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Yorodumi- PDB-7s8k: Crystal structure of a GH12-2 family cellulase from Thermococcus ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s8k | ||||||
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Title | Crystal structure of a GH12-2 family cellulase from Thermococcus sp. 2319x1 | ||||||
Components | Cellulase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / FAMILY 12 / CELLULASE / GH12 / THERMOPHILIC | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellulase / polysaccharide binding / cellulase activity / xylan catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermococcus sp. 2319x1 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutdinova, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: GH12-2 family cellulase Authors: Yakunin, A.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7s8k.cif.gz | 266.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7s8k.ent.gz | 188.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7s8k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/7s8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/7s8k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vgiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 31565.021 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus sp. 2319x1 (archaea) / Gene: ADU37_CDS22600 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0U3SGP7, cellulase |
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-Non-polymers , 5 types, 196 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 2 M ammonium sulfate, 2% PEG400, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 24, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→30 Å / Num. obs: 18344 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 8.66 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 836 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.382 / % possible all: 93.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VGI Resolution: 2.55→28.74 Å / SU ML: 0.252 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 21.3182 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→28.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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