PDB-7s14: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s14

タイトル

Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae 86-028NP

要素

Putative NAD(P)H nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / nitroreductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens.
著者: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S.

履歴

登録	2021年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7s14.ent.gz	313.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s14_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s14_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7s14_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	7s14_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s14	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wt2C 7rzlC 7rzpC 7s1aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7s14-2 7rzp-d 6wt2-1 6wt2-2 6ooz-d 7jh4-1 7jh4-3 7daz-d 3n5o-d 2hay-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative NAD(P)H nitroreductase

B: Putative NAD(P)H nitroreductase

C: Putative NAD(P)H nitroreductase

D: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative NAD(P)H nitroreductase

B: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative NAD(P)H nitroreductase

D: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.833, 54.779, 134.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Putative NAD(P)H nitroreductase / NfsB 分子量: 25789.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌) 株: 86-028NP / 遺伝子: NTHI1892 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q4QJZ7, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 6種, 373分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M calcium chloride, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.621
1	1	-h,-k,l	2	0.379

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 97736 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 4709 / CC_1/2: 0.453 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19-4092	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→42.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.257 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1914	5030	5.2 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.154	91789	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.34 Å² / B_iso mean: 29.314 Å² / B_iso min: 13.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.91 Å²	-0 Å²	-1.42 Å²
2-	-	2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→42.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7076	0	147	358	7581
B_iso mean	-	-	23.9	30.36	-
残基数	-	-	-	-	883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	7406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.176	1.65	9999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	1.586	16037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.919	5	889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.034	22.718	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.26	15	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.036	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.023	8361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.021	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.14	3	7298

