+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rul | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | I5R8 Mastoparano is a peptide synthetic, modified of Mastoparano (extracted from wasp venom) | ||||||
要素 | Mastoparan-L peptide | ||||||
キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / antimicrobial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 other organism cell membrane / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / 自然免疫系 / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vespula lewisii (クロスズメバチ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Alves, E.S.F. / Santos, B.P.O. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mastoparan I5R8, peptide antiviral derived of Mastoparan, venenon vesp. 著者: Alves, E.S.F. / Santos, B.P.O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rul.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7rul.ent.gz | 34.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rul.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7rul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7rul | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|---|
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1609.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vespula lewisii (クロスズメバチ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01514 |
---|---|
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 2 mM I5R8, 100 mM [U-98% 2H] SDS-D25, 5 % v/v [U-98% 2H] DSS, 90% H2O/10% D2O 詳細: A solution containing 2 mM of peptide was prepared in 100 mM of SDS-d25, 90:10 H2O/D2O and 5% of DSS, and the pH adjusted for 4.0. Label: I5R8 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||
試料状態 | 詳細: A solution containing 2 mM of peptide was prepared in 100 mM of SDS-d25, 90:10 H2O/D2O and 5% of DSS, and the pH adjusted for 4.0. イオン強度: neutral Not defined / Label: I5R8 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |