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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sdb
タイトルStructure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Legionella pneumophila str. Paris in complex with myo-inositol hexakisphosphate
要素Myo-inositol phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Phytase / PTP fold / myo-inositol phosphate / effector protein
機能・相同性INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Tyrosine protein phosphatase
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila str. Paris (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cleland, C.P. / Mosimann, S.C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Legionella pneumophila str. Paris in complex with myo-inositol hexakisphosphate
著者: Cleland, C.P. / Mosimann, S.C.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02025年2月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_modification_feature.label_seq_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand geometry
詳細: The new coordinate file contains improvements to the ligand geometry of myo-inositolhexakisphosphate which is bound in the active site of the enzyme. We have also supplied a .cif file (IKP) ...詳細: The new coordinate file contains improvements to the ligand geometry of myo-inositolhexakisphosphate which is bound in the active site of the enzyme. We have also supplied a .cif file (IKP) for the ligand which we refined against. This deposited .cif file represents the -12 charge form of myo-inositolhexakisphosphate. There are no protons on oxygen atoms.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0472
ポリマ－36,3871
非ポリマー6601
水6,864381
1
A: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子

A: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0944
ポリマ－72,7742
非ポリマー1,3202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.309, 62.456, 95.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Myo-inositol phosphohydrolase


分子量: 36387.078 Da / 分子数: 1 / 変異: C231S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila str. Paris (バクテリア)
遺伝子: DIZ57_08055 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AB38NCK8
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM Tris HCl (7.4), 12% PEG 4000, 40 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.08 Å / Num. obs: 25244 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.81
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Num. unique obs: 2528

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrysalisProv41.108aデータ削減
CrysalisProv41.108aデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TVV

4tvv


解像度: 2→24.08 Å / SU ML: 0.1743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.1001
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 1999 7.93 %
Rwork0.1605 23200 -
obs0.1636 25199 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 36 381 2753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57783313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9406907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.21591360.17791573X-RAY DIFFRACTION94.73
2.05-2.110.20461390.17061631X-RAY DIFFRACTION97.2
2.11-2.170.21321400.16961622X-RAY DIFFRACTION97.03
2.17-2.240.19211380.16951630X-RAY DIFFRACTION96.72
2.24-2.320.23981440.16681612X-RAY DIFFRACTION96.7
2.32-2.410.19361370.16511633X-RAY DIFFRACTION97.41
2.41-2.520.23311400.16591645X-RAY DIFFRACTION97.92
2.52-2.650.221440.16311666X-RAY DIFFRACTION98.85
2.65-2.820.22761410.16951672X-RAY DIFFRACTION98.8
2.82-3.040.2181420.17411681X-RAY DIFFRACTION99.24
3.04-3.340.19561480.15561697X-RAY DIFFRACTION99.62
3.34-3.820.16951500.14581712X-RAY DIFFRACTION99.52
3.82-4.810.16161520.13861705X-RAY DIFFRACTION97.84
4.81-24.080.20031480.16651721X-RAY DIFFRACTION94.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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