LS精密化シェル

解像度: 1.653→1.696 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	300	-
R_work	0.193	5941	-
all	-	6241	-
obs	-	-	85.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1163	-1.3013	0.4338	1.5605	-0.3294	0.8946	0.0132	-0.0152	0.0309	0.0075	0.0152	-0.0462	0.0671	-0.0473	-0.0284	0.0695	0.0021	0.0122	0.0493	0.0099	0.0467	7.3136	11.2206	66.4874
2	0.0148	0.0065	-0.0023	0.0077	0.0033	0.0042	0.0103	-0.0273	-0.0078	-0.0176	-0.0128	-0.0041	-0.0203	0.0019	0.0025	0.109	-0.0114	0.0124	0.0593	0.0056	0.0287	13.7676	13.8666	48.667
3	1.1179	-0.5292	0.5147	0.3631	-0.3521	0.3429	-0.1513	0.0532	0.1208	-0.0265	0.0226	-0.1403	0.03	-0.0268	0.1287	0.1225	-0.0435	0.0463	0.0989	-0.0111	0.0866	15.7047	14.056	36.5216
4	4.8106	1.6191	0.7889	1.4532	2.0689	3.7188	-0.0375	0.1627	0.1403	-0.1532	0.022	0.0524	-0.2702	-0.0199	0.0155	0.1064	0.0153	-0.0057	0.032	-0.0044	0.0345	4.1552	10.7986	32.0144
5	0.3973	-0.0266	0.4068	1.525	-0.0913	0.4205	-0.0531	-0.0067	0.037	0.0406	0.0091	-0.121	-0.0452	-0.0024	0.044	0.0979	0.0061	0.0344	0.0374	0.0019	0.0322	12.2136	11.3732	39.5436
6	1.3892	-1.3695	1.8273	2.1115	-2.7876	3.6901	-0.1743	0.0005	0.0819	0.0687	-0.0686	-0.1811	-0.1244	0.0832	0.2429	0.1514	0.0095	0.0167	0.0532	-0.0174	0.038	31.6765	-5.7883	45.0501
7	3.0779	-0.8205	0.247	0.4789	-0.4653	0.6363	0.1113	-0.0877	0.1836	-0.0281	-0.0635	-0.0132	-0.0074	0.1137	-0.0478	0.1168	0.0062	0.0229	0.0528	-0.0066	0.0213	28.2071	-14.6514	48.2914
8	0.391	-0.1989	0.02	0.1031	-0.031	0.3612	-0.0088	-0.0007	0.0019	0.0108	0.0006	0.0003	0.0167	-0.0144	0.0082	0.0786	-0.0116	0.019	0.0269	-0.002	0.0231	12.3694	3.1389	45.6838
9	1.1245	-0.4991	-0.7029	0.2221	0.3123	0.4448	-0.0107	0.1984	-0.12	0.0035	-0.0757	0.0498	0.0337	-0.1115	0.0865	0.1509	-0.0051	0.0567	0.1602	-0.0143	0.0626	17.6628	4.4214	29.5853
10	1.4645	-2.0929	-1.1288	3.0886	1.7824	1.1666	0.0631	0.0179	-0.0313	-0.1276	-0.0496	0.0251	-0.1295	-0.0543	-0.0136	0.0882	0.0009	0.0267	0.0309	0.0125	0.0198	13.2701	7.091	40.9179
11	0.2401	0.0797	0.0168	1.9361	-0.9853	0.519	0.06	0.0541	-0.0007	-0.0427	-0.0349	0.0487	0.0295	0.0443	-0.0251	0.0942	-0.0044	0.032	0.0601	0.0014	0.0192	-1.5659	3.7184	57.3993
12	1.4366	1.1797	0.1714	0.9689	0.1407	0.0205	-0.0068	0.0073	-0	-0.0029	0.0069	-0.0006	0.0003	0.0023	-0.0001	0.1282	0.0265	0.0233	0.0839	0.017	0.0178	14.2837	17.8661	61.6423
13	0.0341	0.0045	-0.0302	0.0013	-0.0034	0.0319	-0.0188	0.0018	-0.0274	-0.0001	-0.0029	-0.0077	0.0366	0.0032	0.0217	0.0978	0.0072	0.0129	0.0413	0.0098	0.052	11.3578	-0.8692	64.9408
14	0.5176	-0.2396	0.2536	0.1258	-0.2112	0.7232	0.0064	-0.0118	-0.0107	-0.0131	0.0113	0.0087	0.0659	-0.0407	-0.0177	0.0766	-0.0126	0.019	0.0314	-0.0019	0.022	13.5194	-13.6466	64.2927
15	0.7981	0.3076	-0.1288	0.1247	-0.0704	0.1066	0.0009	-0.0034	-0.0278	0.0213	-0.01	-0.0046	-0.0655	0.0228	0.0092	0.1243	-0.0028	0.0241	0.0507	-0.0222	0.0459	-5.0906	-4.8502	40.8733
16	0.2033	-0.0176	-0.0032	0.0136	-0.0293	0.0733	-0.0042	0.0086	-0.0417	-0.001	-0.0028	0.0011	0.0029	0.0118	0.007	0.0913	-0.0013	0.0134	0.033	-0.0046	0.023	10.8159	-9.8155	55.81
17	1.1131	0.3482	-0.4512	1.1091	-1.8625	3.1458	0.0132	0.0053	-0.0285	0.1435	-0.0841	-0.0419	-0.2447	0.1484	0.0709	0.1405	0.0018	0.0201	0.0095	0.0066	0.0106	26.2955	6.954	54.0825
18	0.1659	0.0844	-0.4366	0.3742	0.5359	2.8839	0.0625	-0.0167	0.0273	0.0243	0.0129	0.0097	-0.1781	0.0916	-0.0754	0.1071	0.004	0.015	0.0328	-0.0054	0.0409	-20.2572	-35.9961	0.3698
19	1.4929	0.0419	0.1678	1.0144	0.0392	0.0201	0.0916	-0.045	-0.2362	0.0751	-0.067	0.0045	0.0134	-0.0079	-0.0246	0.0934	-0.0075	0.0092	0.0558	-0.0013	0.0449	-14.4553	-39.0693	18.0856
20	2.6968	2.6817	-2.3102	3.0197	-1.7613	3.0456	0.0621	-0.1063	-0.1391	0.1213	-0.0684	-0.1259	-0.0346	0.0174	0.0063	0.0677	0.0183	0.0359	0.092	0.0705	0.0818	-14.2281	-39.5669	31.8045
21	2.4391	-1.119	0.1275	0.5157	-0.0593	0.0114	-0.1828	-0.5047	-0.5163	0.0878	0.2179	0.2281	-0.0345	-0.011	-0.0352	0.1656	-0.0425	0.0368	0.1723	0.1215	0.1486	-19.745	-36.4467	29.4602
