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万見
- PDB-7rx5: Cryo-EM reconstruction of Form1-N2 nanotube (Form I like) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rx5
タイトルCryo-EM reconstruction of Form1-N2 nanotube (Form I like)
要素F1-N2 nanotube
キーワードDE NOVO PROTEIN / helical symmetry / peptide nanotube / self-assembly
生物種Synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, F. / Gnewou, O.M. / Solemanifar, A. / Xu, C. / Egelman, E.H. / Conticello, V.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-DMR-1533958 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
引用ジャーナル: Chem Rev / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM of Helical Polymers.
著者: Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Armin Solemanifar / Vincent P Conticello / Edward H Egelman /
要旨: While the application of cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to helical polymers in biology has a long history, due to the huge number of helical macromolecular assemblies in viruses, bacteria, ...While the application of cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to helical polymers in biology has a long history, due to the huge number of helical macromolecular assemblies in viruses, bacteria, archaea, and eukaryotes, the use of cryo-EM to study synthetic soft matter noncovalent polymers has been much more limited. This has mainly been due to the lack of familiarity with cryo-EM in the materials science and chemistry communities, in contrast to the fact that cryo-EM was developed as a biological technique. Nevertheless, the relatively few structures of self-assembled peptide nanotubes and ribbons solved at near-atomic resolution by cryo-EM have demonstrated that cryo-EM should be the method of choice for a structural analysis of synthetic helical filaments. In addition, cryo-EM has also demonstrated that the self-assembly of soft matter polymers has enormous potential for polymorphism, something that may be obscured by techniques such as scattering and spectroscopy. These cryo-EM structures have revealed how far we currently are from being able to predict the structure of these polymers due to their chaotic self-assembly behavior.
履歴
登録2021年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年9月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年9月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年9月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24725
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24725
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F1-N2 nanotube


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2561
ポリマ－3,2561
非ポリマー00
水00
1
A: F1-N2 nanotube
x 40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,22640
ポリマ－130,22640
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation39
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 2 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 40 / Rise per n subunits: 4.112 Å / Rotation per n subunits: -83.409 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド F1-N2 nanotube


分子量: 3255.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: F1-N2 nanotube / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -83.409 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.112 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000000 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029160
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.23212280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.141240
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0281400
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0011640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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