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- PDB-7rrm: Structure of the human TMED1 (p24gamma1) Golgi dynamics Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rrm
タイトルStructure of the human TMED1 (p24gamma1) Golgi dynamics Domain
要素Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GOLD domain / cargo receptor / p24 family / early secretory pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


cargo receptor activity / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / intracellular protein transport / cell-cell signaling / signaling receptor binding / innate immune response ...cargo receptor activity / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / intracellular protein transport / cell-cell signaling / signaling receptor binding / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane emp24 domain-containing protein / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Mota, D.C.A.M. / Cardoso, I.A. / Mori, R.M. / Mendes, L.F.S. / Nonato, M.C. / Filho, A.J.C.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)306682/2018-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)2015/50366-7 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)134160/2018-5 ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2022
タイトル: Structural and thermodynamic analyses of human TMED1 (p24 gamma 1) Golgi dynamics.
著者: Mota, D.C.A.M. / Cardoso, I.A. / Mori, R.M. / Batista, M.R.B. / Basso, L.G.M. / Nonato, M.C. / Costa-Filho, A.J. / Mendes, L.F.S.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5335
ポリマ－44,3563
非ポリマー1772
水2,162120
1
C: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7484
ポリマ－29,5712
非ポリマー1772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1

B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5712
ポリマ－29,5712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)151.890, 151.890, 56.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane emp24 domain-containing protein 1 / Interleukin-1 receptor-like 1 ligand / Putative T1/ST2 receptor-binding protein / p24 family ...Interleukin-1 receptor-like 1 ligand / Putative T1/ST2 receptor-binding protein / p24 family protein gamma-1 / Tp24 / p24gamma1


分子量: 14785.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMED1, IL1RL1L, IL1RL1LG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q13445
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 8% (w/v) PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→45.16 Å / Num. obs: 41068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39.64 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.76
反射 シェル解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 39.69 % / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 6485 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSAPP3データ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GU5

5gu5


解像度: 1.72→45.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.842 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2054 5 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.1957 39014 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.71 Å2 / Biso mean: 36.356 Å2 / Biso min: 24.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 12 120 2408
Biso mean--57.56 43.86 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.6463278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2841.5715058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1625310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68424.701117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38615371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02542
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.762 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 148 -
Rwork0.351 2809 -
obs--98.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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