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万見
- PDB-7s3r: NMR Solution Structure of hGal(1-12)KK, a solubility-tagged trunc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s3r
タイトルNMR Solution Structure of hGal(1-12)KK, a solubility-tagged truncation of the human neuropeptide galanin
要素Galanin
キーワードNEUROPEPTIDE / binding epitope / synthetic peptide (ペプチド合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


galanin receptor binding / type 1 galanin receptor binding / type 2 galanin receptor binding / type 3 galanin receptor binding / galanin receptor activity / positive regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cortisol secretion / regulation of glucocorticoid metabolic process / negative regulation of lymphocyte proliferation ...galanin receptor binding / type 1 galanin receptor binding / type 2 galanin receptor binding / type 3 galanin receptor binding / galanin receptor activity / positive regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cortisol secretion / regulation of glucocorticoid metabolic process / negative regulation of lymphocyte proliferation / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / insulin secretion / cAMP-mediated signaling / response to immobilization stress / neuropeptide signaling pathway / protein kinase A signaling / Peptide ligand-binding receptors / 分泌 / response to insulin / response to estrogen / G alpha (i) signalling events / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / neuronal cell body / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Galanin / Galanin precursor / Galanin message associated peptide (GMAP) / Galanin / Galanin message associated peptide (GMAP) / Galanin signature. / Galanin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kraichely, K.N. / Mendoza, E.A. / Parnham, S. / Giuliano, M.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Minimal Increments of Hydrophobic Collapse within the N-Terminus of the Neuropeptide Galanin.
著者: Kraichely, K.N. / Clinkscales, S.E. / Hendy, C.M. / Mendoza, E.A. / Parnham, S. / Giuliano, M.W.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galanin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8411
ポリマ－1,8411
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Peptide state was determined to be monomeric at 2 mM (free of aggregation) after examining 1D 1H NMR spectra for dispersion, broadening, or loss of resolution in ...根拠: assay for oligomerization, Peptide state was determined to be monomeric at 2 mM (free of aggregation) after examining 1D 1H NMR spectra for dispersion, broadening, or loss of resolution in peaks over a 50-fold range of concentration from 0.1 mM up to 5 mM.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Galanin /


分子量: 1841.099 Da / 分子数: 1 / 変異: N18K / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22466

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11D 1H acquisition
121isotropic12D 1H-1H COSY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-1H ROESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2 mM hGal(1-17)K, 4.14 mM D3 sodium acetate, 5.86 mM D4 acetic acid, 95% H2O/5% D2O
詳細: 2 mM hGal(1-17)K peptide 10 mM deuterated (d3/d4) sodium acetate/acetic acid buffer pH 4.6
Label: KNK-I-115A / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMhGal(1-17)Knatural abundance1
4.14 mMsodium acetateD31
5.86 mMacetic acidD41
試料状態詳細: 2 mM hGal(1-17)K peptide 10 mM deuterated (d3/d4) sodium acetate/acetic acid buffer pH 4.6
イオン強度: 4.14 mM sodium acetate, d3 mM / Label: 1 / pH: 4.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)chemical shift assignment
MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)peak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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