[日本語] English
万見
- PDB-7s2r: nanobody bound to IL-2Rg -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s2r
タイトルnanobody bound to IL-2Rg
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • nanobody gamma-nb6
キーワードPROTEIN BINDING / nanobody / cytokine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway ...mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / Interleukin-7 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Glassman, C.R. / Jude, K.M. / Yen, M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37-AI051321 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Facile discovery of surrogate cytokine agonists.
著者: Yen, M. / Ren, J. / Liu, Q. / Glassman, C.R. / Sheahan, T.P. / Picton, L.K. / Moreira, F.R. / Rustagi, A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Blish, C.A. / Baric, R.S. / Su, L.L. / Garcia, K.C.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor common subunit gamma
B: nanobody gamma-nb6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,16219
ポリマ－42,9742
非ポリマー2,18817
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.082, 120.082, 237.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

SO4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / ...Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 25123.975 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31785
#2: タンパク質 nanobody gamma-nb6


分子量: 17850.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 40分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M BIS-Tris pH5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.64 Å / Num. obs: 30758 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.323 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.339 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 367204 / Scaling rejects: 111
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.5912.47.2744212033910.3562.137.5840.499.8
8.98-48.6410.90.19282237520.9780.0610.20211.299.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B5I, 5LHR

2b5i

5lhr


解像度: 2.49→48.64 Å / SU ML: 0.5309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.4442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 2301 7.54 %
Rwork0.2461 28219 -
obs0.248 30520 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 132 26 2841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00282880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55133918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.01181022
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.540.48761310.51421652X-RAY DIFFRACTION95.09
2.54-2.60.47251450.47921751X-RAY DIFFRACTION98.75
2.6-2.670.49521410.50861710X-RAY DIFFRACTION98.46
2.67-2.740.46591410.47071742X-RAY DIFFRACTION99.58
2.74-2.820.4021410.41931727X-RAY DIFFRACTION99.57
2.82-2.910.40631420.38321761X-RAY DIFFRACTION99.48
2.91-3.020.35031400.35121735X-RAY DIFFRACTION98.94
3.02-3.140.32191430.29361743X-RAY DIFFRACTION98.85
3.14-3.280.32211440.28651749X-RAY DIFFRACTION99.21
3.28-3.450.30831440.27041775X-RAY DIFFRACTION99.58
3.45-3.670.32031440.23641754X-RAY DIFFRACTION99.11
3.67-3.950.281450.23381772X-RAY DIFFRACTION99.58
3.95-4.350.23871450.20051784X-RAY DIFFRACTION99.95
4.35-4.980.18281480.16251811X-RAY DIFFRACTION100
4.98-6.270.20181490.2041826X-RAY DIFFRACTION100
6.27-48.640.25921580.23041927X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08321045711.1215579875-3.064210892920.908227624298-1.781858264334.156522944540.0397565849826-0.582048114382-0.163750006112-0.0256841117142-0.2110220390770.027983047498-0.1532740819450.81212211250.1147106403011.17753901795-0.0297792416540.03921205114080.9225177714060.047089321090.49021608076718.5490649014-38.48897033123.38849553329
23.165321728921.75057963154-2.447294814985.1154655451-0.0279274756352.725175926490.0550694344354-0.662273984082-0.2408355271550.5993463147650.108137873662-0.4197721912190.3174558626430.1368995223340.05849335660221.05462161017-0.168340364997-0.06698229912891.107767973320.02591358619420.54283163660613.2386765335-42.93195428159.72498028829
33.66955012802-0.204082788635-1.10743660541-0.0121384917181-0.07433847799497.986212900780.4066161885570.4642847827220.39926425361-0.0444283183511-0.428427784665-0.240263924880.772789327234-0.771118536858-0.06728880243190.748402066428-0.266520337464-0.008659241621850.9465620449030.004642331557360.6727781231779.77607039114-40.74210461520.036667072971
