+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sbd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Murine Fab/IgE in complex with profilin from Hevea brasieliensis (Hev b 8) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Allergen / IgE/Fab fragment / complex / ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rodriguez-Romero, A. / Garcia-Ramirez, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: A native IgE in complex with profilin provides insights into allergen recognition and cross-reactivity. 著者: Garcia-Ramirez, B. / Mares-Mejia, I. / Rodriguez-Hernandez, A. / Cano-Sanchez, P. / Torres-Larios, A. / Ortega, E. / Rodriguez-Romero, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 88.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 757.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 759.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 23226.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23616.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 14636.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% Tacsimate, pH 6.0, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.04→29.42 Å / Num. obs: 12929 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 68.58 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.12 |
反射 シェル | 解像度: 3.04→3.152 Å / Rmerge(I) obs: 0.271 / Num. unique obs: 1181 / CC1/2: 0.853 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entries 1BAF & 5FDS 解像度: 3.04→29.42 Å / SU ML: 0.3831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7292 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.04→29.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|