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- PDB-7ru7: Crystal structure of BtrK, a decarboxylase involved in butirosin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ru7
タイトルCrystal structure of BtrK, a decarboxylase involved in butirosin biosynthesis
要素L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
キーワードLYASE / carboxylase / PLP-dependent / aminoglycoside / butirosin
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / carboxy-lyase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / antibiotic biosynthetic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Arenas, L.A.R. / Paiva, F.C.R. / Huang, F. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)18/00351-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of BtrK, a decarboxylase involved in the (S)-4-amino-2-hydroxybutyrate (AHBA) formation during butirosin biosynthesis
著者: Rivas Arenas, L.A. / de Paiva, F.C. / de O.Rossini, N. / Li, Y. / Spencer, J. / Leadlay, P. / Dias, M.V.
履歴
登録2021年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3983
ポリマ－50,0451
非ポリマー3532
水6,179343
1
A: L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
ヘテロ分子

A: L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7966
ポリマ－100,0902
非ポリマー7074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_595-x,-y+4,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.912, 129.544, 45.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-760-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase / Butirosin biosynthesis protein K / BtrK


分子量: 50044.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 遺伝子: btrK
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q2L4H3, L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG400, 100 mM MES, 200 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.13 Å / Num. obs: 84831 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 1104496 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.4212.82.5545238440970.5520.7332.66198.8
7.67-48.1311.50.02670106120.9990.0080.02778.699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1-3865精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2J66

2j66


解像度: 1.4→45.72 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 4190 4.94 %
Rwork0.1771 80564 -
obs0.178 84754 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.15 Å2 / Biso mean: 31.0074 Å2 / Biso min: 15.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3217 0 22 343 3582
Biso mean--28.85 39.28 -
残基数----412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.420.32571290.32172622275198
1.42-1.430.34351370.304526412778100
1.43-1.450.31671410.298326352776100
1.45-1.470.27891310.278526842815100
1.47-1.490.27281540.269826222776100
1.49-1.510.27051240.258726702794100
1.51-1.530.2821460.251326702816100
1.53-1.550.27491420.238826272769100
1.55-1.580.26121320.234927052837100
1.58-1.60.21561400.218926282768100
1.6-1.630.25171210.205526802801100
1.63-1.660.24251470.210826272774100
1.66-1.690.23131240.210626842808100
1.69-1.730.1961300.192826692799100
1.73-1.760.22981340.185227062840100
1.76-1.810.20781420.189826372779100
1.81-1.850.19391580.175426832841100
1.85-1.90.22221360.175626682804100
1.9-1.960.19071240.171426732797100
1.96-2.020.19191550.17526682823100
2.02-2.090.18311540.169826972851100
2.09-2.180.17541220.166427172839100
2.18-2.280.18141340.172126832817100
2.28-2.390.18591610.170126922853100
2.4-2.540.19261330.179927112844100
2.55-2.740.21831460.173326932839100
2.74-3.020.1941600.173627272887100
3.02-3.450.18171500.163427312881100
3.45-4.350.16681350.151727802915100
4.35-45.720.1861480.171929343082100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8368 Å / Origin y: 275.0025 Å / Origin z: -31.6107 Å
111213212223313233
T0.1941 Å2-0.0137 Å2-0.0081 Å2-0.2028 Å2-0.0143 Å2--0.166 Å2
L0.6903 °2-0.3281 °2-0.0483 °2-1.2098 °2-0.1077 °2--0.2535 °2
S-0.0009 Å °0.0663 Å °0.0552 Å °-0.007 Å °-0.0183 Å °-0.1212 Å °0.0097 Å °0.0085 Å °0.0198 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 701
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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