PDB-7rsz: HIV-1 gp120 complex with CJF-II-204

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rsz

タイトル

HIV-1 gp120 complex with CJF-II-204

要素

HIV-1 gp120 Clade C1086

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / inhibitor

機能・相同性

Chem-7IT / Chem-7IW

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Liang, S. / Hendrickson, W.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of gp120 Residue His105 as a Novel Target for HIV-1 Neutralization by Small-Molecule CD4-Mimics.
著者: Fritschi, C.J. / Liang, S. / Mohammadi, M. / Anang, S. / Moraca, F. / Chen, J. / Madani, N. / Sodroski, J.G. / Abrams, C.F. / Hendrickson, W.A. / Smith 3rd, A.B.

履歴

登録	2021年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rsz.cif.gz	556.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rsz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rsz_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rsz_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7rsz_validation.xml.gz	50 KB	表示
CIF形式データ	7rsz_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rsxC 7rsyC 3tgrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: HIV-1 gp120 Clade C1086

A: HIV-1 gp120 Clade C1086

C: HIV-1 gp120 Clade C1086

D: HIV-1 gp120 Clade C1086

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

B: HIV-1 gp120 Clade C1086

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.8 kDa, 1 ポリマー
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2

A: HIV-1 gp120 Clade C1086

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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3

C: HIV-1 gp120 Clade C1086

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: HIV-1 gp120 Clade C1086

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.049, 120.775, 195.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

HIV-1 gp120 Clade C1086

分子量: 40369.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-7IW / N~1~-{(1R,2R,3S)-2-(carbamimidamidomethyl)-3-[(3R)-3,4-dihydroxybutyl]-5-[(methylamino)methyl]-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl}-N~2~-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide

分子量: 535.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₂ClFN₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-7IT / N~1~-{(1R,2R,3S)-2-(carbamimidamidomethyl)-3-[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]-5-[(methylamino)methyl]-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl}-N~2~-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide

分子量: 535.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₂ClFN₆O₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 23% PEG 1500 (w/v), 0.1 M CaCl2, 0.1 M imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→48.9 Å / Num. obs: 43101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.25 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.91 Å / Num. unique obs: 4401 / CC_1/2: 0.457

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TGR

3tgr

解像度: 2.79→48.89 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	2157	5 %
R_work	0.2357	40944	-
obs	0.2369	43101	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.04 Å² / B_iso mean: 63.2202 Å² / B_iso min: 16.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.79→48.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10508	0	646	48	11202
B_iso mean	-	-	71.19	46.29	-
残基数	-	-	-	-	1340

