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- PDB-7s4a: MRG15 complex with PALB2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s4a
タイトルMRG15 complex with PALB2 peptide
要素
  • Mortality factor 4-like protein 1
  • Partner and localizer of BRCA2
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Complex / Tumor suppressor (がん抑制遺伝子) / Recombination mediator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of double-strand break repair / post-anal tail morphogenesis / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates ...regulation of double-strand break repair / post-anal tail morphogenesis / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / mesoderm development / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / embryonic organ development / somitogenesis / animal organ morphogenesis / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / multicellular organism growth / KEAP1-NFE2L2 pathway / ヌクレオソーム / Neddylation / chromatin organization / HATs acetylate histones / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / nuclear speck / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Partner and localiser of BRCA2, WD40 domain / Partner and localizer of BRCA2 / Partner and localizer of BRCA2 WD40 domain / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain ...Partner and localiser of BRCA2, WD40 domain / Partner and localizer of BRCA2 / Partner and localizer of BRCA2 WD40 domain / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Chromo-like domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Partner and localizer of BRCA2 / Mortality factor 4-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.693 Å
データ登録者Korolev, S. / Deveryshetty, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private3950 米国
引用ジャーナル: Genes (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Insight into the Mechanism of PALB2 Interaction with MRG15.
著者: Redington, J. / Deveryshetty, J. / Kanikkannan, L. / Miller, I. / Korolev, S.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mortality factor 4-like protein 1
B: Partner and localizer of BRCA2
C: Mortality factor 4-like protein 1
D: Partner and localizer of BRCA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0054
ポリマ－53,0054
非ポリマー00
水27015
1
A: Mortality factor 4-like protein 1
B: Partner and localizer of BRCA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5022
ポリマ－26,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
2
C: Mortality factor 4-like protein 1
D: Partner and localizer of BRCA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5022
ポリマ－26,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.084, 60.157, 131.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 156 through 202 or resid 212 through 315))
21(chain C and (resid 156 through 202 or resid 212 through 315))
12(chain B and resid 597 through 610)
22(chain D and resid 597 through 610)
13(chain B and resid 611 through 628)
23(chain D and resid 611 through 628)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALLYSLYS(chain A and (resid 156 through 202 or resid 212 through 315))AA156 - 2025 - 51
121TYRTYRPROPRO(chain A and (resid 156 through 202 or resid 212 through 315))AA212 - 31561 - 164
211VALVALLYSLYS(chain C and (resid 156 through 202 or resid 212 through 315))CC156 - 2025 - 51
221TYRTYRPROPRO(chain C and (resid 156 through 202 or resid 212 through 315))CC212 - 31561 - 164
112METMETTHRTHR(chain B and resid 597 through 610)BB597 - 61024 - 37
212METMETTHRTHR(chain D and resid 597 through 610)DD597 - 61024 - 37
113ASPASPLYSLYS(chain B and resid 611 through 628)BB611 - 62838 - 55
213ASPASPLYSLYS(chain D and resid 611 through 628)DD611 - 62838 - 55

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Mortality factor 4-like protein 1 / MORF-related gene 15 protein / Protein MSL3-1 / Transcription factor-like protein MRG15


分子量: 19940.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORF4L1, MRG15, FWP006, HSPC008, HSPC061, PP368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU8
#2: タンパク質 Partner and localizer of BRCA2


分子量: 6561.436 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 597-630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PALB2, FANCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86YC2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Tris HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.693→30 Å / Num. obs: 12298 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.49 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.693→2.75 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 603 / CC1/2: 0.675 / CC star: 0.898 / Rpim(I) all: 0.434 / Rrim(I) all: 0.953 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQL

2aql


解像度: 2.693→29.671 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2969 1228 10.02 %
Rwork0.2265 11024 -
obs0.2336 12252 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.81 Å2 / Biso mean: 52.365 Å2 / Biso min: 23.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.693→29.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 0 15 3148
Biso mean---45.9 -
残基数----386
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A902X-RAY DIFFRACTION6.347TORSIONAL
12C902X-RAY DIFFRACTION6.347TORSIONAL
21B78X-RAY DIFFRACTION6.347TORSIONAL
22D78X-RAY DIFFRACTION6.347TORSIONAL
31B102X-RAY DIFFRACTION6.347TORSIONAL
32D102X-RAY DIFFRACTION6.347TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6934-2.80110.37831310.2885118098
2.8011-2.92850.43931340.3183119799
2.9285-3.08280.37571370.3112122499
3.0828-3.27570.36491340.2667121399
3.2757-3.52820.32841380.257123899
3.5282-3.88260.27741370.2146123299
3.8826-4.44280.2751360.1968122498
4.4428-5.59130.27581370.1924123097
5.5913-29.6710.22841440.1935128696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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