PDB-7rso: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rso

タイトル

AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

要素

AMC016 gp120
AMC016 gp41
PGV04 Fab heavy chain
PGV04 kappa chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / Env / antibody / bnAb / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å

データ登録者

Bader, D.L.V. / Cottrell, C.A. / Ward, A.B.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P01 AI110657	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	UM1 AI144462	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	F31 AI131873	米国

引用

ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: The Glycan Hole Area of HIV-1 Envelope Trimers Contributes Prominently to the Induction of Autologous Neutralization.
著者: Anna Schorcht / Christopher A Cottrell / Pavel Pugach / Rajesh P Ringe / Alvin X Han / Joel D Allen / Tom L G M van den Kerkhof / Gemma E Seabright / Edith E Schermer / Thomas J Ketas / ...
要旨: The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) trimeric envelope glycoprotein (Env) is heavily glycosylated, creating a dense glycan shield that protects the underlying peptidic surface from ...The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) trimeric envelope glycoprotein (Env) is heavily glycosylated, creating a dense glycan shield that protects the underlying peptidic surface from antibody recognition. The absence of conserved glycans, due to missing potential N-linked glycosylation sites (PNGS), can result in strain-specific, autologous neutralizing antibody (NAb) responses. Here, we sought to gain a deeper understanding of the autologous neutralization by introducing holes in the otherwise dense glycan shields of the AMC011 and AMC016 SOSIP trimers. Specifically, when we knocked out the N130 and N289 glycans, which are absent from the well-characterized B41 SOSIP trimer, we observed stronger autologous NAb responses. We also analyzed the highly variable NAb responses induced in rabbits by diverse SOSIP trimers from subtypes A, B, and C. Statistical analysis, using linear regression, revealed that the cumulative area exposed on a trimer by glycan holes correlates with the magnitude of the autologous NAb response. Forty years after the first description of HIV-1, the search for a protective vaccine is still ongoing. The sole target for antibodies that can neutralize the virus are the trimeric envelope glycoproteins (Envs) located on the viral surface. The glycoprotein surface is covered with glycans that shield off the underlying protein components from recognition by the immune system. However, the Env trimers of some viral strains have holes in the glycan shield. Immunized animals developed antibodies against such glycan holes. These antibodies are generally strain specific. Here, we sought to gain a deeper understanding of what drives these specific immune responses. First, we show that strain-specific neutralizing antibody responses can be increased by creating artificial holes in the glycan shield. Second, when studying a diverse set of Env trimers with different characteristics, we found that the surface area of the glycan holes contributes prominently to the induction of strain-specific neutralizing antibodies.

履歴

登録	2021年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年1月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-24676 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-24676 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rso.cif.gz	518.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rso.ent.gz	440.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rso_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rso_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	7rso_validation.xml.gz	81.8 KB	表示
CIF形式データ	7rso_validation.cif.gz	119.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	24676MC 24675C 7rsnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vi0-d 5v8m-d 6vo3-d 6myy-d 21111 7rsn-d 11726 6nqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AMC016 gp120

B: AMC016 gp41

H: PGV04 Fab heavy chain

L: PGV04 kappa chain

C: AMC016 gp120

E: AMC016 gp41

D: AMC016 gp120

F: AMC016 gp41

G: PGV04 Fab heavy chain

J: PGV04 kappa chain

I: PGV04 Fab heavy chain

K: PGV04 kappa chain

ヘテロ分子

390 kDa, 12 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

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タンパク質 , 3種, 9分子 ACDBEFLJK

#1: タンパク質	AMC016 gp120 分子量: 54890.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	AMC016 gp41 分子量: 17311.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質	PGV04 kappa chain 分子量: 23073.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 1種, 3分子 HGI

#3: 抗体	PGV04 Fab heavy chain 分子量: 24759.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 81分子

#5: 多糖

...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#8: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#9: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結	装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3801
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 35

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	Leginon		画像取得
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
12	cryoSPARC	2	３次元再構成
19	Rosetta		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₃ (3回回転対称)

3次元再構成

解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77068 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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