PDB-7sal: Crystal Structure of LaM6 Nanobody bound to mCherry

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sal

タイトル

Crystal Structure of LaM6 Nanobody bound to mCherry

要素

LaM6
mCherry

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / affinity tag / fluorescent protein

生物種

Discosoma sp. (イソギンチャク)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Cong, A.T.Q. / Schellenberg, M.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: High-efficiency recombinant protein purification using mCherry and YFP nanobody affinity matrices.
著者: Cong, A.T.Q. / Witter, T.L. / Schellenberg, M.J.

履歴

登録	2021年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sal.cif.gz	415.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sal.ent.gz	345.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sal_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sal_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	7sal_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	7sal_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sal	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7sahC 7saiC 7sajC 7sakC 2h5qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mCherry

B: mCherry

C: LaM6

D: LaM6

ヘテロ分子

84.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mCherry

D: LaM6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mCherry

C: LaM6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.083, 87.948, 74.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	mCherry 分子量: 26996.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	LaM6 分子量: 15157.757 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM MIB buffer with 25% (w/v) PEG1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 66672 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.057 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 492694

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.92-1.99	5.7	0.949	6712	0.528	0.425	1.046	0.975	99.1
1.99-2.07	7.4	0.71	6675	0.784	0.276	0.764	1.013	99.9
2.07-2.16	7.6	0.501	6724	0.881	0.192	0.539	1.09	99.9
2.16-2.28	7.7	0.374	6682	0.938	0.142	0.402	1.102	99.9
2.28-2.42	7.4	0.264	6658	0.965	0.101	0.283	1.094	99.5
2.42-2.61	7.3	0.189	6666	0.98	0.073	0.203	1.066	98.6
2.61-2.87	8.1	0.133	6724	0.991	0.048	0.142	1.056	99.5
2.87-3.28	7.8	0.089	6647	0.995	0.033	0.095	1.024	98.7
3.28-4.14	7.3	0.061	6588	0.997	0.023	0.065	1.061	97.4
4.14-50	7.6	0.055	6596	0.997	0.02	0.059	1.062	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2h5q

2h5q

解像度: 1.93→49.97 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	1975	2.96 %
R_work	0.1613	64684	-
obs	0.1621	66659	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 330.85 Å² / B_iso mean: 47.3459 Å² / B_iso min: 20.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→49.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5324	0	28	507	5859
B_iso mean	-	-	266.14	47.3	-
残基数	-	-	-	-	678

