[日本語] English
万見
- PDB-7rt7: Crystal structure of the RhsP2 C-terminal toxin domain in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rt7
タイトルCrystal structure of the RhsP2 C-terminal toxin domain in complex with its immunity protein, RhsI2
要素
  • RhsI2
  • RhsP2
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / Type Six Secretion System / Effector / Immunity / ADP-ribosyl transferase / RNA / Translation / Complex / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative Rhs family protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Bullen, N.P. / Prehna, G. / Whitney, J.C.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-175011 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04968 カナダ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: An ADP-ribosyltransferase toxin kills bacterial cells by modifying structured non-coding RNAs.
著者: Bullen, N.P. / Sychantha, D. / Thang, S.S. / Culviner, P.H. / Rudzite, M. / Ahmad, S. / Shah, V.S. / Filloux, A. / Prehna, G. / Whitney, J.C.
履歴
登録2021年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RhsP2
D: RhsI2
B: RhsP2
C: RhsI2
E: RhsP2
F: RhsI2
G: RhsP2
H: RhsI2
I: RhsP2
J: RhsI2
K: RhsP2
L: RhsI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,93515
ポリマ－201,56912
非ポリマー3663
水3,963220
1
A: RhsP2
D: RhsI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8394
ポリマ－33,5952
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RhsP2
C: RhsI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7173
ポリマ－33,5952
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: RhsP2
F: RhsI2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5952
ポリマ－33,5952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: RhsP2
H: RhsI2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5952
ポリマ－33,5952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: RhsP2
J: RhsI2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5952
ポリマ－33,5952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: RhsP2
L: RhsI2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5952
ポリマ－33,5952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.456, 112.456, 324.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

-
要素

#1: タンパク質
RhsP2


分子量: 17019.033 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal toxin domain (UNP residues 1473-1614) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_43100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2Z8A2
#2: タンパク質
RhsI2


分子量: 16575.777 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
遺伝子: DZ962_29645, IPC1164_23695, IPC737_11070, PA52Ts2_2703
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A367GXM0
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: 1.05 M sodium citrate, 0.1 M CHES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→97.39 Å / Num. obs: 83716 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / Num. unique obs: 4486 / CC1/2: 0.574

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→97.39 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 377.4 / 位相誤差: 22.7395
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 4262 5.09 %
Rwork0.1952 79454 -
obs0.201 83716 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→97.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13575 0 24 220 13819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003113853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.661618734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04312091
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00852419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.57041831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.540.27371940.24613796X-RAY DIFFRACTION92.25
2.54-2.580.30182290.24293894X-RAY DIFFRACTION94.42
2.58-2.630.2982030.23683948X-RAY DIFFRACTION95.11
2.63-2.690.30232330.24263895X-RAY DIFFRACTION94.33
2.69-2.750.30142440.23453915X-RAY DIFFRACTION94.13
2.75-2.810.26182080.23123935X-RAY DIFFRACTION94.98
2.81-2.880.29092070.22523945X-RAY DIFFRACTION95.01
2.88-2.960.29482050.22563951X-RAY DIFFRACTION95.07
2.96-3.040.23632150.22153937X-RAY DIFFRACTION94.82
3.04-3.140.27012030.21843937X-RAY DIFFRACTION95.1
3.14-3.260.27922120.21363925X-RAY DIFFRACTION94.88
3.26-3.390.22822080.20963991X-RAY DIFFRACTION95.05
3.39-3.540.22932040.20043965X-RAY DIFFRACTION95.11
3.54-3.730.22062120.18763979X-RAY DIFFRACTION94.94
3.73-3.960.22192120.18293969X-RAY DIFFRACTION94.93
3.96-4.260.22412070.16384008X-RAY DIFFRACTION95.09
4.27-4.690.16922180.154022X-RAY DIFFRACTION94.86
4.69-5.370.18372110.16364045X-RAY DIFFRACTION95.04
5.37-6.770.25062130.19944102X-RAY DIFFRACTION95.06
6.77-97.390.22432230.22734296X-RAY DIFFRACTION95.07

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る