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- PDB-7rx8: Structure of METTL3-METTL14(R298H) mutant methyltransferase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rx8
タイトルStructure of METTL3-METTL14(R298H) mutant methyltransferase complex
要素
  • N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit
  • N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / RNA methyltransferase complex / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of cap-independent translational initiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of cap-independent translational initiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing / forebrain radial glial cell differentiation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / oxidoreductase complex / S-adenosyl-L-methionine binding / gliogenesis / mRNA stabilization / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / mRNA modification / regulation of neuron differentiation / regulation of T cell differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / oogenesis / stem cell population maintenance / mRNA destabilization / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of translation / response to nutrient levels / circadian rhythm / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear speck / nuclear body / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase-like (MT-A70-like) family profile. / N6-adenosine-methyltransferase MT-A70-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.62) family profile. / MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N(6)-adenosine-methyltransferase catalytic subunit METTL3 / N(6)-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, P. / Nam, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of METTL3-METTL14(R298H) mutant methyltransferase complex
著者: Zhang, C. / Nam, Y.
履歴
登録2021年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit
B: N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2872
ポリマ－65,2872
非ポリマー00
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.483, 101.483, 117.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit / MT-A70 / Methyltransferase-like protein 3


分子量: 25732.504 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain residues 357-580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86U44, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 14 / hMETTL14


分子量: 39554.652 Da / 分子数: 1 / Mutation: R298H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HCE5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.0) and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 52967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 1.849→50 Å / Rmerge(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 5223

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5k7m

5k7m


解像度: 1.85→46.57 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 2514 4.86 %
Rwork0.1711 49219 -
obs0.1725 51733 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.42 Å2 / Biso mean: 28.3549 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3957 0 0 382 4339
Biso mean---30.75 -
残基数----485
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.880.2988930.27271900199369
1.88-1.920.27651340.22622549268392
1.92-1.970.2491480.21422699284798
1.97-2.010.25251490.19412719286899
2.01-2.060.19711530.182327422895100
2.06-2.120.22031320.179827592891100
2.12-2.180.23091240.174227752899100
2.18-2.250.2011420.174427852927100
2.25-2.330.2061410.162227522893100
2.33-2.420.1941250.162228012926100
2.42-2.530.20211450.172727712916100
2.53-2.670.19221430.166428092952100
2.67-2.830.19761560.177127702926100
2.83-3.050.22221450.181128122957100
3.05-3.360.18621290.173828262955100
3.36-3.850.22151480.153728362984100
3.85-4.840.16051600.139128743034100
4.85-46.570.18061470.174330403187100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.5807 Å / Origin y: 8.4596 Å / Origin z: -12.2584 Å
111213212223313233
T0.0757 Å20.0274 Å2-0.0104 Å2-0.1112 Å20.0017 Å2--0.1075 Å2
L0.8945 °20.1021 °2-0.4307 °2-1.0476 °20.5282 °2--2.1095 °2
S0.0239 Å °-0.241 Å °-0.0218 Å °0.1011 Å °0.0625 Å °-0.1279 Å °0.017 Å °0.2343 Å °-0.0474 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA369 - 569
2X-RAY DIFFRACTION1allB116 - 399
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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