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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s5o
タイトルCrystal structure of Cytochrome c' beta from Nitrosomonas europaea ATCC 19718
要素Cytochrome_P460 domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / SSGCID / Cytochrome_P460 domain-containing protein / Nitrosomonas europaea / NE0824 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytochrome P460 / Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / Cytochrome P460 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of Cytochrome c ' beta-Met from an Ammonia-Oxidizing Bacterium.
著者: Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Liew, F.N. / Nguyen, J.N. / Kim, H.J.
履歴
登録2021年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome_P460 domain-containing protein
B: Cytochrome_P460 domain-containing protein
C: Cytochrome_P460 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,77215
ポリマ－57,1633
非ポリマー2,60912
水10,755597
1
A: Cytochrome_P460 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9245
ポリマ－19,0541
非ポリマー8704
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome_P460 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8284
ポリマ－19,0541
非ポリマー7743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome_P460 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0206
ポリマ－19,0541
非ポリマー9665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.790, 88.170, 75.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome_P460 domain-containing protein / NieuA.20425.a.K12


分子量: 19054.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (strain ATCC 19718 / CIP 103999 / KCTC 2705 / NBRC 14298) (バクテリア)
株: ATCC 19718 / CIP 103999 / KCTC 2705 / NBRC 14298 / 遺伝子: NE0824 / プラスミド: NieuA.20425.a.K12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82W71
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / Mosaicity: 0.123 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.77
詳細: Calibre Anatrace Top96 screen, condition #30 optimization screen: 100mM sodium acetate HCl pH 4.77, 2245mM ammonium sulfate) + 100mM sodium malonate pH 7.0; NieuA.20425.a.K12.PB00109 at ...詳細: Calibre Anatrace Top96 screen, condition #30 optimization screen: 100mM sodium acetate HCl pH 4.77, 2245mM ammonium sulfate) + 100mM sodium malonate pH 7.0; NieuA.20425.a.K12.PB00109 at 10mg/ml, tray: 319288 F8; cryo: 7ul reservoir + 14ul 4M ammonium sulfate, 60sec soak; puck hyq3-1, For phasing: Anatrace Top96 screen, optimization screen around condition #30: 100mM Sodium acetate / HCl pH 5.0, 2245mM ammonium sulfate NieuA.20425.a.K12.PB00109 at 10mg/ml; tray: 318611 h8; puck rwi1-1. 3x 360deg were collected at the in-house system at Cu-Kalpha, 1.5418A

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-3001CCD2021年3月11日Beryllium Lenses
RIGAKU SATURN 944+2CCD2021年1月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2RIGAKU VARIMAXSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48663 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 14.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.853.10.3552.9129680.8650.42980.4
1.85-1.93.350.3273.5332160.8930.38989.7
1.9-1.953.910.2764.833230.9410.31996.2
1.95-2.014.790.2426.334070.9650.27299.8
2.01-2.085.270.2137.832880.9740.237100
2.08-2.155.280.1769.2431390.9820.195100
2.15-2.235.270.14910.7330870.9860.16699.9
2.23-2.325.240.12612.1629850.9880.1499.9
2.32-2.435.290.11413.3727970.9910.126100
2.43-2.555.260.10214.8626950.9930.11399.8
2.55-2.685.260.0916.5525910.9940.1100
2.68-2.855.240.07718.8424330.9950.08699.8
2.85-3.045.220.06821.4823190.9960.076100
3.04-3.295.170.05624.7621250.9970.06299.9
3.29-3.65.140.04728.3319720.9980.052100
3.6-4.025.10.04131.5817860.9980.04699.9
4.02-4.655.120.03733.9315860.9980.04199.9
4.65-5.695.150.03833.6513210.9980.04299.9
5.69-8.055.010.0432.5710500.9980.044100
8.05-504.720.03135.045750.9990.03498.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CRANK2位相決定
