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- PDB-7saj: Crystal Structure of LaM2 Nanobody bound to mCherry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7saj
タイトルCrystal Structure of LaM2 Nanobody bound to mCherry
要素
  • mCherry
  • nanobody LaM2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / affinity tag / fluorescent protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Cong, A.T.Q. / Schellenberg, M.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: High-efficiency recombinant protein purification using mCherry and YFP nanobody affinity matrices.
著者: Cong, A.T.Q. / Witter, T.L. / Schellenberg, M.J.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mCherry
B: nanobody LaM2
C: mCherry
D: nanobody LaM2
E: mCherry
F: nanobody LaM2
G: mCherry
H: nanobody LaM2
I: mCherry
J: nanobody LaM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,23310
ポリマ－204,23310
非ポリマー00
水3,297183
1
A: mCherry
B: nanobody LaM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8472
ポリマ－40,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: mCherry
D: nanobody LaM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8472
ポリマ－40,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: mCherry
F: nanobody LaM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8472
ポリマ－40,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: mCherry
H: nanobody LaM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8472
ポリマ－40,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: mCherry
J: nanobody LaM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8472
ポリマ－40,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.437, 160.560, 88.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
51chain I
12chain B
22chain D
32chain F
42chain H
52chain J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETchain AAA5 - 22213 - 228
21METMETchain CCC5 - 22213 - 228
31METMETchain EEE5 - 22213 - 228
41METMETchain GGG5 - 22213 - 228
51METMETchain III5 - 22213 - 228
12VALVALchain BBB16 - 1394 - 127
22VALVALchain DDD16 - 1394 - 127
32VALVALchain FFF16 - 1394 - 127
42VALVALchain HHH16 - 1394 - 127
52VALVALchain JJJ16 - 1394 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
mCherry


分子量: 26996.393 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A366VY15
#2: 抗体
nanobody LaM2


分子量: 13850.285 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.5M malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→71 Å / Num. obs: 106342 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.333.60.864106730.5250.5341.0190.98499.5
2.33-2.423.50.653105690.7050.4070.7730.99799.3
2.42-2.533.30.473103440.7960.30.5631.02996.3
2.53-2.673.70.358106450.8820.2170.421.03799.5
2.67-2.833.70.228106390.9550.1380.2671.04399.8
2.83-3.053.70.142107010.9790.0860.1671.03199.8
3.05-3.363.60.076106860.9940.0460.0890.9999.5
3.36-3.853.40.046105480.9970.0290.0540.93798.3
3.85-4.853.80.032107560.9990.0190.0370.951100
4.85-503.60.025107810.9990.0150.031.01699.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h5q

2h5q


解像度: 2.37→71 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 1589 1.74 %
Rwork0.2076 89625 -
obs0.2081 91214 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.02 Å2 / Biso mean: 79.1832 Å2 / Biso min: 39.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13470 0 0 183 13653
Biso mean---60.49 -
残基数----1700
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5457X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
12C5457X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
13E5457X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
14G5457X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
15I5457X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
21B2845X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
22D2845X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
23F2845X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
24H2845X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
25J2845X-RAY DIFFRACTION11.533TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.37-2.440.34141440.31678059820398
2.44-2.530.33281380.31077905804397
2.53-2.630.31071450.29948193833899
2.63-2.750.32231450.281781768321100
2.75-2.90.32731460.264181788324100
2.9-3.080.25521450.271382398384100
3.08-3.320.29611460.236581748320100
3.32-3.650.22211430.20458113825699
3.65-4.180.20831440.18538195833999
4.18-5.260.16821450.15328161830699
5.27-710.23191480.19368232838099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -46.919 Å / Origin y: 63.0757 Å / Origin z: 12.0023 Å
111213212223313233
T0.5405 Å20.1122 Å2-0.0315 Å2-0.4474 Å20.0213 Å2--0.542 Å2
L0.322 °2-0.1253 °20.0397 °2-0.2065 °20.0503 °2---0.0912 °2
S0.002 Å °0.0172 Å °0.0048 Å °-0.0828 Å °0.0037 Å °0.0168 Å °-0.0253 Å °-0.0377 Å °-0.0099 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 222
2X-RAY DIFFRACTION1allB16 - 139
3X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 222
4X-RAY DIFFRACTION1allD16 - 139
5X-RAY DIFFRACTION1allE5 - 222
6X-RAY DIFFRACTION1allF16 - 139
7X-RAY DIFFRACTION1allG5 - 222
8X-RAY DIFFRACTION1allH16 - 139
9X-RAY DIFFRACTION1allI5 - 222
10X-RAY DIFFRACTION1allJ16 - 139
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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