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- PDB-7rxu: Crystal structure of Cj1090c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rxu
タイトルCrystal structure of Cj1090c
要素Lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bacterial lipoprotein / LPS / LptE / Outer membrane
機能・相同性LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / outer membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Yeo, H.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationE-1616 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of Campylobacter jejuni lipoprotein Cj1090c.
著者: Paek, S. / Kawai, F. / Venisetty, N. / Kim, Y. / Yeo, H.J.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5303
ポリマ－17,3761
非ポリマー1542
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.071, 89.071, 118.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein


分子量: 17375.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: A4277_01250, A7M07_00410, A8118_01785, A8M99_00395, A9M03_02130, AZ817_04255, B5660_02510, B5946_02175, BBJ87_05465, BFD99_07545, BM409_03070, BWN12_01085, BZN49_00430, C1418_01685, C5M81_ ...遺伝子: A4277_01250, A7M07_00410, A8118_01785, A8M99_00395, A9M03_02130, AZ817_04255, B5660_02510, B5946_02175, BBJ87_05465, BFD99_07545, BM409_03070, BWN12_01085, BZN49_00430, C1418_01685, C5M81_04330, CAZ42_00395, CBW88_01330, CUT57_04850, CXE90_00065, D6H09_01620, DCB46_00240, DDV78_00275, DW573_04295, E5G70_01890, E7M04_02545, E7P31_00425, E8P01_00425, F0N28_01095, F1L44_00395, F1P05_04495, F1P94_03815, F3658_01355, F6069_04745, F6306_03525, F7843_04325, F7J55_02570, F7N67_01205, FM724_02000, FMI86_00510, FNW64_00425, FV854_00505, FW006_01825, FW073_02350, FW865_04530, FZ832_03995, FZ903_02320, GAU91_00760, GC764_01595, GHZ28_01110, GIF20_01850, GJO28_03750, GOY41_00395, GPY90_00420, GQ237_00185, GQV25_05720, GWF31_00500, GZ515_000638, GZ802_000127, YP14_03280
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1E7P3T3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, calcium acetate, glycerol, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 11050 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 67.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 11050

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→14.94 Å / SU ML: 0.2174 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 23.495 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 528 4.78 %
Rwork0.1988 10509 -
obs0.2006 11037 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1055 0 10 4 1069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00441089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57471467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8248903
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.640.28931290.24582455X-RAY DIFFRACTION94.03
2.64-3.020.26011330.24652631X-RAY DIFFRACTION99.75
3.02-3.790.27811310.2152680X-RAY DIFFRACTION99.68
3.79-14.940.20851350.17792743X-RAY DIFFRACTION96.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.667292364893.416945957011.515882733028.265442043750.1941065703875.37472330863-0.137648782329-0.2318502407110.2699747760150.5428891238670.152255597133-0.278344884834-0.810941344286-0.7738944869120.2199849408690.6593416179290.303368270654-0.002925233148870.6087932107070.01775028124580.49684979105336.06036582078.6962370157517.9294506817
24.938227138347.065529780660.8279648329654.731473979851.667058026182.256438694060.128222737327-0.00755822667180.2493047887610.3981180543950.2044354344450.387126889859-0.293093073696-0.145952317165-0.3182696689940.7840646017530.2898870309740.08746863774880.623083182885-0.03457249393920.66081974176640.69388594417.5303335418117.4601701088
38.04031778513-2.964446493791.557604138671.61108614059-2.482976152929.99308329952-1.274116840071.2703040318-0.03525007485220.5123881319870.208055754872-3.22711376251-2.175365857172.177884054620.5954158867371.50136045812-0.22018405857-0.2373344279441.244438280490.0669860540781.3673031933855.451066702617.884221055225.6653147435
44.04673191482-0.4234884605661.337288439275.922780802060.8640827344467.04787239896-0.17645299481-0.7793513426410.4603001497871.253990545370.0932008404579-0.0252274188789-0.232724427333-0.1169103915370.07183016360750.9533702086180.30109594114-0.02494659872050.738315080279-0.06567124145660.67788255856743.34789701547.5217861524829.2683388513
55.447817903743.75708873512.563623088474.602441081771.908504848747.066780274550.0335567768960.02702509509520.3114416615990.612107275151-0.222337914360.42855833804-0.175642365356-1.514585000190.3575804044190.6337311161110.2900636040470.07891172454670.857361339631-0.034595861040.57710362378730.90234425927.3307547170516.2270887437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 111 through 136 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 137 through 160 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 33 through 73 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 110 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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