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万見
- PDB-7rwr: An RNA aptamer that decreases flavin redox potential -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rwr
タイトルAn RNA aptamer that decreases flavin redox potential
要素RNA (38-MER)
キーワードRNA / RNA aptamer
機能・相同性FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Gremminger, T. / Li, J. / Chen, S. / Heng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)NNX17AE88G 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: An RNA aptamer that shifts the reduction potential of metabolic cofactors.
著者: Samuelian, J.S. / Gremminger, T.J. / Song, Z. / Poudyal, R.R. / Li, J. / Zhou, Y. / Staller, S.A. / Carballo, J.A. / Roychowdhury-Saha, M. / Chen, S.J. / Burke, D.H. / Heng, X. / Baum, D.A.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6912
ポリマ－12,2341
非ポリマー4561
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Kd=191 +/- 66 nM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (38-MER)


分子量: 12234.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic12D 1H-1H NOESY
144isotropic12D 1H-1H NOESY
155isotropic12D 1H-1H NOESY
161isotropic12D 1H-1H COSY
276isotropic1HNN-COSY
2107isotropic1HNN-COSY
186isotropic1F1fF2f-NOESY
196isotropic1F2f-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM U-1H RNA (38-MER), 300 uM U-1H FMN, 100% D2OTx041-FMN100% D2O
solution2300 uM A-H, C-D, G-H, U-D RNA (38-MER), 300 uM U-1H FMN, 100% D2OAG-Tx041-FMN100% D2O
solution3300 uM A-H, C-H, G-D, U-D RNA (38-MER), 300 uM U-1H FMN, 100% D2OAC-Tx041-FMN100% D2O
solution4300 uM A-D, C-D, G-H, U-H RNA (38-MER), 300 uM U-H FMN, 100% D2OGU-Tx041-FMN100% D2O
solution5300 uM A-8D, C-H, G-H, U-5,6D2 RNA (38-MER), 300 uM U-1H FMN, 100% D2OA2rUrGC-Tx041-FMN100% D2O
solution6300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (38-MER), 300 uM U-1H FMN, 90% H2O/10% D2O13C/15N-Tx041-FMN90% H2O/10% D2O
solution7300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (38-MER), 300 uM dioxopyrimidine-13C4, 15N2 FMN, 90% H2O/10% D2O13C/15N-Tx041-13C/15N-FMN90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMRNA (38-MER)U-1H1
300 uMFMNU-1H1
300 uMRNA (38-MER)A-H, C-D, G-H, U-D2
300 uMFMNU-1H2
300 uMRNA (38-MER)A-H, C-H, G-D, U-D3
300 uMFMNU-1H3
300 uMRNA (38-MER)A-D, C-D, G-H, U-H4
300 uMFMNU-H4
300 uMRNA (38-MER)A-8D, C-H, G-H, U-5,6D25
300 uMFMNU-1H5
300 uMRNA (38-MER)[U-100% 13C; U-100% 15N]6
300 uMFMNU-1H6
300 uMRNA (38-MER)[U-100% 13C; U-100% 15N]7
300 uMFMNdioxopyrimidine-13C4, 15N27
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM MgCl2 mM308K7.51 atm308 K
220 mM MgCl2 mM283K6.51 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJJohnsonchemical shift assignment
NMRViewJJohnsonpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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