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- PDB-7sa9: Human MUC16 SEA5 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sa9
タイトルHuman MUC16 SEA5 Domain
要素Mucin-16
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Mucin / CA125 / ovarian cancer / pancreatic cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / Golgi lumen / vesicle / cell adhesion / external side of plasma membrane ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / Golgi lumen / vesicle / cell adhesion / external side of plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mucin-16 / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Brooks, C.L. / White, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R15CA242349 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a human MUC16 SEA domain reveals insight into the nature of the CA125 tumor marker.
著者: White, B. / Patterson, M. / Karnwal, S. / Brooks, C.L.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucin-16
B: Mucin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4342
ポリマ－41,4342
非ポリマー00
水3,675204
1
A: Mucin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7171
ポリマ－20,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mucin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7171
ポリマ－20,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.540, 90.145, 42.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.877, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-286-

HOH

21A-292-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mucin-16 / MUC-16 / Ovarian cancer-related tumor marker CA125 / CA-125 / Ovarian carcinoma antigen CA125


分子量: 20717.180 Da / 分子数: 2 / 断片: SEA5 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC16, CA125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXI7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate, PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→58.36 Å / Num. obs: 32113 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05976 / Rpim(I) all: 0.03909 / Rrim(I) all: 0.07165 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル解像度: 1.69→1.751 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6197 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10606 / CC1/2: 0.52 / CC star: 0.827 / Rrim(I) all: 0.3973 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxDCデータ収集
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IVZ