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.79-2.86	0.3608	129	0.3442	2537	2666	94
2.86-2.93	0.3583	120	0.3107	2719	2839	100
2.93-3.01	0.3514	140	0.3016	2718	2858	100
3.01-3.09	0.3135	139	0.2853	2686	2825	100
3.09-3.19	0.3038	168	0.2731	2681	2849	100
3.19-3.31	0.3174	143	0.2663	2710	2853	100
3.31-3.44	0.3187	118	0.2686	2756	2874	100
3.44-3.6	0.2849	144	0.2456	2704	2848	100
3.6-3.79	0.2864	140	0.2338	2735	2875	100
3.79-4.02	0.2767	137	0.2336	2730	2867	100
4.02-4.33	0.2406	150	0.2178	2725	2875	100
4.33-4.77	0.2209	148	0.1913	2760	2908	100
4.77-5.46	0.2199	157	0.1962	2766	2923	100
5.46-6.88	0.2538	147	0.2371	2789	2936	100
6.88-48.89	0.2092	177	0.2244	2928	3105	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1688	0.9047	-0.2285	2.1542	-1.4753	1.9168	0.2446	-0.3841	0.2904	0.2354	-0.0953	-0.4383	-0.5053	0.6537	0.0014	0.5045	-0.0641	-0.1153	0.525	-0.0313	0.5233	7.5093	15.4025	-13.5518
2	1.6197	0.8685	-0.5396	0.9626	1.1165	0.3236	0.326	-0.1541	0.0459	0.1062	-0.4346	-0.3519	0.0213	0.2145	0	0.596	0.0505	-0.0019	0.391	0.0144	0.3657	-12.4889	10.567	-7.1652
3	1.2704	-0.5955	-0.6878	1.9409	0.6325	2.3548	0.1473	0.4979	0.0202	-0.3837	-0.0068	-0.264	-0.3411	0.3071	-0.0007	0.4629	-0.0106	0.0028	0.4769	0.0126	0.439	1.7184	12.3325	-29.8102
4	2.3316	0.294	-0.2176	1.7417	-1.0988	2.1444	-0.0543	0.3848	-0.1603	-0.2019	-0.0843	0.0982	0.2745	-0.4334	0	0.446	0.0462	-0.0573	0.531	-0.048	0.3895	-11.6236	6.3753	-35.3793
5	1.3288	-0.3024	-1.1687	0.3578	0.4581	1.0401	0.022	0.116	-0.1068	-0.0121	0.1512	0.1426	-0.4253	-0.7192	0.0166	0.4912	0.0693	-0.0021	0.4833	-0.0119	0.387	-17.5425	9.2442	-17.5642
6	2.2681	0.0329	-0.5586	-0.0414	0.0932	1.1125	-0.047	0.4465	0.2945	0.0843	0.0913	-0.1682	-0.2894	0.241	0.0133	0.3893	0.0376	-0.0409	0.3862	-0.0171	0.3729	0.6173	7.2798	-27.2818
7	1.3543	-0.106	0.301	0.0907	-1.403	0.9087	0.5353	0.5283	-0.062	-0.0382	-0.1868	-0.7143	0.4193	0.706	0.0201	0.7323	0.0833	0.1363	0.5647	-0.0534	0.6628	3.3774	-20.5201	12.0209
8	0.0201	0.894	0.1951	1.8753	0.282	0.788	0.4993	0.0484	-0.1583	-0.2417	-0.2404	-0.2485	0.1696	0.1035	0.0144	0.4833	-0.0559	0.0972	0.4718	-0.0703	0.5783	7.7842	-8.5915	20.9991
9	1.6998	-0.5937	1.0126	0.6189	0.5064	1.2405	-0.2023	0.4664	-0.0904	-0.6089	-0.1057	-0.359	0.0755	0.0834	-0.0095	0.5365	-0.0057	0.0092	0.4573	0.0126	0.3698	-13.9288	-8.8645	9.9672
10	1.2281	0.3319	0.081	1.7765	-0.2231	2.2278	-0.0449	-0.2662	-0.1436	0.1146	0.0898	-0.3338	0.1619	0.1772	0.0004	0.3847	0.0024	0.0238	0.3734	-0.0188	0.4634	2.1019	-12.3742	29.7578
11	0.1763	0.6109	-0.3298	0.7359	-0.6494	1.1452	0.1356	-0.6972	-0.4374	0.3982	0.0368	-0.0601	0.3901	-0.3098	0.0015	0.46	0.108	0.0095	0.7816	-0.062	0.4709	-9.5325	-12.7809	42.5564
12	2.0582	-0.4216	0.5405	2.9073	-1.6502	2.3974	-0.1194	-0.4936	0.1223	0.1431	0.0942	0.0014	-0.1774	-0.6108	-0.0176	0.3956	0.0245	0.0534	0.5218	-0.0145	0.328	-15.7154	-6.7413	32.0906
13	1.5198	0.5031	1.0275	0.0847	0.4659	2.6481	0.0276	-0.4263	-0.1315	-0.0598	-0.0248	-0.0841	-0.2482	-0.024	0	0.3721	-0.0265	0.0054	0.3468	-0.0017	0.4934	-1.5334	-6.7484	30.9383
14	1.8399	-0.5598	-0.6663	1.0671	0.9548	1.0915	0.0687	-0.4695	-0.4981	0.4784	-0.0333	0.2987	0.493	-0.3867	-0	0.5901	-0.0886	0.0485	0.5733	0.1487	0.5761	-47.7376	-18.2166	-4.0006
15	1.7862	0.43	0.3608	0.9584	-0.3434	1.1392	-0.0123	-0.5212	-0.1785	0.1655	0.0001	0.2156	0.1307	-0.3648	-0	0.3883	0.0126	0.0377	0.4411	0.0234	0.5397	-44.6163	-16.2946	-8.8595
16	2.0247	-0.67	0.6958	2.0133	-0.5284	3.3215	-0.0178	0.6168	-0.3764	-0.2922	0.0676	0.1429	0.2687	-0.1256	0	0.4061	-0.0391	0.0263	0.4835	-0.0969	0.5048	-38.0873	-17.7991	-28.2741
