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- PDB-7s0t: Structure of DNA polymerase zeta with mismatched DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s0t
タイトルStructure of DNA polymerase zeta with mismatched DNA
要素
  • (DNA polymerase delta ...) x 2
  • (DNA polymerase zeta ...) x 2
  • DNA (30-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA repair / DNA replication / translesion DNA synthesis / DNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication, removal of RNA primer / lagging strand elongation ...delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication, removal of RNA primer / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / error-free translesion synthesis / DNA metabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / double-strand break repair via homologous recombination / nucleotide-excision repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #430 / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 - #50 / DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase zeta catalytic subunit / : / DNA polymerase zeta catalytic subunit, N-terminal / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #430 / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 - #50 / DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase zeta catalytic subunit / : / DNA polymerase zeta catalytic subunit, N-terminal / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / 4-Layer Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / POL31 isoform 1 / DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase zeta processivity subunit / DNA polymerase delta subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Malik, R. / Ubarretxena, I.B. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-GM124047 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of translesion DNA synthesis polymerase ζ with a base pair mismatch.
著者: Radhika Malik / Robert E Johnson / Louise Prakash / Satya Prakash / Iban Ubarretxena-Belandia / Aneel K Aggarwal /
要旨: The B-family multi-subunit DNA polymerase ζ (Polζ) is important for translesion DNA synthesis (TLS) during replication, due to its ability to extend synthesis past nucleotides opposite DNA lesions ...The B-family multi-subunit DNA polymerase ζ (Polζ) is important for translesion DNA synthesis (TLS) during replication, due to its ability to extend synthesis past nucleotides opposite DNA lesions and mismatched base pairs. We present a cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Polζ with an A:C mismatch at the primer terminus. The structure shows how the Polζ active site responds to the mismatched duplex DNA distortion, including the loosening of key protein-DNA interactions and a fingers domain in an "open" conformation, while the incoming dCTP is still able to bind for the extension reaction. The structure of the mismatched DNA-Polζ ternary complex reveals insights into mechanisms that either stall or favor continued DNA synthesis in eukaryotes.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24793
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase zeta catalytic subunit
D: DNA polymerase zeta processivity subunit
E: DNA polymerase zeta processivity subunit
F: DNA polymerase delta small subunit
G: DNA polymerase delta subunit 3
P: DNA (30-MER)
T: DNA (30-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,34210
ポリマ－349,4837
非ポリマー8593
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA polymerase zeta ... , 2種, 3分子 ADE

#1: タンパク質 DNA polymerase zeta catalytic subunit / Protein reversionless 3


分子量: 177068.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: REV3, PSO1, YPL167C, P2535 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14284, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA polymerase zeta processivity subunit / Revertibility protein 7


分子量: 28791.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: REV7, YIL139C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38927

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DNA polymerase delta ... , 2種, 2分子 FG

#3: タンパク質 DNA polymerase delta small subunit / SX2_G0007820.mRNA.1.CDS.1


分子量: 55987.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3277, PACBIOSEQ_LOCUS3308 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTG9
#4: タンパク質 DNA polymerase delta subunit 3


分子量: 40377.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL32, YJR043C, J1626 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47110

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DNA鎖 , 1種, 2分子 PT

#5: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9232.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 34分子

#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of DNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: Vitreous ice
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 64.82 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120985 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00217507
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48623924
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.7842553
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422795
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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