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- PDB-7s2s: nanobody bound to Interleukin-2Rbeta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s2s
タイトルnanobody bound to Interleukin-2Rbeta
要素
  • IL2Rb-binding nanobody
  • Interleukin-2 receptor subunit beta
キーワードPROTEIN BINDING / nanobody / cytokine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / immunoglobulin mediated immune response ...interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / protein-containing complex assembly / endosome / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Glassman, C.R. / Jude, K.M. / Yen, M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37-AI051321 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Facile discovery of surrogate cytokine agonists.
著者: Yen, M. / Ren, J. / Liu, Q. / Glassman, C.R. / Sheahan, T.P. / Picton, L.K. / Moreira, F.R. / Rustagi, A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Blish, C.A. / Baric, R.S. / Su, L.L. / Garcia, K.C.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: IL2Rb-binding nanobody
B: Interleukin-2 receptor subunit beta
A: IL2Rb-binding nanobody
D: Interleukin-2 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,26623
ポリマ－83,5624
非ポリマー4,70419
水3,477193
1
C: IL2Rb-binding nanobody
B: Interleukin-2 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8939
ポリマ－41,7812
非ポリマー2,1127
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: IL2Rb-binding nanobody
D: Interleukin-2 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,37314
ポリマ－41,7812
非ポリマー2,59212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.698, 69.505, 91.721
Angle α, β, γ (deg.)99.566, 99.854, 90.191
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 CABD

#1: 抗体 IL2Rb-binding nanobody


分子量: 16581.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Interleukin-2 receptor subunit beta / IL-2 receptor subunit beta / IL-2R subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta ...IL-2 receptor subunit beta / IL-2R subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta / Interleukin-15 receptor subunit beta / p70-75 / p75


分子量: 25199.594 Da / 分子数: 2 / Fragment: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: protein was methylated before crystallization / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RB, IL15RB / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14784

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 206分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.23 M ammonium sulfate, 0.08 M Bis Tris pH 5.5, 23% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→44.53 Å / Num. obs: 73848 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 263682
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.92-1.973.41.3581426542280.5560.8481.6060.973
8.59-44.533.50.03230188570.9980.020.0382999.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2b5i, 5lhr

