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- PDB-7s5o: Crystal structure of Cytochrome c' beta from Nitrosomonas europae... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s5o | ||||||
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Title | Crystal structure of Cytochrome c' beta from Nitrosomonas europaea ATCC 19718 | ||||||
![]() | Cytochrome_P460 domain-containing protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / SSGCID / Cytochrome_P460 domain-containing protein / Nitrosomonas europaea / NE0824 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Characterization of Cytochrome c ' beta-Met from an Ammonia-Oxidizing Bacterium. Authors: Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Liew, F.N. / Nguyen, J.N. / Kim, H.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 219.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 174.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 501 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 502.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19054.297 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 19718 / CIP 103999 / KCTC 2705 / NBRC 14298 / Gene: NE0824 / Plasmid: NieuA.20425.a.K12 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % / Mosaicity: 0.123 ° |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.77 Details: Calibre Anatrace Top96 screen, condition #30 optimization screen: 100mM sodium acetate HCl pH 4.77, 2245mM ammonium sulfate) + 100mM sodium malonate pH 7.0; NieuA.20425.a.K12.PB00109 at ...Details: Calibre Anatrace Top96 screen, condition #30 optimization screen: 100mM sodium acetate HCl pH 4.77, 2245mM ammonium sulfate) + 100mM sodium malonate pH 7.0; NieuA.20425.a.K12.PB00109 at 10mg/ml, tray: 319288 F8; cryo: 7ul reservoir + 14ul 4M ammonium sulfate, 60sec soak; puck hyq3-1, For phasing: Anatrace Top96 screen, optimization screen around condition #30: 100mM Sodium acetate / HCl pH 5.0, 2245mM ammonium sulfate NieuA.20425.a.K12.PB00109 at 10mg/ml; tray: 318611 h8; puck rwi1-1. 3x 360deg were collected at the in-house system at Cu-Kalpha, 1.5418A |
-Data collection
Diffraction |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 48663 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 14.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.94 Å2 / Biso mean: 22.8387 Å2 / Biso min: 6.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→35.94 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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