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- PDB-7rsw: Crystal structure of group B human rotavirus VP8* -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rsw
タイトルCrystal structure of group B human rotavirus VP8*
要素
  • Outer capsid protein VP4
  • peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Rotavirus / capsid / glycan-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus B (ロタウイルス B)
Rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Hu, L. / Salmen, W. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI36040 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Novel fold of rotavirus glycan-binding domain predicted by AlphaFold2 and determined by X-ray crystallography.
著者: Hu, L. / Salmen, W. / Sankaran, B. / Lasanajak, Y. / Smith, D.F. / Crawford, S.E. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.V.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4963
ポリマ－37,4963
非ポリマー00
水5,134285
1
A: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6111
ポリマ－18,6111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6111
ポリマ－18,6111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: peptide


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 274 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2741
ポリマ－2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.277, 116.257, 31.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.537, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / Hemagglutinin


分子量: 18610.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rotavirus B (isolate RVB/Human/China/ADRV/1982) (ウイルス)
株: isolate RVB/Human/China/ADRV/1982 / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H0USR8
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 274.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus (ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 2000 MME, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→30.41 Å / Num. obs: 41757 / % possible obs: 82.69 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 13.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.03
反射 シェル解像度: 1.32→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 1675

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.32→30.41 Å / SU ML: 0.1577 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.1923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 2012 4.82 %
Rwork0.1573 39743 -
obs0.1598 41755 82.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→30.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 0 285 2199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00471947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83472653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0805330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.501261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.360.3463570.2287950X-RAY DIFFRACTION28.03
1.36-1.390.26931010.19511814X-RAY DIFFRACTION53.88
1.39-1.430.26931330.16482517X-RAY DIFFRACTION72.27
1.43-1.480.24831440.15782955X-RAY DIFFRACTION86.81
1.48-1.530.21741500.15043143X-RAY DIFFRACTION92.01
1.53-1.590.24671660.14993192X-RAY DIFFRACTION93.77
1.59-1.670.19291300.15083266X-RAY DIFFRACTION93.25
1.67-1.750.20611730.14843198X-RAY DIFFRACTION93.56
1.75-1.860.23781620.13993173X-RAY DIFFRACTION93.03
1.86-2.010.15441770.13393159X-RAY DIFFRACTION92.67
2.01-2.210.15821550.14123126X-RAY DIFFRACTION90.89
2.21-2.530.22691470.15373134X-RAY DIFFRACTION90.89
2.53-3.190.20661580.17343101X-RAY DIFFRACTION89.71
3.19-30.410.21531590.16773015X-RAY DIFFRACTION86.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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