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.93-1.98	0.2499	131	0.2592	4327	4458	93
1.98-2.03	0.2722	139	0.2275	4692	4831	100
2.03-2.09	0.2808	148	0.2176	4694	4842	100
2.09-2.16	0.2214	139	0.1979	4633	4772	100
2.16-2.24	0.2212	139	0.1875	4671	4810	100
2.24-2.33	0.2047	149	0.172	4689	4838	100
2.33-2.43	0.1822	141	0.1673	4630	4771	99
2.43-2.56	0.2224	144	0.1701	4608	4752	98
2.56-2.72	0.1882	143	0.1685	4655	4798	100
2.72-2.93	0.2093	140	0.1702	4675	4815	99
2.93-3.23	0.2048	143	0.1679	4664	4807	99
3.23-3.69	0.1799	132	0.149	4574	4706	97
3.69-4.65	0.156	142	0.1283	4618	4760	98
4.66-49.97	0.1754	145	0.1536	4554	4699	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9984	3.9966	-8.0017	5.3725	-3.609	7.1135	0.7458	1.2955	1.9539	-0.8239	0.2808	1.9902	-0.8016	-1.3705	-0.8679	0.5301	0.1303	0.0393	0.4891	0.2065	0.8237	-13.585	-4.995	-7.235
2	8.1009	-6.0358	4.0517	5.0798	-5.1636	7.3429	-0.213	-0.002	0.2568	0.718	-0.0649	0.4339	-0.5646	-0.1782	0.1409	0.241	-0.0363	0.0106	0.2457	-0.0669	0.2703	-4.485	-19.884	7.441
3	6.2825	-5.3892	5.3682	7.9829	-5.3954	7.868	-0.1131	-0.1599	0.4197	0.4566	0.0479	0.2464	-0.4439	-0.1135	0.018	0.2797	-0.0258	0.0486	0.2822	-0.0655	0.3766	-1.922	-17.282	7.8
4	2.9398	-2.6086	3.8514	7.4408	-6.2092	9.0892	-0.0298	0.092	0.5392	0.0299	-0.0647	-0.1436	-0.46	-0.1607	0.1159	0.234	0.0231	0.0513	0.2798	-0.0122	0.4403	-1.177	-13.013	2.143
5	4.1153	1.3253	3.4117	1.7157	1.8666	3.2663	-0.0658	-0.0349	0.2785	-0.1079	0.0657	-0.027	-0.4131	-0.148	-0.0269	0.3033	0.0039	0.0322	0.2641	0.0061	0.3016	4.193	-24.68	6.14
6	2.3254	1.4693	-1.6704	4.3408	-0.7812	7.3722	0.2044	0.7246	0.4273	-0.4866	-0.2182	0.3828	-0.2292	-0.396	-0.0226	0.4054	0.1361	-0.0897	0.4516	0.0296	0.48	-13.404	-15.761	-10.503
7	8.9725	-6.0039	-1.3337	4.7169	0.5619	1.499	0.1278	0.1922	-0.0449	-0.0943	-0.1216	0.3502	-0.0482	-0.1993	-0.0135	0.237	-0.0185	-0.017	0.2623	-0.0239	0.3101	-6.928	-28.049	0.272
8	8.6756	-6.9393	1.0334	7.5273	-1.1819	2.2702	-0.3493	-0.3754	0.3294	0.7484	0.2218	0.2241	-0.2116	-0.2494	0.0528	0.2178	0.0088	-0.0002	0.2709	-0.0827	0.2632	-9.032	-20.496	5.607
9	7.3375	-2.6309	1.6483	8.9643	-5.0838	3.4606	0.1537	0.0579	0.1022	-0.1458	-0.3188	-0.4415	0.2501	0.4771	0.18	0.2516	0.0048	0.0356	0.2125	-0.0599	0.2184	10.635	-31.478	1.896
10	4.7384	4.3415	1.6455	3.9163	1.5245	7.7359	0.0476	0.4606	-0.7657	-0.8074	-0.3393	0.1819	0.6927	-0.1505	0.2189	0.4331	0.0694	-0.0683	0.4198	-0.0329	0.474	-9.813	-29.152	-13.352
11	4.0167	-0.7427	4.8825	3.1452	0.0809	6.3825	0.3361	0.5077	-0.0184	-0.0652	-0.2006	-0.1246	0.2365	0.3874	-0.2234	0.3369	0.0327	0.0303	0.2472	-0.0076	0.2774	4.349	-29.977	-7.586
12	3.3089	-3.762	-1.3185	5.3726	0.8787	0.7545	0.0387	0.9166	-0.8748	-0.1817	-0.2499	0.4782	0.2082	-0.1521	0.2355	0.3121	0.0123	-0.0071	0.3726	-0.0293	0.2473	-1.982	-31.215	-6.546
13	4.8963	0.517	1.0041	2.7827	0.6396	3.8735	0.1645	0.5366	0.3309	-0.3365	-0.1659	0.1086	0.039	0.0846	0.0445	0.315	0.0583	0.0123	0.1311	0.0346	0.2931	-1.838	-19.587	-4.404
14	3.0272	1.9822	2.0515	3.6361	2.2253	2.2875	-0.2916	1.107	0.0632	-0.8202	0.2464	-0.1741	-1.1485	0.8705	-0.2042	0.4855	0.0854	0.0825	0.5423	0.0335	0.4698	-0.339	-17.278	-11.581
15	8.8355	1.0059	-0.9575	6.5118	3.0112	8.9665	-0.0046	-1.3303	-1.6641	1.1644	-0.5529	-0.1122	1.2322	0.0543	0.4613	0.8899	-0.0165	0.0921	0.6794	0.255	0.7467	-22.629	-24.501	32.718