17	1.2821	2.1174	-0.338	2.4992	0.4329	0.59	-0.1553	0.2843	-0.1291	0.1664	0.179	-0.192	0.0703	0.1951	-0.0521	0.3967	0.0659	0.0032	0.4903	-0.0417	0.4145	-25.6705	-12.3576	-19.0246
18	2.3844	-0.2284	0.5302	1.294	1.1239	1.9669	-0.0436	0.3174	-0.2367	0.0791	-0.0897	0.067	0.0335	-0.3555	-0.0001	0.4005	-0.0309	0.0176	0.452	-0.0029	0.5613	-45.2205	-14.8493	-20.4788
19	1.4163	1.1251	0.7481	0.9711	-0.2636	0.6297	0.1535	0.3784	0.1624	-0.3583	-0.0255	0.192	-0.1762	-0.1096	0	0.7762	0.0451	0.0151	0.6224	0.0492	0.6531	-50.1085	18.0145	7.1789
20	2.7275	-0.3401	-0.5602	1.526	-0.9498	3.3086	-0.0954	0.0959	0.0573	-0.146	0.1965	0.2736	-0.0621	-0.1054	0	0.5532	-0.068	-0.0756	0.3642	-0.0034	0.4589	-43.3771	14.4865	9.9866
21	0.7098	0.4764	-0.8349	0.1058	0.0628	0.2676	0.0841	0.4167	-0.0635	-0.0679	0.1108	0.4901	0.0063	-0.4954	0	0.5586	0.0524	0.0012	0.6028	0.0279	0.7354	-54.9409	20.028	16.173
22	3.4076	-0.3004	-0.7178	1.7998	0.388	3.9615	0.1789	-0.8463	0.3385	0.1381	-0.0467	0.1138	-0.3232	0.2842	0.0126	0.483	-0.1535	0.0407	0.5844	-0.1508	0.4786	-39.6709	18.6216	31.8799
23	1.8925	-0.0518	-0.546	-0.6215	0.1581	1.9756	0.2588	-0.3076	0.4039	-0.2109	0.021	0.2485	-0.4254	0.3329	0.0008	0.5685	-0.0654	0.0875	0.3437	-0.0517	0.4858	-32.5827	13.3572	19.0238
24	0.7835	-0.101	0.2911	0.3679	0.0565	0.224	0.0049	-0.4671	0.1985	0.1188	0.1361	0.3028	0.0091	-0.7074	-0	0.6022	-0.0447	-0.0003	0.7891	0.0174	0.6183	-50.7546	12.5439	23.0573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 49 through 115 )	B	49 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 116 through 215 )	B	116 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 216 through 352 )	B	216 - 352
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 353 through 412 )	B	353 - 412
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 413 through 442 )	B	413 - 442
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 443 through 491 )	B	443 - 491
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 48 through 83 )	A	48 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 84 through 115 )	A	84 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 116 through 215 )	A	116 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 216 through 327 )	A	216 - 327
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 328 through 352 )	A	328 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 353 through 442 )	A	353 - 442
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 443 through 491 )	A	443 - 491
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 48 through 115 )	C	48 - 115
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 116 through 258 )	C	116 - 258
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 259 through 405 )	C	259 - 405
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 406 through 442 )	C	406 - 442
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 443 through 492 )	C	443 - 492
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 49 through 115 )	D	49 - 115
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 116 through 235 )	D	116 - 235
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 236 through 258 )	D	236 - 258
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 259 through 421 )	D	259 - 421
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 422 through 456 )	D	422 - 456
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 457 through 491 )	D	457 - 491

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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