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万見
- PDB-7sek: Solution structure of the zinc finger domain of murine MetAP1, co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sek
タイトルSolution structure of the zinc finger domain of murine MetAP1, complexed with ZNG N-terminal peptide
要素COBW domain-containing protein 1,Methionine aminopeptidase 1 fusion
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metallochaperone / zinc finger / COG0523 / METAP1
機能・相同性
機能・相同性情報


Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / : / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW-like, C-terminal / CobW-like, C-terminal domain superfamily / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase ...Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW-like, C-terminal / CobW-like, C-terminal domain superfamily / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine aminopeptidase 1 / COBW domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Edmonds, K.A. / Jordan, M.R. / Thalluri, K. / Wu, H. / Di Marchi, R. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118157 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI101171 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM109825 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM131994 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Zn-regulated GTPase metalloprotein activator 1 modulates vertebrate zinc homeostasis.
著者: Weiss, A. / Murdoch, C.C. / Edmonds, K.A. / Jordan, M.R. / Monteith, A.J. / Perera, Y.R. / Rodriguez Nassif, A.M. / Petoletti, A.M. / Beavers, W.N. / Munneke, M.J. / Drury, S.L. / Krystofiak, ...著者: Weiss, A. / Murdoch, C.C. / Edmonds, K.A. / Jordan, M.R. / Monteith, A.J. / Perera, Y.R. / Rodriguez Nassif, A.M. / Petoletti, A.M. / Beavers, W.N. / Munneke, M.J. / Drury, S.L. / Krystofiak, E.S. / Thalluri, K. / Wu, H. / Kruse, A.R.S. / DiMarchi, R.D. / Caprioli, R.M. / Spraggins, J.M. / Chazin, W.J. / Giedroc, D.P. / Skaar, E.P.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COBW domain-containing protein 1,Methionine aminopeptidase 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0873
ポリマ－8,9561
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, inductively coupled plasma mass spectrometry confirms the presence of two zinc ions.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 COBW domain-containing protein 1,Methionine aminopeptidase 1 fusion / Cobalamin synthase W domain-containing protein 1 / MAP 1 / MetAP 1 / Peptidase M 1


分子量: 8956.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cbwd1, Metap1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8VEH6, UniProt: Q8BP48, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D C(CO)NH
192isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1162isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1152isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1142isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1132isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1121isotropic13d Har(CC-TOCSY-CGCBCACO)NH
1193isotropic12D 1H-13C HSQC CT
1183isotropic12D 1H-13C HSQC CT
1171isotropic12D 1H-15N HSQC long-range
1212isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1202isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12 mM [U-13C; U-15N] ZNG-Metap1 fusion, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 0.3 mM DSS, 90% H2O/10% D2OH2O90% H2O/10% D2O
solution22 mM [U-13C; U-15N] ZNG-Metap1 fusion, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 0.3 mM DSS, 100% D2OD2O100% D2O
solution32 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] ZNG-Metap1 fusion, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 0.3 mM DSS, 100% D2O10% 13C100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMZNG-Metap1 fusion[U-13C; U-15N]1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
0.3 mMDSSnatural abundance1
2 mMZNG-Metap1 fusion[U-13C; U-15N]2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mMTCEPnatural abundance2
0.3 mMDSSnatural abundance2
2 mMZNG-Metap1 fusion[U-10% 13C; U-100% 15N]3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
2 mMTCEPnatural abundance3
0.3 mMDSSnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: standard / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Varian VNMRSVarianVNMRS8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert P.精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin4.0.9Bruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
NMRFAM-SPARKYNMRFAMデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
hmsISTHyberts, Wagner解析
CYANA3.98.13Guntert P.structure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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