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Yorodumi- PDB-7s5o: Crystal structure of Cytochrome c' beta from Nitrosomonas europae... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s5o | ||||||
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Title | Crystal structure of Cytochrome c' beta from Nitrosomonas europaea ATCC 19718 | ||||||
Components | Cytochrome_P460 domain-containing protein | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / SSGCID / Cytochrome_P460 domain-containing protein / Nitrosomonas europaea / NE0824 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / ACETATE ION / HEME C / Cytochrome_P460 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Nitrosomonas europaea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2022 Title: Structural Characterization of Cytochrome c ' beta-Met from an Ammonia-Oxidizing Bacterium. Authors: Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Liew, F.N. / Nguyen, J.N. / Kim, H.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7s5o.cif.gz | 215.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7s5o.ent.gz | 179 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7s5o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7s5o_validation.pdf.gz | 501 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7s5o_full_validation.pdf.gz | 502.7 KB | Display | |
Data in XML | 7s5o_validation.xml.gz | 1.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7s5o_validation.cif.gz | 10.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19054.297 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nitrosomonas europaea (strain ATCC 19718 / CIP 103999 / KCTC 2705 / NBRC 14298) (bacteria) Strain: ATCC 19718 / CIP 103999 / KCTC 2705 / NBRC 14298 / Gene: NE0824 / Plasmid: NieuA.20425.a.K12 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q82W71 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % / Mosaicity: 0.123 ° |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.77 Details: Calibre Anatrace Top96 screen, condition #30 optimization screen: 100mM sodium acetate HCl pH 4.77, 2245mM ammonium sulfate) + 100mM sodium malonate pH 7.0; NieuA.20425.a.K12.PB00109 at ...Details: Calibre Anatrace Top96 screen, condition #30 optimization screen: 100mM sodium acetate HCl pH 4.77, 2245mM ammonium sulfate) + 100mM sodium malonate pH 7.0; NieuA.20425.a.K12.PB00109 at 10mg/ml, tray: 319288 F8; cryo: 7ul reservoir + 14ul 4M ammonium sulfate, 60sec soak; puck hyq3-1, For phasing: Anatrace Top96 screen, optimization screen around condition #30: 100mM Sodium acetate / HCl pH 5.0, 2245mM ammonium sulfate NieuA.20425.a.K12.PB00109 at 10mg/ml; tray: 318611 h8; puck rwi1-1. 3x 360deg were collected at the in-house system at Cu-Kalpha, 1.5418A |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 48663 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 14.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→35.94 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.94 Å2 / Biso mean: 22.8387 Å2 / Biso min: 6.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→35.94 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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