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万見
- PDB-7s5u: Extended bipolar assembly domain of kinesin-5 minifilament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s5u
タイトルExtended bipolar assembly domain of kinesin-5 minifilament
要素Kinesin-like protein Klp61F
キーワードCELL CYCLE / Kinesin-5 / Bipolar assembly / four-helical-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


aster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / spindle elongation / mitotic spindle microtubule / microtubule bundle formation ...aster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / spindle elongation / mitotic spindle microtubule / microtubule bundle formation / plus-end-directed microtubule motor activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / mitotic centrosome separation / kinesin complex / microtubule associated complex / microtubule-based movement / mitotic spindle pole / Golgi organization / cytoskeletal motor activity / protein secretion / mitotic spindle assembly / mitotic spindle organization / spindle microtubule / spindle / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein Klp61F
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.41 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Al-Bassam, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110283 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1615991 米国
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2023
タイトル: The kinesin-5 tail and bipolar miniflament domains are the origin of its microtubule crosslinking and sliding activity.
著者: Nithianantham, S. / Iwanski, M.K. / Gaska, I. / Pandey, H. / Bodrug, T. / Inagaki, S. / Major, J. / Brouhard, G.J. / Gheber, L. / Rosenfeld, S.S. / Forth, S. / Hendricks, A.G. / Al-Bassam, J.
履歴
登録2021年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein Klp61F
B: Kinesin-like protein Klp61F
D: Kinesin-like protein Klp61F
C: Kinesin-like protein Klp61F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7334
ポリマ－113,7334
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14540 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area46820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)253.180, 84.890, 96.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 623 through 631 and (name N...
21(chain B and ((resid 623 through 631 and (name N...
12(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...
22(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNGLUGLU(chain A and ((resid 623 through 631 and (name N...AA623 - 63128 - 36
121ASPASPGLYGLY(chain A and ((resid 623 through 631 and (name N...AA619 - 79724 - 202
131ASPASPGLYGLY(chain A and ((resid 623 through 631 and (name N...AA619 - 79724 - 202
141ASPASPGLYGLY(chain A and ((resid 623 through 631 and (name N...AA619 - 79724 - 202
151ASPASPGLYGLY(chain A and ((resid 623 through 631 and (name N...AA619 - 79724 - 202
211GLNGLNGLUGLU(chain B and ((resid 623 through 631 and (name N...BB623 - 63128 - 36
221SERSERLEULEU(chain B and ((resid 623 through 631 and (name N...BB622 - 80127 - 206
231SERSERLEULEU(chain B and ((resid 623 through 631 and (name N...BB622 - 80127 - 206
241SERSERLEULEU(chain B and ((resid 623 through 631 and (name N...BB622 - 80127 - 206
251SERSERLEULEU(chain B and ((resid 623 through 631 and (name N...BB622 - 80127 - 206
112ALAALAALAALA(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...CD62429
122VALVALMETMET(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...CD626 - 64031 - 45
132GLNGLNSERSER(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...CD620 - 79225 - 197
142GLNGLNSERSER(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...CD620 - 79225 - 197
152GLNGLNSERSER(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...CD620 - 79225 - 197
162GLNGLNSERSER(chain C and (resid 624 or (resid 626 through 640...CD620 - 79225 - 197
212ALAALAALAALA(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...DC62429
222VALVALMETMET(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...DC626 - 64031 - 45
232GLNGLNSERSER(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...DC623 - 79228 - 197
242GLNGLNSERSER(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...DC623 - 79228 - 197
252GLNGLNSERSER(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...DC623 - 79228 - 197
262GLNGLNSERSER(chain D and (resid 624 or (resid 626 through 640...DC623 - 79228 - 197

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Kinesin-like protein Klp61F / Bipolar kinesin KRP-130


分子量: 28433.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Klp61F, KLP2, CG9191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46863