1ivz


解像度: 1.69→58.36 Å / SU ML: 0.2485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.7436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1603 5 %
Rwork0.2 30477 -
obs0.2009 32080 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→58.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 0 204 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66982677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2984268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.740.35271560.34272742X-RAY DIFFRACTION97.15
1.74-1.810.33541320.31482724X-RAY DIFFRACTION97.51
1.81-1.880.35751470.31262734X-RAY DIFFRACTION97.89
1.88-1.970.27831570.26642722X-RAY DIFFRACTION98.13
1.97-2.070.25711460.21942791X-RAY DIFFRACTION98.69
2.07-2.20.20921380.19772752X-RAY DIFFRACTION98.7
2.2-2.370.21971410.19522797X-RAY DIFFRACTION98.72
2.37-2.610.19221140.18332786X-RAY DIFFRACTION99.08
2.61-2.980.18191560.18672791X-RAY DIFFRACTION99.46
2.98-3.760.19981540.17272798X-RAY DIFFRACTION99.53
3.76-58.360.19661620.18312840X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.078881854256.410372622643.570882264158.96587053453.32258624613.92667123623-0.3556432553170.002353805826830.191726740391-0.3006305797370.152025801950.00714466194668-0.2951937894180.2603436358090.1697641633310.1860640090430.0174280033807-5.7112885836E-50.1638596653510.009513770071430.134780566671-1.35830803707-2.36251471418-6.11416485106
29.34073595338-3.170311117834.738034476687.09031564211-1.318066703884.510418820780.2081107868870.0476189819782-1.43351255276-0.01073261443460.08873285994690.01186112475420.832858629550.133798972006-0.2558252751530.4444893404840.01206822649180.08630585511070.2838197901290.01162072418550.468671867832-8.70451023583-21.5228373397-7.74008489468
33.80752240697-3.578225120951.600735064649.29531934697-3.384175088226.40801057004-0.009451348382980.0904984801686-0.250312795219-0.211308479751-0.005306642295830.09781326096820.5942586911980.02913086380330.03755062845480.197198252533-0.01515206316390.02545487238270.216403235167-0.03863049002580.116118294894-3.36224167294-10.3637753716-15.7307285474
49.16399700358-0.0145316680043-0.2154932822133.31684746432-0.3276401542454.40001002251-0.1467528531030.02980724969510.00328304314151-0.1223495227970.0673502386583-0.2806533896980.1867753745570.121952596930.0762736149820.15020526810.000162588763131-0.02020007233850.172765916631-0.01248856677680.0895560959540.2110859924180.32246963299-12.6242128047
55.696829699124.24442509624-1.582017723043.886891313-2.019700145533.94969225810.266281700481-0.342594195041-0.06436284453070.514269338596-0.2402229699930.6068182289620.37598284353-0.166312041355-0.04786843193870.2786210444710.02856687399690.07348419321610.209500268042-0.01500891011540.301856851567-8.57176537262-12.0305591484-4.74580859347
61.73968034933-3.50893981829-1.094226559287.241033776942.253075418050.7747291738410.410170061726-1.62543054061.05247278253-0.8404212219840.219590860116-1.14665530741-0.9698885678020.915958304761-0.5944818405710.434328536556-0.04981372620760.01563081338730.420083420565-0.1140464677950.6228674794473.232036386728.61013043636-7.74633118142
72.610325880140.245451991165-0.2962989044097.033930927722.527434101963.18172706451-0.1119594121570.08591906971650.0780568412874-0.0622658330537-0.06727662284110.451266926211-0.0882318039463-0.3652635719760.1736748951970.1368270782770.03846568782440.001467076191610.2369532402680.004336968006420.16442051474-14.9809190489-0.556844915683-8.5140117505
86.010647906931.170263612061.889096099384.1685833364-0.3857743412942.37125262957-0.007549901696640.86560422413-0.757374211856-0.141681822313-0.2893019566030.1780320835980.422942796403-0.03770979226040.2721382881670.32175773533-0.06137352059530.0440041406570.22221720483-0.031370887850.261388284166-12.2658786134-23.76604069086.23240562946
97.46034318887.22390371925-6.147206449857.19432000955-5.747449764985.659270492620.24861583591.093027375610.9577434026370.2435242894090.3011172482810.948330464995-0.388304001893-0.609126781194-0.4745761980620.245810570001-0.03769964775830.0257908001120.296583801885-0.03273091721420.335876423519-16.5322665345-6.4354209192710.7676484761
103.49095546112.36665485074-0.3347123954484.18861079162-3.481566649575.560635828080.237367038272-0.224914348921-0.232466313140.469853752617-0.0264108423723-0.1981256586780.269665763939-0.0293533379457-0.1863409318880.201214876546-0.0398072134792-0.0425381571650.230245841081-0.004358951544580.177053890778-10.5298675136-18.041366338616.2037595193
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122.18435431130.553479876557-4.054755061726.393793112440.9284025144727.985344814190.1876197235481.35851097676-0.142088053205-0.600967469276-0.5116813381631.02820150318-0.0325066699394-1.036232268350.3049031390890.284486158283-0.0174109902679-0.07113623937460.335463006147-0.07003429628470.411472592833-21.2427971518-10.59295858336.40039665906
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153.097119561291.4124537654-0.5559147545157.520316786623.30275219547.57686423337-0.01433378395150.06578888831860.0333780645934-0.163235272809-0.05899691588330.607233187056-0.0983371235282-0.2808553399740.04753386541350.188471367322-0.09178872510350.02740194469930.207863501099-0.02019128351380.253998173321-24.0747292777-24.40399742099.98619711845
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 35 through 47 )AA35 - 471 - 13
22chain 'A' and (resid 48 through 61 )AA48 - 6114 - 27
33chain 'A' and (resid 62 through 81 )AA62 - 8128 - 47
44chain 'A' and (resid 82 through 93 )AA82 - 9348 - 59
55chain 'A' and (resid 94 through 113 )AA94 - 11360 - 79
66chain 'A' and (resid 114 through 123 )AA114 - 12380 - 85
77chain 'A' and (resid 124 through 160 )AA124 - 16086 - 122
88chain 'B' and (resid 37 through 47 )BB37 - 471 - 11
99chain 'B' and (resid 48 through 61 )BB48 - 6112 - 25
1010chain 'B' and (resid 62 through 81 )BB62 - 8126 - 45
1111chain 'B' and (resid 82 through 93 )BB82 - 9346 - 57
1212chain 'B' and (resid 94 through 103 )BB94 - 10358 - 67
1313chain 'B' and (resid 104 through 114 )BB104 - 11468 - 78
1414chain 'B' and (resid 115 through 134 )BB115 - 13479 - 94
1515chain 'B' and (resid 135 through 160 )BB135 - 16095 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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