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- PDB-7rsz: HIV-1 gp120 complex with CJF-II-204 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rsz
タイトルHIV-1 gp120 complex with CJF-II-204
要素HIV-1 gp120 Clade C1086
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / inhibitor
機能・相同性Chem-7IT / Chem-7IW
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Liang, S. / Hendrickson, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM116799 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of gp120 Residue His105 as a Novel Target for HIV-1 Neutralization by Small-Molecule CD4-Mimics.
著者: Fritschi, C.J. / Liang, S. / Mohammadi, M. / Anang, S. / Moraca, F. / Chen, J. / Madani, N. / Sodroski, J.G. / Abrams, C.F. / Hendrickson, W.A. / Smith 3rd, A.B.
履歴
登録2021年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HIV-1 gp120 Clade C1086
A: HIV-1 gp120 Clade C1086
C: HIV-1 gp120 Clade C1086
D: HIV-1 gp120 Clade C1086
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,28737
ポリマ－161,4774
非ポリマー9,81033
水86548
1
B: HIV-1 gp120 Clade C1086
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7679
ポリマ－40,3691
非ポリマー2,3978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: HIV-1 gp120 Clade C1086
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,98810
ポリマ－40,3691
非ポリマー2,6189
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HIV-1 gp120 Clade C1086
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7679
ポリマ－40,3691
非ポリマー2,3978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: HIV-1 gp120 Clade C1086
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7679
ポリマ－40,3691
非ポリマー2,3978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.049, 120.775, 195.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
HIV-1 gp120 Clade C1086


分子量: 40369.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-7IW / N~1~-{(1R,2R,3S)-2-(carbamimidamidomethyl)-3-[(3R)-3,4-dihydroxybutyl]-5-[(methylamino)methyl]-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl}-N~2~-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide


分子量: 535.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32ClFN6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-7IT / N~1~-{(1R,2R,3S)-2-(carbamimidamidomethyl)-3-[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]-5-[(methylamino)methyl]-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl}-N~2~-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide


分子量: 535.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32ClFN6O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 23% PEG 1500 (w/v), 0.1 M CaCl2, 0.1 M imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.9 Å / Num. obs: 43101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.25 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / Num. unique obs: 4401 / CC1/2: 0.457