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.09 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.01 M FeCl3, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 12% Jeffamine M-600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.01
反射解像度: 4.4→96.74 Å / Num. obs: 13060 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.133 / Rsym value: 0.103 / Net I/av σ(I): 3.4 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
4.4-4.644.30.4731.5796418610.2920.6050.4731.898.8
4.64-4.924.10.3751.8723417850.230.4630.3752.398.1
4.92-5.264.40.242.8754016960.1550.3240.242.899.2
5.26-5.684.50.4091.8698815590.2530.5360.4091.797.9
5.68-6.224.20.7331612114490.440.9090.7331.599.4
6.22-6.964.30.3112.4569913220.190.4020.311398.9
6.96-8.034.40.1295.1516811820.0790.1680.1296.499.6
8.03-9.843.90.0637.338359860.040.0820.06310.398.4
9.84-13.914.30.0438.533377840.0260.0540.04316.299.1
13.91-96.7353.90.0438.317114360.0240.0510.04320.596.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.17.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PXT

4pxt


解像度: 4.41→96.735 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3097 558 5.31 %
Rwork0.2741 9295 -
obs0.2767 10515 79.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 245.09 Å2 / Biso mean: 113.6147 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.41→96.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5023 0 0 0 5023
残基数----702
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A862X-RAY DIFFRACTION4.244TORSIONAL
12B862X-RAY DIFFRACTION4.244TORSIONAL
21C876X-RAY DIFFRACTION4.244TORSIONAL
22D876X-RAY DIFFRACTION4.244TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 4.41→4.82 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.368 -
Rwork0.31 -
obs-47.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.29681.50041.69810.67210.45310.5568-0.15890.15770.1796-0.08310.16840.0493-0.0738-0.01060.09440.6987-0.06350.11320.7757-0.21390.498334.911253.028131.7261
25.88841.36540.74710.31840.17180.0956-0.11010.3859-0.09290.0880.1326-0.3147-0.17480.524-0.05411.6091-0.079-0.13981.55920.01821.5618-68.4675.2226-25.7899
38.82010.4261-0.95373.6780.63572.09610.1497-0.2788-0.56350.0712-0.00720.17460.361-0.2788-0.09390.6387-0.1456-0.10840.795-0.080.5769-131.8783-0.4963-44.6285
44.7441.92292.20940.75270.89250.9871-0.40910.27480.3926-0.030.05730.0918-0.56490.52650.2140.8489-0.2591-0.050.9830.29190.714-80.333713.4116-29.8517
54.46641.41792.31760.73670.81581.8034-0.12190.174-0.28620.10540.0211-0.10660.2193-0.27190.05590.7022-0.39170.25021.0215-0.15350.649818.421740.459722.3951
65.26263.37523.31721.7271.95851.9465-0.3016-0.23540.3454-0.036-0.05870.2530.1372-0.22730.07970.59910.01920.12620.54950.10250.805184.423561.774946.8909
71.13070.26990.12120.53840.02870.36330.2747-0.28870.2985-0.23110.27180.46230.120.1065-0.01580.9142-0.35350.65821.2294-0.27830.2798-24.027334.7076-0.1742
83.81973.14714.03924.27122.49764.689-0.26610.13820.2119-0.1506-0.08480.1926-0.0452-0.26850.20150.7936-0.10.16380.79290.10260.1958-126.2964-9.9669-42.853
95.75512.96736.92972.03443.41068.37750.2926-0.61730.04460.293-0.205-0.07950.1185-0.1096-0.05220.85610.00250.16130.8773-0.08120.9404-98.0601-0.3759-27.4874
100.4678-0.20790.42010.1551-0.12620.5308-0.22550.0075-0.00140.11350.18290.0797-0.06610.06550.0590.7860.03560.02850.85010.02520.4112-12.795737.85739.7989
110.5586-0.1229-1.67836.12680.56255.0493-0.13730.39690.1604-0.20780.09780.0862-0.22090.0370.04291.1834-0.0675-0.03541.27310.11061.308973.008967.066235.1364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 619 through 772 )A619 - 772
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 773 through 792 )A773 - 792
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 626 through 639 )B626 - 639
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 640 through 699 )B640 - 699
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 700 through 792 )B700 - 792
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 626 through 697 )C626 - 697
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 698 through 792 )C698 - 792
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 625 through 645 )D625 - 645
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 646 through 668 )D646 - 668
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 669 through 780 )D669 - 780
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 781 through 792 )D781 - 792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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