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- PDB-7sf0: Crystal structure of Vaccinia Virus decapping enzyme D9 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sf0
タイトルCrystal structure of Vaccinia Virus decapping enzyme D9 in complex with trinucleotide substrate
要素DNA repair NTP-phosphohydrolase
キーワードVIRAL PROTEIN / Nudix / decapping / mRNA cap
機能・相同性Viral protein D9 / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / hydrolase activity / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NTP-phosphohydrolase
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95000442951 Å
データ登録者Peters, J.K. / Tibble, R.W. / Warminski, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM078360 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5F32GM133084 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of the poxvirus decapping enzyme D9 reveals its mechanism of cap recognition and catalysis.
著者: Peters, J.K. / Tibble, R.W. / Warminski, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D.
履歴
登録2021年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年2月28日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair NTP-phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6325
ポリマ－26,1021
非ポリマー5304
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.74, 139.99, 76.02
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

HOH

21A-495-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA repair NTP-phosphohydrolase / MutT motif/mRNA decapping enzyme / NTP-phosphohydrolase / Putative D9R


分子量: 26102.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
遺伝子: D9R, VACV_BRZ_SERRO2_112, VACV_CTGV_ALEH2_114, VACV_CTGV_CG04_114, VACV_CTGV_MI233-114, VACV_CTGV_VI04_114, VAC_IHDW1_116, VAC_TKT3_104, VAC_TKT4_104, VAC_TP3_119, VAC_TP5_119, VACV_CTGV_ ...遺伝子: D9R, VACV_BRZ_SERRO2_112, VACV_CTGV_ALEH2_114, VACV_CTGV_CG04_114, VACV_CTGV_MI233-114, VACV_CTGV_VI04_114, VAC_IHDW1_116, VAC_TKT3_104, VAC_TKT4_104, VAC_TP3_119, VAC_TP5_119, VACV_CTGV_CM01_114, VACV_TT10_141, VACV_TT11_141, VACV_TT12_141, VACV_TT8_141, VACV_TT9_141
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L7QJE0
#2: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-二りん酸


分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium sulfate, PEG3350, Bis Tris propane pH 7.5, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→70 Å / Num. obs: 20891 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 31.7254807362 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08334 / Net I/σ(I): 20.86
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 1.142 / Num. unique obs: 2021

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SEZ

7sez


解像度: 1.95000442951→69.995 Å / SU ML: 0.24573610686 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34831509729 / 位相誤差: 24.8199895987
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247087454328 2000 9.57441715736 %
Rwork0.200953188538 18889 -
obs0.205288343236 20889 99.7469200649 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.461745743 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95000442951→69.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1717 0 32 169 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004659025419681775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9190786134832393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345373871298268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00355474979398300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6509348168675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95000442951-1.99880.3693283224731360.286329434351284X-RAY DIFFRACTION97.8635423846
1.9988-2.05280.2726904809831420.2373496238041339X-RAY DIFFRACTION99.7306397306
2.0528-2.11320.3068188031351390.2240076976631318X-RAY DIFFRACTION99.7262149213
2.1132-2.18140.270730216531410.2002104737971332X-RAY DIFFRACTION99.7967479675
2.1814-2.25940.2645915727481410.2086233809021331X-RAY DIFFRACTION99.72899729
2.2594-2.34990.2679526181161410.2165982456811331X-RAY DIFFRACTION99.9321113374
2.3499-2.45680.2368361667011430.1980208584121352X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.58640.2800711704081420.2111868290341338X-RAY DIFFRACTION100
2.5864-2.74840.2581597071931430.2162525014151344X-RAY DIFFRACTION99.9327956989
2.7484-2.96060.2340810928681430.2029421620011362X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.25860.2480815968831440.2009545351051351X-RAY DIFFRACTION100
3.2586-3.73010.2497018610391450.1940984787641373X-RAY DIFFRACTION99.8684210526
3.7301-4.69930.2112459975111460.1685652648641379X-RAY DIFFRACTION100
4.6993-69.9950.2359062998661540.2089972579881455X-RAY DIFFRACTION99.9378881988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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