Cootモデル構築
SHELXD位相決定
PARROT位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→35.94 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1901 2095 4.31 %0
Rwork0.1546 46557 --
obs0.1561 48652 97.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.94 Å2 / Biso mean: 22.8387 Å2 / Biso min: 6.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 171 612 4415
Biso mean--19.31 30.98 -
残基数----472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.24551020.20852524262680
1.84-1.890.24651500.19472790294089
1.89-1.940.26111270.18333011313895
1.94-20.20021520.166731683320100
2-2.060.19851490.154931373286100
2.06-2.130.20321480.149131653313100
2.13-2.220.16951400.151531983338100
2.22-2.320.19011290.153132203349100
2.32-2.440.21571530.15331363289100
2.44-2.60.19121360.16231883324100
2.6-2.80.20111560.159331813337100
2.8-3.080.18321380.160831703308100
3.08-3.520.17211390.151931993338100
3.52-4.440.14921370.123532273364100
4.44-35.940.19791390.159732433382100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.28811.209-0.19063.6904-0.03983.5859-0.02220.9184-0.3568-0.41750.0796-0.15180.19970.1363-0.01010.24110.01960.02050.2305-0.00390.09954.5190.82748.602
21.9657-0.5404-0.33591.7539-0.33511.5194-0.00570.0959-0.1256-0.0451-0.02430.21610.0972-0.25550.05260.0921-0.0118-0.02060.1505-0.03590.1182-9.3454.11158.783
34.9776-3.8286-0.65736.5782-5.08479.4518-0.0048-0.093-0.4207-0.10370.2481-0.13950.2811-0.2504-0.22750.1623-0.03760.02310.0967-0.00190.2461-3.14-11.05564.376
41.9244-2.46210.30615.7984-2.1362.8253-0.1462-0.0306-0.01280.3688-0.04670.06160.0424-0.16830.19440.1181-0.0126-0.01510.0874-0.03980.1192-2.435-0.97459.987
56.2072-1.1535-0.19394.73071.12347.2960.11470.41280.6479-0.9082-0.02970.6231-1.2595-0.7223-0.06230.35190.1237-0.070.31080.00990.2886-16.5122.30355.261
67.4701-0.8163-0.47354.28390.85940.32970.0516-0.1509-0.3232-0.0527-0.12150.4277-0.2623-0.71070.08780.13630.0571-0.0440.2909-0.05370.247-19.11513.9459.864
72.7869-0.002-0.2242.24520.07912.52310.03410.1286-0.0573-0.2592-0.1667-0.35670.24570.23760.10320.1220.01850.03070.1007-0.01640.12415.725-0.49954.614
84.1107-1.09861.27854.0862-2.00586.7346-0.0979-0.0081-0.10140.1723-0.0685-0.4058-0.14470.57080.14940.11560.01160.00780.121-0.0060.13798.8022.07657.933
94.15031.40151.59154.09891.60465.4779-0.13450.47210.3611-0.3439-0.10890.0289-0.74910.13640.20860.20380.0068-0.00670.16150.03360.12772.11110.86348.776
103.77460.4035-0.84634.018-1.1145.3989-0.0332-0.1922-0.08730.1972-0.0504-0.2717-0.12230.26650.06010.1156-0.0043-0.01540.0876-0.01880.10694.5944.40667.371
118.28234.3872.05755.78170.4847.53180.0789-0.3296-0.5020.12470.02370.45620.6056-0.7549-0.10070.1534-0.04770.0230.19750.01620.2557-10.09-5.52368.275
122.52661.67260.46344.39781.13834.17690.0964-0.24650.5490.6717-0.13240.2565-0.3859-0.30470.10590.22720.01660.03690.1335-0.04710.1794-3.14925.03886.131
133.4913-0.5379-1.06892.6066-1.34471.2169-0.0468-0.37320.14790.38410.0619-0.2355-0.21220.4531-0.01790.1679-0.0203-0.03460.1396-0.01360.140312.43619.91982.587
142.01790.0235-0.5611.9994-1.47432.19970.0790.14560.0581-0.06150.0153-0.0683-0.0629-0.0297-0.02550.1123-0.00770.01280.0716-0.01550.11448.88719.74673.246
152.2547-0.4882-1.7988.0356-2.00955.74350.0622-0.00040.04090.5982-0.2358-0.4565-0.04470.1590.15030.1435-0.0093-0.03290.18560.00540.10728.6478.41990.383
161.50730.3897-0.7534.0553-3.54464.1762-0.0244-0.122-0.0186-0.03560.0318-0.04250.20690.0771-0.11270.1498-0.00420.00610.0917-0.01660.09225.05615.50182.394
173.3345-0.4377-0.00314.9291-2.78749.32040.03690.91620.7033-0.2971-0.102-0.0473-0.34570.3257-0.01060.1901-0.00340.0460.23140.08690.231213.20829.5159.575
182.31150.0028-0.80952.3460.04132.24070.15640.03760.203-0.0153-0.0398-0.1854-0.20540.1383-0.07110.10980.0008-0.01150.088-0.02390.090910.59623.31473.303
