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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rvq | ||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI16 | ||||||
要素 | 3C-like proteinase | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / COVID-19 / SARS-CoV-2 / main protease / reversible covalent inhibitors / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / copper ion binding / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, K. / Liu, W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: A multi-pronged evaluation of aldehyde-based tripeptidyl main protease inhibitors as SARS-CoV-2 antivirals. 著者: Ma, Y. / Yang, K.S. / Geng, Z.Z. / Alugubelli, Y.R. / Shaabani, N. / Vatansever, E.C. / Ma, X.R. / Cho, C.C. / Khatua, K. / Xiao, J. / Blankenship, L.R. / Yu, G. / Sankaran, B. / Li, P. / ...著者: Ma, Y. / Yang, K.S. / Geng, Z.Z. / Alugubelli, Y.R. / Shaabani, N. / Vatansever, E.C. / Ma, X.R. / Cho, C.C. / Khatua, K. / Xiao, J. / Blankenship, L.R. / Yu, G. / Sankaran, B. / Li, P. / Allen, R. / Ji, H. / Xu, S. / Liu, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rvq.cif.gz | 139.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rvq.ent.gz | 106.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rvq_validation.pdf.gz | 784.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rvq_full_validation.pdf.gz | 789.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rvq_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rvq_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rvq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rvmC 7rvnC 7rvoC 7rvpC 7rvrC 7rvsC 7rvtC 7rvuC 7rvvC 7rvwC 7rvxC 7rvyC 7rvzC 7rw0C 7rw1C 7jpyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33857.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-7VW / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 17% w/v PEG3350, pH8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54374 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54374 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→24.91 Å / Num. obs: 13595 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 3.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.58 Å / Num. unique obs: 1309 / CC1/2: 0.501 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JPY 解像度: 2.48→24.91 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.65 Å2 / Biso mean: 50.3462 Å2 / Biso min: 22.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.48→24.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.1144 Å / Origin y: -4.6924 Å / Origin z: 0.3634 Å
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精密化 TLSグループ |
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