43.280887950160.713286455406-1.864769450023.12699426573-2.872034516793.068457065860.1666133139250.0725049063978-0.1963140589660.2869514937060.05569393751050.260563747642-0.217322670517-0.737177713618-0.2161819018220.782528033383-0.137796607204-0.04235064411710.89142566819-0.01909008727240.5367916172716.174923221-34.37876131260.586660256132
55.465113267076.2980518831-6.989748055258.75209859966-8.057760732059.43889706755-1.094277966921.058087274310.0956734434328-0.9121187641480.3757230530.3353378857050.505805974214-0.9273371604280.6342297166081.12346509571-0.01942942712710.01288127423041.020131065360.01872666180710.6010013624643.8444310673-32.6203492893-30.1334706025
67.03190475112-2.68131728406-0.9234940140914.144075125671.112870017186.226981384050.2060859633340.0292612878937-0.5304200155820.07990868665090.0475562876089-0.4755889007570.8032655266210.892019863731-0.287434656850.8301659791960.1737298940530.006511411524340.860930323232-0.08824347554820.66297682569639.0775540905-32.6386806923-16.0487085719
73.14942458567-3.11902370177-0.4787432700568.07638160850.2828807832349.79419252893-0.1602000057240.888706539920.024160703312-0.440325776102-0.0324583715533-0.492527400328-1.1227343340.435690336079-0.2059239294010.934338365813-0.0797106334641-0.04191032591591.004622411480.01334283675120.77648395998544.4532194534-30.3542697695-23.5863235558
84.03325493244-4.00425630619-5.499280209434.044293393975.512146938197.24646361244-0.20235986542-0.2661164476370.08135432113730.3923090740020.471616348724-0.2838418623230.8125209899331.00194973123-0.2332339162290.7948092242630.06532622842230.008315086879890.823831324141-0.01697981157740.58176000556335.2276937297-33.9008879654-13.5488940132
91.839698987581.42026286072-0.2050291562576.3237757925-1.245251116170.2484335382960.951249039762-1.153858212490.459791279241.56230661903-1.316778695454.01151207915-7.13036358583-5.889242316720.5340375588411.091446895280.3141781064260.3863430214241.08161604257-0.4962123046270.63990524721353.0249340847-42.7463330262-26.4249416303
104.643899354861.299071360840.4455748908797.136323121820.8145710635295.08643292962-0.2850985222670.0801143785129-0.377232333765-0.803756313920.3028686642120.841606356452-0.177979887589-1.15883158632-0.1409316105270.6284856165820.1255405343460.009016862813731.14008075723-0.08752062215280.541552782034-0.459244929895-15.2471563937-22.440781251
114.60048354906-0.2718763431470.4740552249838.56731815088-5.07458054436.70721283803-0.2855940864650.151658171566-0.0561990126629-0.09907655137720.142559420466-0.514459071533-0.0413833021173-0.2142596025810.06457686439940.7511049454410.09429887134420.05616223721280.807727044383-0.04443302395080.43632572440911.1148522577-15.1893782059-23.7729616974
129.236087828230.7094306670042.017343789052.52125715274-1.267438681652.675475633780.179536927682-1.36442224175-0.860916613151.65931645793-0.200254952413-0.263823398935-0.3640662224020.374717764335-0.1435614117711.157112882930.102539243518-0.0327306406741.07662688201-0.06830841405710.81559866868310.7030832599-11.7231165058-12.3660443895
132.57883286872-0.1256303277961.158919003556.25872500663-0.8959928964285.4283202950.2810125157210.1081440550590.0417918723798-0.135191241751-0.312812650275-0.185659304774-0.311346902484-0.346068490991-0.06294308923270.5969923966740.05262830225680.01024971394790.875973073661-0.0355552137520.3966470628667.50985216024-14.4201373531-19.4416193486
143.366238165080.992153517728-0.9727172528183.75037739447-5.197407209997.36797173270.0349173723740.3952088923350.115357632648-0.1854740671010.2070095583840.0843901203564-0.124873102666-0.365434439087-0.3370607498550.8514047990370.03975510836770.01177783407140.92249386501-0.02594232948680.5174255851297.08676491642-13.6136821756-28.0109416577
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 52 through 73 )AA52 - 731 - 22
22chain 'A' and (resid 74 through 91 )AA74 - 9123 - 40
33chain 'A' and (resid 92 through 121 )AA92 - 12141 - 70
44chain 'A' and (resid 122 through 160 )AA122 - 16071 - 109
55chain 'A' and (resid 161 through 173 )AA161 - 173110 - 122
66chain 'A' and (resid 174 through 202 )AA174 - 202123 - 151
77chain 'A' and (resid 203 through 218 )AA203 - 218152 - 167
88chain 'A' and (resid 219 through 246 )AA219 - 246168 - 195
99chain 'A' and (resid 247 through 248 )AA247 - 248196 - 197
1010chain 'B' and (resid 1 through 32 )BF1 - 321 - 32
1111chain 'B' and (resid 33 through 52 )BF33 - 5233 - 52
1212chain 'B' and (resid 53 through 70 )BF53 - 7053 - 70
1313chain 'B' and (resid 71 through 116 )BF71 - 11671 - 116
1414chain 'B' and (resid 117 through 136 )BF117 - 136117 - 136

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る