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TGR

3tgr


解像度: 2.79→48.89 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 2157 5 %
Rwork0.2357 40944 -
obs0.2369 43101 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.04 Å2 / Biso mean: 63.2202 Å2 / Biso min: 16.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10508 0 646 48 11202
Biso mean--71.19 46.29 -
残基数----1340
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.79-2.860.36081290.34422537266694
2.86-2.930.35831200.310727192839100
2.93-3.010.35141400.301627182858100
3.01-3.090.31351390.285326862825100
3.09-3.190.30381680.273126812849100
3.19-3.310.31741430.266327102853100
3.31-3.440.31871180.268627562874100
3.44-3.60.28491440.245627042848100
3.6-3.790.28641400.233827352875100
3.79-4.020.27671370.233627302867100
4.02-4.330.24061500.217827252875100
4.33-4.770.22091480.191327602908100
4.77-5.460.21991570.196227662923100
5.46-6.880.25381470.237127892936100
6.88-48.890.20921770.224429283105100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16880.9047-0.22852.1542-1.47531.91680.2446-0.38410.29040.2354-0.0953-0.4383-0.50530.65370.00140.5045-0.0641-0.11530.525-0.03130.52337.509315.4025-13.5518
21.61970.8685-0.53960.96261.11650.32360.326-0.15410.04590.1062-0.4346-0.35190.02130.214500.5960.0505-0.00190.3910.01440.3657-12.488910.567-7.1652
31.2704-0.5955-0.68781.94090.63252.35480.14730.49790.0202-0.3837-0.0068-0.264-0.34110.3071-0.00070.4629-0.01060.00280.47690.01260.4391.718412.3325-29.8102
42.33160.294-0.21761.7417-1.09882.1444-0.05430.3848-0.1603-0.2019-0.08430.09820.2745-0.433400.4460.0462-0.05730.531-0.0480.3895-11.62366.3753-35.3793
51.3288-0.3024-1.16870.35780.45811.04010.0220.116-0.1068-0.01210.15120.1426-0.4253-0.71920.01660.49120.0693-0.00210.4833-0.01190.387-17.54259.2442-17.5642
62.26810.0329-0.5586-0.04140.09321.1125-0.0470.44650.29450.08430.0913-0.1682-0.28940.2410.01330.38930.0376-0.04090.3862-0.01710.37290.61737.2798-27.2818
71.3543-0.1060.3010.0907-1.4030.90870.53530.5283-0.062-0.0382-0.1868-0.71430.41930.7060.02010.73230.08330.13630.5647-0.05340.66283.3774-20.520112.0209
80.02010.8940.19511.87530.2820.7880.49930.0484-0.1583-0.2417-0.2404-0.24850.16960.10350.01440.4833-0.05590.09720.4718-0.07030.57837.7842-8.591520.9991
91.6998-0.59371.01260.61890.50641.2405-0.20230.4664-0.0904-0.6089-0.1057-0.3590.07550.0834-0.00950.5365-0.00570.00920.45730.01260.3698-13.9288-8.86459.9672
101.22810.33190.0811.7765-0.22312.2278-0.0449-0.2662-0.14360.11460.0898-0.33380.16190.17720.00040.38470.00240.02380.3734-0.01880.46342.1019-12.374229.7578
110.17630.6109-0.32980.7359-0.64941.14520.1356-0.6972-0.43740.39820.0368-0.06010.3901-0.30980.00150.460.1080.00950.7816-0.0620.4709-9.5325-12.780942.5564
122.0582-0.42160.54052.9073-1.65022.3974-0.1194-0.49360.12230.14310.09420.0014-0.1774-0.6108-0.01760.39560.02450.05340.5218-0.01450.328-15.7154-6.741332.0906
131.51980.50311.02750.08470.46592.64810.0276-0.4263-0.1315-0.0598-0.0248-0.0841-0.2482-0.02400.3721-0.02650.00540.3468-0.00170.4934-1.5334-6.748430.9383
141.8399-0.5598-0.66631.06710.95481.09150.0687-0.4695-0.49810.4784-0.03330.29870.493-0.3867-00.5901-0.08860.04850.57330.14870.5761-47.7376-18.2166-4.0006
151.78620.430.36080.9584-0.34341.1392-0.0123-0.5212-0.17850.16550.00010.21560.1307-0.3648-00.38830.01260.03770.44110.02340.5397-44.6163-16.2946-8.8595
162.0247-0.670.69582.0133-0.52843.3215-0.01780.6168-0.3764-0.29220.06760.14290.2687-0.125600.4061-0.03910.02630.4835-0.09690.5048-38.0873-17.7991-28.2741
171.28212.1174-0.3382.49920.43290.59-0.15530.2843-0.12910.16640.179-0.1920.07030.1951-0.05210.39670.06590.00320.4903-0.04170.4145-25.6705-12.3576-19.0246
182.3844-0.22840.53021.2941.12391.9669-0.04360.3174-0.23670.0791-0.08970.0670.0335-0.3555-0.00010.4005-0.03090.01760.452-0.00290.5613-45.2205-14.8493-20.4788
191.41631.12510.74810.9711-0.26360.62970.15350.37840.1624-0.3583-0.02550.192-0.1762-0.109600.77620.04510.01510.62240.04920.6531-50.108518.01457.1789
202.7275-0.3401-0.56021.526-0.94983.3086-0.09540.09590.0573-0.1460.19650.2736-0.0621-0.105400.5532-0.068-0.07560.3642-0.00340.4589-43.377114.48659.9866
210.70980.4764-0.83490.10580.06280.26760.08410.4167-0.0635-0.06790.11080.49010.0063-0.495400.55860.05240.00120.60280.02790.7354-54.940920.02816.173
223.4076-0.3004-0.71781.79980.3883.96150.1789-0.84630.33850.1381-0.04670.1138-0.32320.28420.01260.483-0.15350.04070.5844-0.15080.4786-39.670918.621631.8799
231.8925-0.0518-0.546-0.62150.15811.97560.2588-0.30760.4039-0.21090.0210.2485-0.42540.33290.00080.5685-0.06540.08750.3437-0.05170.4858-32.582713.357219.0238
240.7835-0.1010.29110.36790.05650.2240.0049-0.46710.19850.11880.13610.30280.0091-0.7074-00.6022-0.0447-0.00030.78910.01740.6183-50.754612.543923.0573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 49 through 115 )B49 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 116 through 215 )B116 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 216 through 352 )B216 - 352
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 353 through 412 )B353 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 413 through 442 )B413 - 442
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 443 through 491 )B443 - 491
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 48 through 83 )A48 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 84 through 115 )A84 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 116 through 215 )A116 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 216 through 327 )A216 - 327
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 328 through 352 )A328 - 352
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 353 through 442 )A353 - 442
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 443 through 491 )A443 - 491
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 48 through 115 )C48 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 116 through 258 )C116 - 258
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 259 through 405 )C259 - 405
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 406 through 442 )C406 - 442
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 443 through 492 )C443 - 492
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 49 through 115 )D49 - 115
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 116 through 235 )D116 - 235
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 236 through 258 )D236 - 258
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 259 through 421 )D259 - 421
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 422 through 456 )D422 - 456
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 457 through 491 )D457 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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