PDB-7s94: Structure of the core postfusion porcine endogenous retrovirus fu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s94

タイトル

Structure of the core postfusion porcine endogenous retrovirus fusion protein

要素

Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fusion protein / glycoprotein

機能・相同性

F-MuLV receptor-binding / ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

機能・相同性情報

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dean, T.T. / Lee, J.E.

資金援助

カナダ, 3件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structure of the Core Postfusion Porcine Endogenous Retrovirus Fusion Protein.
著者: Dean, T.T. / Serrao, V.H.B. / Lee, J.E.

履歴

登録	2021年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s94.cif.gz	303.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s94.ent.gz	252.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/7s94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/7s94	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jgsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ieq-d 3p2a-5 6rx3-d 6w3y-2 3p2a-6 6w3s-2 2i9i-d 6w3o-2 6w3p-2 6w3v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

B: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

C: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

D: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

E: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

F: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

ヘテロ分子

66.3 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

B: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

C: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.1 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

E: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

F: Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.860, 34.219, 100.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endogenous retrovirus group S71 member 1 Env polyprotein / Putative envelope polyprotein 分子量: 11000.478 Da / 分子数: 6 / 変異: C557S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3VQ66
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% (w/v) PEG 1500 and 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9201 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→47.73 Å / Num. obs: 41923 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 19.55 Å² / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.162 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.05	4.2	0.605	8291	1970	0.653	0.316	0.688	3.1	60.4
8.93-47.73	7.3	0.11	4114	566	0.991	0.041	0.117	11.2	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JGS

4jgs

解像度: 2→47.7 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2168	3933	5 %	random
R_work	0.1745	74686	-	-
obs	0.1767	41916	91.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.02 Å² / B_iso mean: 28.258 Å² / B_iso min: 8.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4012	0	36	310	4358
B_iso mean	-	-	50.82	32.1	-
残基数	-	-	-	-	527