191.6239-0.2151-0.22892.28660.10741.6792-0.1632-1.0753-0.41050.67360.29410.7190.2396-0.70240.0440.22070.03020.12190.38780.07990.2724-10.51615.23489.784
203.64860.4112-0.43634.4842-0.38372.5015-0.0129-0.2305-0.13740.2595-0.03240.5402-0.0054-0.23690.03460.10820.01640.02510.1499-0.01320.1414-6.43916.60281.604
212.58920.3317-0.04043.54220.89881.9037-0.42070.03890.6409-0.8261-0.14150.6525-0.8924-0.2971-0.0460.21710.0577-0.07180.1509-0.03420.2636-2.79929.26776.638
223.4033-0.9687-0.24233.74870.2932.517-0.0454-0.0281-0.2309-0.1778-0.05990.32320.1061-0.20270.05830.1213-0.0141-0.01580.1203-0.02020.1023-1.6219.03175.697
238.34281.74084.05188.1744-1.61792.86190.0212-0.4138-0.18660.3850.0112-0.7680.35250.2235-0.0730.16810.0448-0.01870.188-0.02950.199514.4227.83582.533
244.1211-0.4696-0.36532.64351.05062.97120.03210.01670.03720.0208-0.0555-0.0107-0.0911-0.14310.02010.1492-0.01410.00660.1213-0.00190.05313.7670.015100.718
256.0739-1.71451.69173.49451.4943.2603-0.0466-1.02280.24040.7111-0.0084-0.03480.20280.0080.04060.2277-0.0432-0.00830.2747-0.02940.13115.285.322116.357
262.0836-1.9675-2.09374.44863.29464.6566-0.02550.1291-0.144-0.03620.0755-0.21110.20610.1245-0.00870.1381-0.0107-0.00250.1715-0.02250.149511.593-9.47291.587
275.0974-0.7439-3.30881.07380.23192.60930.1399-0.02530.0040.0615-0.20710.2129-0.2137-0.41970.02990.1424-0.00310.02360.1917-0.04160.1355-5.6251.203106.085
283.33330.7707-0.4962.7824-0.82141.91360.0671-0.2157-0.20410.0192-0.01060.2190.523-0.4804-0.06140.1969-0.05940.02250.1664-0.03610.1656-3.8-5.703105.711
296.99651.83431.08572.80710.98034.8312-0.12360.05450.64250.132-0.1128-0.1983-0.43160.37220.15480.1805-0.0176-0.05950.22480.01860.175114.4453.316112.34
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 22:33 )A22 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 34:58 )A34 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 59:67 )A59 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 68:83 )A68 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 84:93 )A84 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 94:103 )A94 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 104:122 )A104 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 123:135 )A123 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 136:147 )A136 - 147
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 148:163 )A148 - 163
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 164:176 )A164 - 176
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 22:33 )B22 - 33
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 34:45 )B34 - 45
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 46:58 )B46 - 58
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 59:67 )B59 - 67
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 68:83 )B68 - 83
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 84:93 )B84 - 93
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 94:113 )B94 - 113
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 114:122 )B114 - 122
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 123:135 )B123 - 135
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 136:147 )B136 - 147
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 148:163 )B148 - 163
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN B AND RESID 164:176 )B164 - 176
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN C AND RESID 0:58 )C0 - 58
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN C AND RESID 59:75 )C59 - 75
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN C AND RESID 76:103 )C76 - 103
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN C AND RESID 104:122 )C104 - 122
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN C AND RESID 123:163 )C123 - 163
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN C AND RESID 164:180 )C164 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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