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- PDB-7s8g: Structure of anti-LASV Fab 25.10C with FNQI mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s8g
タイトルStructure of anti-LASV Fab 25.10C with FNQI mutation
要素
  • 25.10C-FNQI Fab Heavy Chain
  • 25.10C-FNQI Fab Light Chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / anti-LASV Fab / elbow mutation / domain swap
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Hastie, K.M. / Enriquez, A.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19A142790 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Delineating the mechanism of anti-Lassa virus GPC-A neutralizing antibodies.
著者: Adrian S Enriquez / Tierra K Buck / Haoyang Li / Michael J Norris / Alex Moon-Walker / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica ...著者: Adrian S Enriquez / Tierra K Buck / Haoyang Li / Michael J Norris / Alex Moon-Walker / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica Ollmann Saphire / Kathryn M Hastie /
要旨: Lassa virus (LASV) is the etiologic agent of Lassa Fever, a hemorrhagic disease that is endemic to West Africa. During LASV infection, LASV glycoprotein (GP) engages with multiple host receptors for ...Lassa virus (LASV) is the etiologic agent of Lassa Fever, a hemorrhagic disease that is endemic to West Africa. During LASV infection, LASV glycoprotein (GP) engages with multiple host receptors for cell entry. Neutralizing antibodies against GP are rare and principally target quaternary epitopes displayed only on the metastable, pre-fusion conformation of GP. Currently, the structural features of the neutralizing GPC-A antibody competition group are understudied. Structures of two GPC-A antibodies presented here demonstrate that they bind the side of the pre-fusion GP trimer, bridging the GP1 and GP2 subunits. Complementary biochemical analyses indicate that antibody 25.10C, which is broadly specific, neutralizes by inhibiting binding of the endosomal receptor LAMP1 and also by blocking membrane fusion. The other GPC-A antibody, 36.1F, which is lineage-specific, prevents LAMP1 association only. These data illuminate a site of vulnerability on LASV GP and will guide efforts to elicit broadly reactive therapeutics and vaccines.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 25.10C-FNQI Fab Heavy Chain
L: 25.10C-FNQI Fab Light Chain
h: 25.10C-FNQI Fab Heavy Chain
l: 25.10C-FNQI Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0124
ポリマ－95,0124
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area36620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.600, 72.718, 90.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.267, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 25.10C-FNQI Fab Heavy Chain


分子量: 24578.650 Da / 分子数: 2
変異: Residues 112-116 (SSAST) of 25.10C Fab heavy chain mutated to FNQI (residues 120-123 in the numbering used in this construct)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 25.10C-FNQI Fab Light Chain


分子量: 22927.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES/sodium hydroxide pH 6.0, 40% (v/v) PEG 400, and 5% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.566→65.78 Å / Num. obs: 27076 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.566→2.61 Å / Num. unique obs: 1338 / CC1/2: 0.564

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ULU

3ulu


解像度: 2.57→65.78 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 37.72 / 位相誤差: 41.138
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 1370 5.06 %
Rwork0.2204 25695 -
obs0.2246 27065 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→65.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6359 0 0 95 6454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60598839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04271002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.07392309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.660.39221230.32172583X-RAY DIFFRACTION94.93
2.66-2.760.35181570.32642557X-RAY DIFFRACTION93.73
2.76-2.890.34861290.29532573X-RAY DIFFRACTION94.98
2.89-3.040.29921300.28742564X-RAY DIFFRACTION94.72
3.04-3.230.27881290.26272601X-RAY DIFFRACTION94.65
3.23-3.480.26371350.25072548X-RAY DIFFRACTION93.57
3.48-3.830.27651650.22892519X-RAY DIFFRACTION92.3
3.83-4.390.22131410.18342550X-RAY DIFFRACTION92.86
4.39-5.530.20881010.16532612X-RAY DIFFRACTION94.36
5.53-65.780.26381440.2042604X-RAY DIFFRACTION92.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2563726010.4657188699062.413114999730.80294781920.1572356688732.9652669170.1087525564620.434440619559-0.3266172586040.06321420963540.108920234517-0.06099389986380.08942546847730.772332069977-0.2221955077040.3136852806270.06687914111830.01254497689610.811927888134-0.04286896663150.307636145546-43.4323697151-20.422043508422.3426036076
23.621108400621.109069495461.222562409371.417819818090.1926123512510.892838137581-0.01746883479340.106034751308-0.01218269535650.03010009795120.1069800670250.2295291788160.2186495536660.286075506444-0.06079438896530.392211808133-0.00101616456291-0.04379919230680.606268449028-0.008161681324890.33577511767-48.8806653198-25.915728474646.9124526172
31.8752755910.0909170678067-1.298605141180.587166328472-0.4222220737732.196565568370.07933004486870.0253462791279-0.0854262375074-0.0269207265905-0.1274824939270.115811065659-0.1721572617860.3106694141760.02129793299030.3144294044370.00159533632338-0.08975810662020.7752317045850.004781973147010.363450472994-42.6749165823-17.106628029217.1420903659
42.91699569076-0.716186479613-0.9015744653310.8941299340330.07587990339010.155087203743-0.126860646370.08373687976630.0226791598963-0.2274720499130.08798128836690.1020920460950.01950047178490.3368546207980.09348500419350.4050929743760.058483354819-0.0822459555170.749450988237-0.03406485995130.256223102015-49.4079830707-11.2929898757-7.06198241816
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'H' and resid 3 through 221)HA3 - 2211 - 212
22(chain 'L' and resid 1 through 209)LB1 - 2091 - 209
33(chain 'h' and resid 3 through 217)hC3 - 2171 - 208
44(chain 'l' and resid 1 through 209)lD1 - 2091 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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