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- PDB-7s0s: M. tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA bound to M. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s0s
タイトルM. tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA bound to M. smegmatis 50S ribosomal subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • ribosomal protein bL37
キーワードRIBOSOME / Methyltransferase / rRNA modification / 50S / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Haemolysin A /rRNA methyltransferase TlyA / : / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. ...Haemolysin A /rRNA methyltransferase TlyA / : / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / : / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L15 / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / : / : / : ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Laughlin, Z.T. / Dunham, C.M. / Conn, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI088025 米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: 50S subunit recognition and modification by the ribosomal RNA methyltransferase TlyA.
著者: Zane T Laughlin / Suparno Nandi / Debayan Dey / Natalia Zelinskaya / Marta A Witek / Pooja Srinivas / Ha An Nguyen / Emily G Kuiper / Lindsay R Comstock / Christine M Dunham / Graeme L Conn /
要旨: Changes in bacterial ribosomal RNA (rRNA) methylation status can alter the activity of diverse groups of ribosome-targeting antibiotics. These modifications are typically incorporated by a single ...Changes in bacterial ribosomal RNA (rRNA) methylation status can alter the activity of diverse groups of ribosome-targeting antibiotics. These modifications are typically incorporated by a single methyltransferase that acts on one nucleotide target and rRNA methylation directly prevents drug binding, thereby conferring drug resistance. Loss of intrinsic methylation can also result in antibiotic resistance. For example, Mycobacterium tuberculosis becomes sensitized to tuberactinomycin antibiotics, such as capreomycin and viomycin, due to the action of the intrinsic methyltransferase TlyA. TlyA is unique among antibiotic resistance-associated methyltransferases as it has dual 16S and 23S rRNA substrate specificity and can incorporate cytidine-2′-O-methylations within two structurally distinct contexts. Here, we report the structure of a mycobacterial 50S subunit-TlyA complex trapped in a postcatalytic state with a S-adenosyl-L-methionine analog using single-particle cryogenic electron microscopy. Together with complementary functional analyses, this structure reveals critical roles in 23S rRNA substrate recognition for conserved residues across an interaction surface that spans both TlyA domains. These interactions position the TlyA active site over the target nucleotide C2144, which is flipped from 23S Helix 69 in a process stabilized by stacking of TlyA residue Phe157 on the adjacent A2143. Base flipping may thus be a common strategy among rRNA methyltransferase enzymes, even in cases where the target site is accessible without such structural reorganization. Finally, functional studies with 30S subunit suggest that the same TlyA interaction surface is employed to recognize this second substrate, but with distinct dependencies on essential conserved residues.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: 50S subunit recognition and modification by the Mycobacterium tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA
著者: Laughlin, Z.T. / Nandi, S. / Dey, D. / Zelinskaya, N. / Witek, M.A. / Srinivas, P. / Nguyen, H.A. / Kuiper, E.G. / Comstock, L.R. / Dunham, C.M. / Conn, G.L.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging / Item: _em_imaging.nominal_defocus_min
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code ..._citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
3: ribosomal protein bL37
B: 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA
C: 23S rRNA
D: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
I: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L10
K: 50S ribosomal protein L11
L: 50S ribosomal protein L13
M: 50S ribosomal protein L14
N: 50S ribosomal protein L15
O: 50S ribosomal protein L16
P: 50S ribosomal protein L17
Q: 50S ribosomal protein L18
R: 50S ribosomal protein L19
S: 50S ribosomal protein L20
T: 50S ribosomal protein L21
U: 50S ribosomal protein L22
V: 50S ribosomal protein L23
W: 50S ribosomal protein L24
X: 50S ribosomal protein L25
Y: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S ribosomal protein L28
a: 50S ribosomal protein L29
b: 50S ribosomal protein L30
c: 50S ribosomal protein L32
d: 50S ribosomal protein L33
e: 50S ribosomal protein L34
f: 50S ribosomal protein L35
g: 50S ribosomal protein L36
h: 50S ribosomal protein L31
i: 5S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,494,187441
ポリマ－1,484,15535
非ポリマー10,032406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 Ci

#3: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1012532.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: GenBank: CP009494.1
#35: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: GenBank: 967054

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 DEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefgh

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30008.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H9F9
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22621.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H852
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22477.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H7R4
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20588.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HA71
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19165.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H902
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A653F9J9
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 13095.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H7F9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14109.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H7I7
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16015.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A653FEZ4
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HA57
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15383.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A653FF82
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15498.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H8A3
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13210.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HA74
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13580.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HAD5
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HUB6
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14035.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IFR3
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 10724.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IQ37
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12408.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: O06115
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10748.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H9F4
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 48-55 are not shown in model. Little to no density seen there.
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HA97
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 20331.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IY62
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8322.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IQ33
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6759.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HVA7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7590.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H9R7
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6761.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6HAE9
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6050.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IYP7
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5833.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6H541
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5391.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: P0C562
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7167.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IFR9
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL4
#34: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31


分子量: 5257.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0A0D6IUC0

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 3B

#1: タンパク質・ペプチド ribosomal protein bL37


分子量: 2710.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: LR222 C101A / 参照: UniProt: A0QTP4
#2: タンパク質 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / Cytotoxin / haemolysin homologue TlyA / Mutant TlyA


分子量: 29898.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: No density was seen for the His-tag and first three residues (MAR) of TlyA so they were not modeled.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: tlyA, C0094_09260, DSI38_13410, E5M05_15210, E5M52_14020, E5M78_14045, ERS007663_03298, ERS007720_00106, ERS007741_00698, ERS013471_00042, ERS023446_01647, ERS024276_00313, ERS027646_ ...遺伝子: tlyA, C0094_09260, DSI38_13410, E5M05_15210, E5M52_14020, E5M78_14045, ERS007663_03298, ERS007720_00106, ERS007741_00698, ERS013471_00042, ERS023446_01647, ERS024276_00313, ERS027646_00010, ERS027659_02052, ERS027661_00747, ERS094182_03076, F6W99_00251, GCL30_17265, SAMEA2683035_01391
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045KH60, 23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase

-
非ポリマー , 2種, 406分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 with SAM analog NM6.COMPLEXTlyA occupancy on 50S promoted by covalent modification of NM6 to modification site (C2144).#1-#2, #6, #8-#14, #16-#20, #22-#25, #27-#29, #31-#320MULTIPLE SOURCES
250SCOMPLEX#1, #3-#351NATURAL
3TlyACOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)1772LR222 C101A
33Mycobacterium tuberculosis (結核菌)1773
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 7 / 詳細: Both components dialyzed into this buffer
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
25 mMMagnesium Acetate1
32 mMAmmonium Chloride1
475 mMPotassium Chloride1
53 mMBeta-mercaptoethanol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 0.5 micromolar 50S, 5 micromolar TlyA, 10 micromolar NM6
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 3.0 or 3.3 second blot time allowed for sample

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50.79 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3364
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
11RELION3分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1016454
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129011 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15O60

5o60

5O601
23HP7

3hp7

B3HP72
35KYG

5kyg

B5KYG3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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