+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sak | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of LaM4 Nanobody bound to mCherry | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / affinity tag / fluorescent protein | ||||||
Function / homology | DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | Discosoma sp. (sea anemone) Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.15 Å | ||||||
Authors | Cong, A.T.Q. / Schellenberg, M.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2022 Title: High-efficiency recombinant protein purification using mCherry and YFP nanobody affinity matrices. Authors: Cong, A.T.Q. / Witter, T.L. / Schellenberg, M.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sak.cif.gz | 250.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7sak.ent.gz | 203.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sak.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7sak_validation.pdf.gz | 450 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7sak_full_validation.pdf.gz | 451.3 KB | Display | |
Data in XML | 7sak_validation.xml.gz | 20.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7sak_validation.cif.gz | 32.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/7sak | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7sahC 7saiC 7sajC 7salC 2h5qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 26996.393 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Discosoma sp. (sea anemone) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 15511.113 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 |
#3: Chemical | ChemComp-PEG / |
#4: Chemical | ChemComp-CL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.21 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 20 % PEG3350, 100 mM MMT (Malic Acid, MES and TRIS) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 29, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→75 Å / Num. obs: 207109 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2H5Q Resolution: 1.15→42.15 Å / SU ML: 0.08 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 13.11 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.6 Å2 / Biso mean: 16.0711 Å2 / Biso min: 2.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.15→42.15 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|