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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rzz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FBF-2 in complex with LST-1 site A peptide and compact FBE RNA | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / Pumilio RNA-binding proteins | ||||||
機能・相同性 | ![]() sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / G-protein alpha-subunit binding / mRNA 3'-UTR binding / regulation of gene expression / cell differentiation / negative regulation of translation / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiu, C. / Hall, T.M.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bipartite interaction sites differentially modulate RNA-binding affinity of a protein complex essential for germline stem cell self-renewal. 著者: Qiu, C. / Wine, R.N. / Campbell, Z.T. / Hall, T.M.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 228.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7s02C ![]() 3k5qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47019.055 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: fbf-2, F21H12.5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2872.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3979.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lst-1, CELE_T22A3.3, T22A3.3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% (v/v) PEG 400, 0.1 M CHES, pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→35.7 Å / Num. obs: 26102 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 42.65 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / Num. unique obs: 2118 / Rpim(I) all: 0.186 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3k5q 解像度: 2.39→35.7 Å / SU ML: 0.2743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.4784 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→35.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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