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- PDB-7rtx: Actophorin grown in microgravity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rtx
タイトルActophorin grown in microgravity
要素Actophorin
キーワードMOTOR PROTEIN / microgravity
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament fragmentation / actin filament severing / actin filament binding / actin cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lieberman, R.L. / Quirk, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Improved resolution crystal structure of Acanthamoeba actophorin reveals structural plasticity not induced by microgravity.
著者: Quirk, S. / Lieberman, R.L.
履歴
登録2021年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actophorin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4441
ポリマ－15,4441
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.810, 45.800, 69.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Actophorin


分子量: 15444.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37167
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
解説: Long (1 - 2 mm) rectangular cuboids with the other dimensions on the order of 0.05 - 0.1 mm. Crystals grow at room temperature in 3-5 days.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mg/mL protein, 0.1 M MOPS, 16% Polyethylene glycol (8,000)
Temp details: 295 - 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→34.66 Å / Num. obs: 28851 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07705 / Net I/σ(I): 11.63
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / Rmerge(I) obs: 0.8745 / Num. unique obs: 1542 / CC1/2: 0.816

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AHQ

1ahq


解像度: 1.65→34.66 Å / SU ML: 0.2181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 1813 6.28 %
Rwork0.188 27038 -
obs0.1902 28851 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 0 108 1162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20151613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0828173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7436168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.37481390.33372121X-RAY DIFFRACTION99.56
1.69-1.740.30031460.27212109X-RAY DIFFRACTION99.87
1.74-1.80.29271420.24742105X-RAY DIFFRACTION99.78
1.8-1.870.25991400.2372107X-RAY DIFFRACTION99.29
1.87-1.940.28561430.21922091X-RAY DIFFRACTION98.76
1.94-2.030.28141390.22392113X-RAY DIFFRACTION99.03
2.03-2.130.23531390.20522074X-RAY DIFFRACTION97.75
2.14-2.270.26591300.19592021X-RAY DIFFRACTION95.26
2.27-2.440.211340.19212059X-RAY DIFFRACTION95.89
2.44-2.690.24611380.19892061X-RAY DIFFRACTION97.6
2.69-3.080.22911400.18512080X-RAY DIFFRACTION97.63
3.08-3.880.2011360.17382029X-RAY DIFFRACTION95.84
3.88-34.660.1821470.15312068X-RAY DIFFRACTION97.66
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.5995468693 Å / Origin y: -3.75962173343 Å / Origin z: 6.66320871658 Å
111213212223313233
T0.192253756523 Å2-0.0197741896044 Å20.0488613032694 Å2-0.17835042038 Å2-0.0178737883493 Å2--0.194075317424 Å2
L2.33239306194 °20.328343764902 °20.55202306089 °2-2.39724982192 °20.573772125872 °2--2.38911333542 °2
S0.129695356045 Å °-0.0928096030339 Å °0.170802646495 Å °0.0981841866569 Å °-0.0609745294551 Å °-0.00500495192901 Å °-0.107319282486 Å °-0.125265334761 Å °-0.069110503162 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 2 through 134)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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