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- PDB-7s8k: Crystal structure of a GH12-2 family cellulase from Thermococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s8k
タイトルCrystal structure of a GH12-2 family cellulase from Thermococcus sp. 2319x1
要素Cellulase
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / FAMILY 12 / CELLULASE / GH12 / THERMOPHILIC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / xylan catabolic process / polysaccharide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PE3 / cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. 2319x1 (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutdinova, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: GH12-2 family cellulase
著者: Yakunin, A.F.
履歴
登録2021年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cellulase
B: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,01113
ポリマ－63,1302
非ポリマー1,88111
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.346, 55.975, 91.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.564, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cellulase


分子量: 31565.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. 2319x1 (古細菌) / 遺伝子: ADU37_CDS22600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3SGP7, cellulase

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% PEG400, 0.1 M Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 18344 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 836 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.382 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VGI

3vgi


解像度: 2.55→28.74 Å / SU ML: 0.252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.3182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 918 5.01 %RANDOM
Rwork0.1807 17423 --
obs0.1828 18341 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4397 0 72 185 4654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00464613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8256306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.49551650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.690.32151230.29162348X-RAY DIFFRACTION94.86
2.69-2.850.31361320.25662484X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-3.070.28741310.23482503X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.380.24661310.20972474X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.870.21211320.16852516X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.870.16791320.12712516X-RAY DIFFRACTION100
4.87-28.740.18861370.15592582X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.70538379734-4.99088780992-1.689233340856.260646037141.07470362858.95128895271-0.116382826260.418587086504-0.755598416424-0.0715948118375-0.0259343663849-0.4353909814480.994086508159-0.01360502351530.1118720805440.3796947292820.0224671540770.03039710673340.270299333422-0.03301409483510.483049504235-15.39817735236.993105097757.92569730071
21.419197205710.8839124249860.2988487990821.409105255371.884854036812.220683839870.0369759887395-0.0497987814581-0.241428302620.1244410539510.0309283734415-0.2279712165570.1475217009240.115392734078-0.07413157566080.2992636639440.0142931472232-0.01706996279670.2582535565580.06944106399220.320183791295-17.26799419118.84833242049.80322487125
32.4206620485-0.4627599848880.2140038955880.3990366959050.838610733273.498135818860.0845116260763-0.156044071597-0.02728806063370.0736895933398-0.05893988671020.02508393617310.222163321104-0.417034647685-0.002952848103310.285317526504-0.04737825208780.01590450363840.2208224619970.01549168998590.311820343186-25.398741884227.068096483314.4829129049
44.501852754750.904936806496-0.3004878906241.02050164607-0.0383012081492.330536101060.138983504589-0.1387137570320.3813938644790.07599607958080.002719530943040.00540812776593-0.2249355009660.0444120370611-0.1546214964450.280797307358-0.002117551231560.04720323493760.1607746309490.01666806206670.289030443761-19.229139333236.84817646018.56586328666
51.512041574580.2280245597630.1027160574852.367014208551.715901307442.056198380750.0128789773503-0.245466671218-0.09469804789470.0402842775992-0.05443847694790.079824793541-0.0219476515018-0.1103026416240.03232684864530.291260387325-0.001349191675190.004091985850790.2813519119340.0525771188680.277284282781-24.651369367827.385859666514.3708654415
63.527572052551.207948412032.662200335291.749579989992.975389236856.18953619609-0.2095758275360.008159059975750.0573874637971-0.2274775761650.209606672806-0.119434738036-0.4591444258130.3722568273340.02829358878120.2414909415280.0182007081516-0.02390766638110.243118130650.0687388380220.268020077731-10.721015535727.526294775910.7988716407
71.32187849367-2.022711539831.290006391455.403040926150.09251936012323.06869026738-0.0303197320189-0.577155460560.07623052172010.385984395853-0.3327725704820.1714112832760.0512697632621-0.1127168820430.2926310563560.374648177209-0.07931050642960.03576786022750.408914725872-0.03932401266310.226322238817-49.641404892624.519200329939.8920737337
81.066776366740.2544319070630.2086357318052.038431252271.171790787052.56804998990.0680780412473-0.2191997275240.05660217626350.198881046448-0.06296676732360.03528342350120.162174914217-0.08813791623380.006490067650090.1850985694810.00706795616450.01891007674090.3318841389630.01046550871080.26451985998-49.137717735121.60230461129.3170423176
92.4011160592-0.676348724257-0.9042972476053.548023052381.375970109621.65641052950.0317217652265-0.1673026375330.137459281039-0.0584555635521-0.0618849991367-0.011857392436-0.0276483128026-0.1215572887140.02087152614060.2276996521530.0146498221089-0.01808589496920.3175361850970.002035574689670.20603365352-50.458007727823.482659852719.064500657
103.891678453533.91622881888-2.705180976534.71272391526-1.748336208832.83421241687-0.2963603746610.5083241676470.438681001973-0.3209319952690.2699899092020.4001880229080.0458204407441-0.4222790022110.02284834251510.2548533695750.0934151298466-0.04680713498920.343621396204-0.04047082431730.242942530009-58.889608670824.62709405748.07343260413
112.58188448297-3.70443306208-2.721413969526.492159365032.265181873665.523128869130.1181394362140.1053860213450.120470571397-0.181376091343-0.2781508941770.143589180265-0.304011065761-0.356224327230.1278929066530.192561223949-0.00381491320466-0.0534127253760.216403276764-0.0005854245306160.296968746166-51.800024543426.713693659912.4377670815
122.550137401340.2089616731290.1363923791471.915901019981.612178334072.234541070840.02706080389490.148056518815-0.127666269921-0.0591262676731-0.1235389003680.03798261476130.036051049498-0.230246713840.07851299168810.2457584999890.01060157916660.01283673102450.2446717999920.01566599193980.177270665468-50.74274110819.903052832715.2711665663
132.070714842260.5858367059550.330179439095.312658220732.17994403282.600830640960.149289333321-0.0918500422132-0.03496437775230.169623377446-0.2295009052710.02594153279790.198614892127-0.5414089184720.105901192430.181132011338-0.0100217770421-0.03248245664230.3670213422850.0259622909670.248439100516-59.323144845818.68877811519.599541939
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 17 )AA-1 - 171 - 19
22chain 'A' and (resid 18 through 131 )AA18 - 13120 - 133
33chain 'A' and (resid 132 through 161 )AA132 - 161134 - 163
44chain 'A' and (resid 162 through 220 )AA162 - 220164 - 222
55chain 'A' and (resid 221 through 247 )AA221 - 247223 - 249
66chain 'A' and (resid 248 through 271 )AA248 - 271250 - 273
77chain 'B' and (resid -2 through 17 )BF-2 - 171 - 20
88chain 'B' and (resid 18 through 106 )BF18 - 10621 - 109
99chain 'B' and (resid 107 through 161 )BF107 - 161110 - 164
1010chain 'B' and (resid 162 through 188 )BF162 - 188165 - 191
1111chain 'B' and (resid 189 through 203 )BF189 - 203192 - 206
1212chain 'B' and (resid 204 through 247 )BF204 - 247207 - 250
1313chain 'B' and (resid 248 through 275 )BF248 - 275251 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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