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.02	0.2552	66	0.2229	1479	1545	49
2.02-2.05	0.2486	103	0.2076	1720	1823	60
2.05-2.08	0.251	94	0.2044	1815	1909	63
2.08-2.1	0.3002	93	0.1997	2097	2190	71
2.1-2.13	0.2098	103	0.2007	2222	2325	75
2.13-2.17	0.2422	104	0.1848	2271	2375	78
2.17-2.2	0.2374	109	0.1806	2512	2621	86
2.2-2.24	0.2572	142	0.179	2889	3031	97
2.24-2.27	0.2081	158	0.174	2849	3007	98
2.27-2.32	0.2318	123	0.1659	2913	3036	99
2.32-2.36	0.2414	153	0.1643	2878	3031	99
2.36-2.41	0.2437	126	0.162	2923	3049	99
2.41-2.46	0.2137	128	0.164	2954	3082	99
2.46-2.52	0.2212	134	0.1603	2856	2990	99
2.52-2.58	0.2262	167	0.1702	2930	3097	99
2.58-2.65	0.2289	178	0.1741	2878	3056	99
2.65-2.73	0.2232	156	0.1717	2862	3018	99
2.73-2.82	0.2283	134	0.1668	2950	3084	99
2.82-2.92	0.231	142	0.1661	2874	3016	99
2.92-3.03	0.1864	152	0.1675	2893	3045	98
3.03-3.17	0.1905	169	0.1724	2842	3011	99
3.17-3.34	0.2033	174	0.164	2883	3057	99
3.34-3.55	0.1929	202	0.153	2834	3036	99
3.55-3.82	0.1649	178	0.1499	2928	3106	100
3.82-4.21	0.1968	159	0.1525	2850	3009	99
4.21-4.81	0.1996	180	0.158	2849	3029	98
4.82-6.06	0.2354	136	0.2253	2853	2989	98
6.07-47.7	0.2875	170	0.2362	2882	3052	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5046	-1.3413	-2.3071	0.7584	0.7716	2.9956	0.0407	0.1959	-0.4925	-0.1089	-0.1242	-0.0121	0.1102	-0.3302	0.0018	0.1946	-0.0214	-0.0461	0.1452	-0.0688	0.243	31.1163	-10.5179	69.3953
2	2.0595	-0.5397	-0.8044	1.7973	0.899	3.1417	0.0936	0.2193	0.1914	0.1026	-0.1652	0.3784	-0.2852	-0.5476	-0.0222	0.1804	0.0452	0.048	0.6027	0.0041	0.3588	10.9254	1.8018	86.0982
3	5.1752	-0.6623	0.258	0.3759	-0.0287	0.0809	0.1229	0.0636	-0.4365	-0.07	-0.0225	0.1314	0.0343	-0.0584	-0.0714	0.111	0.0034	-0.024	0.1232	0.0026	0.1578	-10.201	-3.3989	38.5466
4	1.7249	-0.2738	0.0399	0.4971	0.1077	0.1932	0.1074	-0.6776	0.322	0.0627	-0.0178	-0.1262	-0.1145	0.1396	-0.0599	0.168	-0.0368	0.0143	0.2067	-0.0198	0.2007	16.9711	6.2743	44.6349
5	6.9041	1.3112	-0.3194	2.4075	-0.4399	2.1202	0.1401	-0.1486	-0.0694	-0.0094	0.0359	0.1862	0.1222	-0.1145	-0.1403	0.1539	-0.0032	-0.0299	0.1507	0.0441	0.1812	-17.4747	-3.8909	46.5056
6	4.9069	-1.4794	0.0938	0.6821	-0.0174	0.0703	0.2267	0.2464	0.0487	-0.2008	-0.1269	0.0376	-0.0136	-0.0373	-0.0772	0.1498	0.037	-0.0219	0.1598	0.0031	0.1495	-9.2413	2.185	31.5235
7	1.8705	-0.6892	0.4967	0.2898	-0.3494	0.7177	-0.0083	-0.0634	-0.2869	-0.0249	0.0199	-0.0312	0.2673	0.0576	-0.0452	0.2465	0.0393	-0.0432	0.157	0.0134	0.236	15.0224	-12.1877	41.1948
8	6.5893	-2.1942	1.533	3.7152	-0.7309	3.0121	0.1964	0.4472	-0.235	-0.3475	-0.0559	0.2997	-0.0592	-0.4789	-0.0936	0.1869	0.0454	-0.0374	0.3174	-0.0549	0.2063	-14.7352	-4.581	26.1085
9	4.6442	-0.3436	0.1866	0.3111	0.1053	0.2925	0.1973	-0.1795	0.3226	-0.0301	-0.0549	0.0337	-0.0654	-0.084	-0.1005	0.1084	0.0153	-0.007	0.1157	0.0223	0.1222	-9.4792	5.524	39.796
10	0.1971	-0.1322	-0.3714	0.6609	0.6557	1.461	0.1147	0.1676	-0.0186	-0.0967	0.1588	-0.237	-0.0078	0.2836	-0.1783	0.1375	0.0223	0.0401	0.2229	-0.0157	0.1573	17.0274	-0.1204	27.0405
11	5.5263	-1.4748	-2.9821	1.2308	0.5978	2.5216	0.2694	-0.0348	0.3724	0.0292	-0.1563	0.0517	-0.2216	-0.0733	-0.0496	0.1804	0.0198	0.0132	0.1803	0.0274	0.2268	-17.1289	14.0403	38.5381
12	1.1921	0.3972	0.1777	1.0306	0.2791	1.4987	0.1408	-0.0594	-0.0069	0.1783	0.0031	0.1005	-0.3084	-0.0641	-0.137	0.1684	0.0061	0.0161	0.0863	0.0118	0.1181	31.982	1.1079	82.053
13	1.0464	0.7301	-1.1529	1.7845	-2.3173	4.7365	0.0691	0.0017	-0.0652	0.3797	0.0438	-0.0709	-0.6926	-0.1137	-0.1262	0.3086	-0.0006	0.0734	0.1946	0.0363	0.1245	23.9561	-0.3128	104.8441
14	0.3837	0.055	0.3708	1.3401	0.5502	1.6955	0.1038	-0.1839	-0.39	0.0874	-0.0815	0.0426	0.1379	-0.0753	-0.03	0.0941	-0.0453	-0.0227	0.0936	0.0139	0.1227	31.9433	-6.3072	79.3612
15	5.4966	3.3087	-1.5031	3.5289	-1.0913	1.7817	-0.0728	0.1325	-0.2685	-0.0257	0.0487	-0.347	0.1329	0.3204	-0.0072	0.1655	0.037	-0.0244	0.176	-0.0305	0.1649	42.9628	-4.5148	83.1909
16	6.4183	1.9325	-1.9474	1.8162	-0.8332	2.155	-0.0348	-0.0407	-0.6972	0.1893	-0.0344	0.2321	0.7099	-0.6228	0.0948	0.4707	-0.1237	0.0977	0.2878	0.0184	0.3753	21.0713	-15.95	91.6804
17	1.9938	0.0521	-1.6321	0.9082	0.2081	2.9745	0.0542	0.1194	-0.1488	0.0858	-0.1069	0.2019	-0.3371	-0.5501	-0.0102	0.1282	0.0337	0.0273	0.1933	0.028	0.133	23.2503	1.2912	84.4272
18	2.4178	0.4474	-0.0422	3.0918	-0.5108	3.3327	0.0451	-0.0587	-0.3863	-0.306	-0.0698	0.2285	0.1121	-0.0201	0.0311	0.2548	-0.0425	0.0203	0.1902	-0.1163	0.2301	40.9813	-7.7655	59.0948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 552 through 562 )	F	552 - 562
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 563 through 579 )	F	563 - 579
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 491 through 541 )	A	491 - 541
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 542 through 562 )	A	542 - 562
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 563 through 582 )	A	563 - 582
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 492 through 541 )	B	492 - 541
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 542 through 562 )	B	542 - 562
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 563 through 580 )	B	563 - 580
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 491 through 541 )	C	491 - 541
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 542 through 562 )	C	542 - 562
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 563 through 587 )	C	563 - 587
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 498 through 562 )	D	498 - 562
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 563 through 587 )	D	563 - 587
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 502 through 552 )	E	502 - 552
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 553 through 562 )	E	553 - 562
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 563 through 577 )	E	563 - 577
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 497 through 541 )	F	497 - 541
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 542 through 551 )	F	542 - 551

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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