22	0.9076	-0.0886	0.8139	0.9447	-0.266	0.7687	0.053	-0.0377	-0.0279	-0.0153	-0.0115	0.0957	0.0626	-0.0303	-0.0415	0.0817	-0.0056	0.0216	0.0345	0.0197	0.031	3.2276	-19.5932	22.4603
23	3.2015	1.0651	-0.9905	0.358	-0.3044	0.4855	0.0801	-0.159	0.0056	0.0319	-0.0559	-0.0029	0.031	0.0381	-0.0242	0.0783	0.0024	0.0361	0.0331	-0.0144	0.0729	-0.2588	-10.6079	19.4323
24	1.3026	0.291	0.3882	0.5179	0.189	0.1402	0.0161	-0.0508	-0.0549	0.041	-0.0095	0.0115	0.0116	-0.0213	-0.0066	0.0722	-0.0023	0.0202	0.0442	-0.0047	0.0294	-15.9988	-28.5008	21.4133
25	4.5712	-1.4844	-0.3078	4.2183	-2.0928	1.3076	-0.2075	-0.6263	-0.2173	0.084	0.2527	0.1688	0.0021	0.0127	-0.0452	0.1285	-0.0171	0.0281	0.1044	0.0257	0.0197	-10.5613	-30.349	37.5107
26	0.8953	0.0024	0.2047	0.0127	0.0001	0.0469	0.0287	-0.0668	-0.0581	0.0228	-0.0151	0.0037	0.0038	-0.0159	-0.0136	0.0967	0.0053	0.0169	0.0457	0.0067	0.0077	-26.0477	-29.875	14.0024
27	3.7081	-1.9904	-0.1633	2.181	1.5234	1.8607	-0.0195	-0.0876	-0.2034	0.0778	0.0483	0.0788	0.0766	0.0029	-0.0289	0.1397	-0.0118	0.0129	0.1259	0.0288	0.0417	-13.377	-42.3705	5.2014
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29	0.7382	0.4022	-0.5587	1.6206	-1.2227	1.0275	0.0076	-0.0286	0.04	-0.1441	-0.0211	-0.0473	0.0763	0.0295	0.0135	0.0974	-0.0108	0.0183	0.0524	-0.0098	0.008	-35.4525	-19.0872	21.6369
30	0.5232	-0.0638	0.2035	0.0158	-0.0219	0.0811	-0.0136	-0.0966	0.0159	0.0246	0.002	0.0045	0.008	-0.0385	0.0116	0.0962	-0.0068	0.0298	0.0426	-0.0074	0.0275	-25.1159	-21.8034	22.7849
31	0.348	0.4235	-0.0352	0.5195	-0.0451	0.0048	0.0159	-0.0139	0.0258	0.0209	-0.0209	0.017	-0.001	0.0037	0.005	0.0906	0.0032	0.0154	0.0577	0.0019	0.0586	-17.1102	-10.6189	9.4522
32	3.0433	-0.3527	0.2193	0.054	-0.0294	0.0175	-0.0079	0.3279	-0.478	0.0062	-0.0127	0.0011	0.0048	0.025	0.0206	0.1373	-0.0389	0.0487	0.0672	-0.018	0.3166	-1.724	-31.695	12.3976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	52 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	65 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	76 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	90 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	110 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	134 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	172 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	189 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	199 - 220
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	-2 - 14
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	15 - 51
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	52 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	90 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	134 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	199 - 220
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	1 - 15
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	16 - 51
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	52 - 67
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	68 - 89
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	90 - 109
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	110 - 133
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	134 - 171
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	172 - 188
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	189 - 220
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	-1 - 14
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	15 - 89
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	90 - 109
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	110 - 159
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	160 - 198
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	199 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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