16	6.6459	-2.5175	1.598	1.1333	-0.2835	6.8233	-0.0544	-0.5348	-0.7028	0.7434	0.2958	0.9334	0.1211	-0.4328	-0.4328	0.2296	-0.0369	0.0558	0.3298	0.0208	0.271	-33.203	-7.746	19.507
17	2.3285	-5.2432	4.5533	4.1084	-3.178	6.2597	0.1813	0.3009	-0.2796	0.0396	-0.3508	-0.1075	0.2285	-0.0658	-0.1103	0.2363	-0.0288	0.0184	0.4146	0.0457	0.5993	-33.132	-9.312	16.647
18	8.5657	-4.5429	6.4985	7.2414	-3.7647	6.0066	-0.0078	-0.4676	-1.3223	0.0919	0.3647	0.2762	0.3766	-0.2426	-0.4273	0.3152	0.0066	0.089	0.328	0.079	0.3336	-26.029	-14.239	18.415
19	7.1577	2.252	5.4484	5.1668	2.389	5.8721	0.0653	-0.0028	-0.1032	0.0665	-0.0231	0.1212	0.1308	0.0768	-0.0788	0.237	0.0178	0.0257	0.2891	0.0174	0.2868	-29.289	-2.37	11.819
20	6.5391	-2.4513	2.678	4.5044	0.4857	3.907	-0.1894	-0.5721	-0.1762	0.697	0.0422	-0.2426	0.5075	0.3119	0.2002	0.612	0.0637	-0.0323	0.5831	0.1687	0.3424	-19.066	-11.587	33.724
21	3.0957	2.3591	-3.3134	9.8871	-7.0633	9.0206	0.0883	-0.364	-0.1612	0.5747	0.0828	0.3813	-0.0764	0.0035	-0.1525	0.3043	0.0008	-0.0003	0.358	-0.0019	0.248	-27.563	0.658	24.37
22	3.8543	-0.6488	-0.2481	9.1189	-4.7213	5.7684	0.0199	-0.1344	-0.4693	0.0421	0.1982	0.9929	0.48	-0.4854	-0.295	0.3227	-0.0312	0.0596	0.4102	0.024	0.326	-32.914	-7.249	24.308
23	9.8837	-5.8067	-7.089	4.3489	6.1385	9.5692	0.1672	0.3956	0.6406	-0.1642	0.038	0.067	-0.5642	-0.1966	-0.1612	0.3691	0.0113	-0.0159	0.3043	0.0385	0.3384	-27.968	9.684	6.878
24	5.204	-6.4582	5.119	8.1027	-6.517	5.338	0.2704	0.5899	-0.0087	-0.4957	-0.3568	-0.3349	0.457	0.5552	0.2498	0.2847	0.0093	0.0459	0.35	0.0125	0.3012	-19.166	0.392	7.625
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精密化 TLSグループ

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24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 138:145 )	B	138 - 145
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN C AND RESID 83:93 )	C	83 - 93
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN C AND RESID 94:95 )	C	94 - 95
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN C AND RESID 96:105 )	C	96 - 105
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN C AND RESID 106:110 )	C	106 - 110
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN C AND RESID 111:115 )	C	111 - 115
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN C AND RESID 116:121 )	C	116 - 121
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN D AND RESID 1:7 )	D	1 - 7
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN D AND RESID 8:17 )	D	8 - 17
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN D AND RESID 18:26 )	D	18 - 26
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN D AND RESID 27:39 )	D	27 - 39
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN D AND RESID 40:56 )	D	40 - 56
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN D AND RESID 57:66 )	D	57 - 66
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN D AND RESID 67:75 )	D	67 - 75
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN D AND RESID 76:90 )	D	76 - 90
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN D AND RESID 91:103 )	D	91 - 103
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN D AND RESID 104:116 )	D	104 - 116
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN D AND RESID 117:121 )	D	117 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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