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- PDB-7s99: Room-temperature Human Hsp90a-NTD bound to N6M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s99
タイトルRoom-temperature Human Hsp90a-NTD bound to N6M
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードChaperone / Hydrolase / chaperon / heat shock protein / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / Scavenging by Class F Receptors / vRNP Assembly / UTP binding / dATP binding / chaperone-mediated autophagy / sperm plasma membrane ...sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / Scavenging by Class F Receptors / vRNP Assembly / UTP binding / dATP binding / chaperone-mediated autophagy / sperm plasma membrane / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / mitochondrial transport / telomerase holoenzyme complex assembly / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / Uptake and function of diphtheria toxin / protein import into mitochondrial matrix / TPR domain binding / dendritic growth cone / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / protein unfolding / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / positive regulation of cell size / HSF1-dependent transactivation / protein folding chaperone complex / response to unfolded protein / regulation of protein-containing complex assembly / enzyme-substrate adaptor activity / Attenuation phase / HSF1 activation / neurofibrillary tangle assembly / chaperone-mediated protein complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / axonal growth cone / telomere maintenance via telomerase / positive regulation of lamellipodium assembly / nitric oxide metabolic process / skeletal muscle contraction / positive regulation of defense response to virus by host / eNOS activation / response to salt stress / Signaling by ERBB2 / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA polymerase binding / endocytic vesicle lumen / positive regulation of cardiac muscle contraction / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / activation of innate immune response / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / lysosomal lumen / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / ESR-mediated signaling / positive regulation of interferon-beta production / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / protein tyrosine kinase binding / response to cold / AURKA Activation by TPX2 / nitric-oxide synthase regulator activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / ATP-dependent protein folding chaperone / brush border membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cellular response to virus / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to estrogen / Regulation of necroptotic cell death / tau protein binding / Downregulation of ERBB2 signaling / neuron migration / histone deacetylase binding / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Aggrephagy / disordered domain specific binding / positive regulation of protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Stachowski, T.R. / Vanarotti, M. / Lopez, K. / Fischer, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142772-01 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Water Networks Repopulate Protein-Ligand Interfaces with Temperature.
著者: Stachowski, T.R. / Vanarotti, M. / Seetharaman, J. / Lopez, K. / Fischer, M.
履歴
登録2021年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8892
ポリマ－26,7401
非ポリマー1491
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.769, 89.670, 101.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-alpha / Heat shock 86 kDa / HSP 86 / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LAP-2 / LPS- ...Heat shock 86 kDa / HSP 86 / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LAP-2 / LPS-associated protein 2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38


分子量: 26739.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07900, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#2: 化合物 ChemComp-N6M / N-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE / N6-METHYL ADENINE


分子量: 149.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Malic acid, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→36.63 Å / Num. obs: 45144 / % possible obs: 96.17 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 27.55 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / Num. unique obs: 4428 / CC1/2: 0.605

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19rc5_4047精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YER

1yer


解像度: 1.52→36.63 Å / SU ML: 0.2267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.9481
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 1936 4.44 %
Rwork0.167 41674 -
obs0.1677 43610 94.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→36.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1628 0 11 133 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81823003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6407294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.560.36771140.35142426X-RAY DIFFRACTION77.82
1.56-1.60.32891230.31812607X-RAY DIFFRACTION82.65
1.6-1.650.30841220.28492645X-RAY DIFFRACTION85.48
1.65-1.70.34531400.30892988X-RAY DIFFRACTION95.34
1.7-1.760.36731420.33473058X-RAY DIFFRACTION96.97
1.76-1.830.27241430.25063082X-RAY DIFFRACTION97.88
1.83-1.920.2161420.17633064X-RAY DIFFRACTION97.98
1.92-2.020.15631410.15943059X-RAY DIFFRACTION97.56
2.02-2.140.18321430.16883080X-RAY DIFFRACTION96.99
2.14-2.310.16581440.13083117X-RAY DIFFRACTION98.76
2.31-2.540.16311450.13753141X-RAY DIFFRACTION99.1
2.54-2.910.17241470.15143160X-RAY DIFFRACTION98.86
2.91-3.660.15211450.14783138X-RAY DIFFRACTION97.68
3.66-36.630.16621450.16113109X-RAY DIFFRACTION92.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.0969897034 Å / Origin y: 15.2432908659 Å / Origin z: -19.9772059486 Å
111213212223313233
T0.23369829911 Å20.0013844827087 Å20.0186038501228 Å2-0.221611269761 Å20.0172833713362 Å2--0.233302748958 Å2
L1.36892604927 °2-0.245541592664 °20.199395362331 °2-0.963044146818 °2-0.0796402908231 °2--1.13616154365 °2
S0.0539035237993 Å °-0.0748221787165 Å °0.0169553338401 Å °0.00943038307182 Å °-0.0292039899242 Å °-0.0218417402645 Å °-0.00660307148266 Å °-0.0566159761701 Å °1.11335125447E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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