


分子量: 3678.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (12-MER)


分子量: 3665.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 361分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-C79 / (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide


分子量: 488.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23F3N6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.75 Å / Num. obs: 71672 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 36.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6373 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.395

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6X9J

6x9j


解像度: 2.05→38.75 Å / SU ML: 0.2547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.3733
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 1996 2.79 %
Rwork0.1815 69577 -
obs0.1825 71573 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6476 487 70 350 7383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60610029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04331081
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.90962668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.30571170.26754170X-RAY DIFFRACTION81.38
2.1-2.160.27961330.24224594X-RAY DIFFRACTION90.26
2.16-2.230.25971370.23714801X-RAY DIFFRACTION93.84
2.23-2.30.28811430.23844962X-RAY DIFFRACTION96.39
2.3-2.380.27171430.22534982X-RAY DIFFRACTION98.33
2.38-2.470.2551460.2175079X-RAY DIFFRACTION99.13
2.47-2.590.25141460.2085063X-RAY DIFFRACTION99.09
2.59-2.720.23491460.19875125X-RAY DIFFRACTION99.83
2.72-2.890.22441470.20435122X-RAY DIFFRACTION99.91
2.89-3.120.251470.19495112X-RAY DIFFRACTION99.94
3.12-3.430.21061470.18165140X-RAY DIFFRACTION99.55
3.43-3.930.20121460.16145051X-RAY DIFFRACTION98.5
3.93-4.950.16391480.14065160X-RAY DIFFRACTION99.57
4.95-38.750.2011500.1645216X-RAY DIFFRACTION98.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.37737185814-0.5714268915793.657842137431.92047268152-0.8908325966783.993410136610.01371491631690.0852338857885-0.3509743606970.0465102978817-0.0890047068635-0.3208674813130.1785123808160.4051362659170.04221201254820.4301166486420.150238609295-0.01317777754020.413905939712-0.04535609206470.3482060210884.97476576154-10.929530857729.2982845671
20.8518476811810.6634258555561.169335902734.67029008293-0.3751264556422.176785686950.152345693985-0.1802320561220.51807705601-0.0766530041814-0.287542279132-0.584952581590.09359368633780.3197546257090.0927891550190.280819575408-0.0538999026073-0.02049192897970.468499380999-0.06647135345580.417011355824-2.8540242968820.537010374131.8496381924
38.14335216414.81617151659-1.459886408562.94762063893-1.019067955080.3242037794480.221440448625-1.492816273890.5811353999230.40646143186-0.1176712398250.152816964699-0.172800580057-0.1089914734-0.1589439614250.440713750825-0.03208972231350.06685745789650.870495177649-0.01949062916410.481814355395-30.74623916519.819988514741.3727923529
42.72872354803-0.9423909603290.2628785615150.7344864786770.06258883529081.24399096874-0.0719759740098-0.1501620566630.0375090356663-0.01896833748630.162862938860.05754456820690.0669686548389-0.100643480467-0.04202378665240.271834650485-0.0578508888641-0.02152396075360.2074518324160.04943759625970.184409838152-34.95479738997.0250871876321.2258772135
59.0881784491-2.651187691141.089542843966.510350667431.294801620197.812106314280.04931998561691.30428394856-0.624711698071-0.8414353003580.6341813632980.9420366141610.04560961751611.08238386814-0.6056751988190.72775703128-0.163741806651-0.1443720097310.7582625358550.2574900562080.718802221536-46.6918296913-9.1190901071130.9875071548
66.415287531014.998900472473.475058501376.581446512324.677117590573.34396113443-0.9385348586890.194227799165-0.178302871881-1.136971139750.4189494048680.786667293323-0.8973172814140.4600864914540.5788296905690.9583279607630.103277062775-0.1880154195721.172055421380.04303640015380.78898443666-46.1713291489-8.5899581986830.2800653327
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 730 through 878 )AA730 - 8781 - 149
22chain 'A' and (resid 879 through 951 )AA879 - 951150 - 222
33chain 'A' and (resid 952 through 1013 )AA952 - 1013223 - 284
44chain 'A' and (resid 1014 through 1600 )AA1014 - 1600285 - 842
55chain 'C' and (resid 1 through 12 )CB1 - 12
66chain 'D' and (resid 13 through 24 )DC13 - 24

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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