2b5i

5lhr


解像度: 1.93→44.53 Å / SU ML: 0.2789 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.2824
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 2007 2.73 %
Rwork0.2127 71626 -
obs0.2137 73633 95.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→44.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5163 0 295 193 5651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70337618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17262034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.37651310.35494836X-RAY DIFFRACTION92.03
1.98-2.030.34451430.32835201X-RAY DIFFRACTION95.39
2.03-2.090.37251360.30685035X-RAY DIFFRACTION95.88
2.09-2.160.31351480.27985091X-RAY DIFFRACTION95.52
2.16-2.240.33751500.27545178X-RAY DIFFRACTION95.88
2.24-2.330.27271410.24655073X-RAY DIFFRACTION96
2.33-2.430.29661520.24895105X-RAY DIFFRACTION96.05
2.43-2.560.28491320.25325176X-RAY DIFFRACTION96.21
2.56-2.720.26291440.23795112X-RAY DIFFRACTION96.23
2.72-2.930.32331500.2325136X-RAY DIFFRACTION96.6
2.93-3.230.25381410.22055176X-RAY DIFFRACTION96.57
3.23-3.690.22251460.18415171X-RAY DIFFRACTION96.92
3.69-4.650.17021470.1585174X-RAY DIFFRACTION96.83
4.65-44.530.20881460.17595162X-RAY DIFFRACTION96.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2336312177170.325122183084-0.3543707167231.22623277527-0.1726800273941.4224719069-0.158404965983-0.4551786226150.06247255245931.071773721470.147817863839-0.0850007320166-0.1614755614940.06078780021260.007020875920851.141056807980.06648902057580.1604707620440.690973718233-0.1442122369540.4584924184391.9540825508747.737480867.32394795555
21.772794373160.382479423256-0.5061859686092.9098545184-0.9939993303672.49253592493-0.0599754248631-0.1957522285810.05554599412281.009496314840.1038461898580.7852352779070.603134214391-0.366123007888-0.05678479979420.811722911263-0.03645358168320.1641905825080.48328899175-0.0584610510160.400437925497-3.4223006491442.5653848521-1.07459034735
31.724868735270.0523207818819-1.724215949011.84904764367-0.7237468789821.981320920560.0326684156097-0.535267010898-0.06413829915190.919607346351-0.08020683529121.04468676846-0.0530871041609-1.00367790703-0.08817148717630.7231134054920.06075436841460.3010992024280.69163782275-0.1012189579430.670695045685-9.7740665485650.1468694353-0.83394527007
40.820360112682-0.689960868736-0.5294082827033.21672331827-0.479422857691.886798241150.0826894130127-0.4607654821440.1064679823761.364112551380.08815720070010.828121042019-0.27584777682-0.17915664782-0.044696007411.16550066394-0.02282490856730.2101693976480.682838388057-0.1576126001860.381679124433-4.4775621939450.35404127246.65982395932
51.835305062850.0986289461511-0.5426116411192.84312213534-0.1688357152121.32537092541-0.05298063306-0.33532350465-0.01184544115991.083003456890.1097937584920.1268371295010.21800548356-0.322112925651-0.03813535794950.5663221205510.01283020404880.08272917141550.385618431871-0.03097944507110.3658084979480.58823108910242.0222792866-5.36952445632
62.696042029940.117880605636-0.01777525292992.98432103716-0.46175625611.902651316110.0426474842914-0.418577630277-0.3132616330361.208164990570.164600177893-0.04920794134940.3292596700130.6219202164450.0144043171850.8959076746630.086102377291-0.0912437487620.5063985083710.05523703883150.3224204705434.3507897477737.11119735030.712920218562
70.154784748416-0.18922469578-0.06858798120091.48113151872-0.04913835845760.0996122631160.0622837141886-0.469822491680.2071729509210.9011948641250.08038970417680.96702851901-0.180386867068-0.162822198093-0.005147453561241.27521730701-0.02628806089480.3911511873771.114679635250.2359323706140.720516895885-11.895929752542.142497175114.4411019205
82.324538188480.4873048550260.3851928198873.284287934930.3774568313312.460747893840.089288849551-0.0844143441422-0.1026476312470.2062998569950.01392841718980.2576933012270.194629728678-0.0839116066221-0.02861633736680.1993194205380.0130895104484-0.02827265203840.2385537312290.009411947761570.3631813708271.6670937270534.5696031803-23.1432437434
91.3848240193-0.764648094603-0.7678018993441.542524890710.653549429690.8912503871490.005020504327730.003395075921490.0363904116887-0.116342932802-0.00152476615632-0.340926544502-0.01627887404660.04681813564510.0301298849940.216059017112-0.013355261773-0.0132773089830.213609139833-0.000123156722410.39019065563525.161569888833.9044353742-32.9879723203
100.340844829298-0.0421214556430.08963446813651.8541070276-1.17751107811.03141942074-0.09577107503160.7606068887520.473236902398-1.304621630290.047702690992-0.3443225506590.03418380076430.0559289597219-0.2696758008731.610302154360.05254124585010.2687819575460.8714720586570.08219215350590.58433850589941.016866234380.0362119785-73.6906455619
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204.893943895690.5763751513660.05602895440821.32298840628-1.411401417642.735503376830.2856841570370.290145543386-0.323614271214-0.600782315583-0.0892663670051-0.9816472131690.4018206519490.91031003251-0.03908558301420.3509776980440.1277184129820.06809195078670.423210899529-0.0344837425280.50561505879442.309715776766.3393827734-46.5124630447
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 3 through 31 )CA3 - 311 - 29
22chain 'C' and (resid 32 through 56 )CA32 - 5630 - 54
33chain 'C' and (resid 57 through 70 )CA57 - 7055 - 68
44chain 'C' and (resid 72 through 90 )CA72 - 9070 - 88
55chain 'C' and (resid 91 through 114 )CA91 - 11489 - 112
66chain 'C' and (resid 115 through 121 )CA115 - 121113 - 119
77chain 'C' and (resid 122 through 129 )CA122 - 129120 - 127
88chain 'B' and (resid 32 through 114 )BB32 - 1141 - 78
99chain 'B' and (resid 115 through 235 )BB115 - 23579 - 199
1010chain 'A' and (resid 2 through 17 )AL2 - 171 - 16
1111chain 'A' and (resid 18 through 33 )AL18 - 3317 - 32
1212chain 'A' and (resid 34 through 56 )AL34 - 5633 - 55
1313chain 'A' and (resid 57 through 70 )AL57 - 7056 - 69
1414chain 'A' and (resid 72 through 82 )AL72 - 8271 - 81
1515chain 'A' and (resid 83 through 90 )AL83 - 9082 - 89
1616chain 'A' and (resid 91 through 114 )AL91 - 11490 - 113
1717chain 'A' and (resid 115 through 128 )AL115 - 128114 - 127
1818chain 'D' and (resid 32 through 65 )DM32 - 651 - 34
1919chain 'D' and (resid 66 through 103 )DM66 - 10335 - 72
2020chain 'D' and (resid 104 through 114 )DM104 - 11473 - 83
2121chain 'D' and (resid 115 through 124 )DM115 - 12484 - 93
2222chain 'D' and (resid 125 through 233 )DM125 - 23394 - 202
2323chain 'D' and (resid 234 through 235 )DM234 - 235203 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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