PDB-7rrd: IDO1 IN COMPLEX WITH COMPOUND S-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rrd

タイトル

IDO1 IN COMPLEX WITH COMPOUND S-1

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / INDOLEAMINE DIOXYGENASE / HEME / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Lesburg, C.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Oxetane promise delivered: discovery of long acting IDO1 inhibitors suitable for Q3W oral or parenteral dosing
著者: Li, D. / Sloman, D. / Achab, A. / Zhou, H. / McGowan, M. / White, C. / Gibeau, C. / Zhang, H. / Pu, Q. / Bharathan, I. / Hopkins, B. / Liu, K. / Ferguson, H. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / ...

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rrd.cif.gz	310.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rrd.ent.gz	254 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rrd_validation.pdf.gz	864.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rrd_full_validation.pdf.gz	866.2 KB	表示
XML形式データ	7rrd_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	7rrd_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.895, 95.125, 129.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 44355.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-6IZ / 3-[4-(1H-benzimidazol-2-yl)phenyl]-N-(4-fluorophenyl)oxetane-3-carboxamide 分子量: 387.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₈FN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 MM TRIS PH 8.0, 20% (W/V) PEG6000, 0.2 M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→76.63 Å / Num. obs: 27668 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 67.491 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.065 / R_sym value: 0.056 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 17.28
反射シェル	解像度: 2.76→3.01 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 6251 / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.495 / R_sym value: 0.434 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.76→76.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 31.041 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.798 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2613	719	2.6 %	RANDOM
R_work	0.2143	-	-	-
obs	0.2155	26949	99.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.49 Å² / B_iso mean: 71.635 Å² / B_iso min: 42.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.76→76.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5942	0	58	29	6029
B_iso mean	-	-	57.36	55.61	-
残基数	-	-	-	-	748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.092	1.974	8192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.898	3	12679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.183	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.805	23.992	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.814	15	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.134	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.126	0.2	5205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.074	0.2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.112	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.073	0.2	1

LS精密化シェル

解像度: 2.76→2.832 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	54	-
R_work	0.316	1966	-
all	-	2020	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.898	-0.2165	-0.4872	2.8236	0.1453	3.5414	-0.0279	0.1845	-0.2972	-0.0217	-0.1557	0.7023	0.0359	-0.855	0.1835	0.0242	0.0075	0.0096	0.4618	-0.0389	0.3548	42.611	45.555	18.534
2	3.0302	-0.386	-1.0505	1.3753	0.3255	1.9828	-0.0131	0.0116	-0.0977	-0.0023	-0.1683	0.1147	0.0404	-0.2884	0.1813	0.0129	0.0081	-0.0234	0.1277	-0.0252	0.1136	61.922	45.719	12.963
3	4.8215	-3.6889	-1.9529	6.7458	3.2954	5.1098	0.0032	-0.5474	0.1934	-0.0358	0.1396	-0.0616	-0.2378	0.3669	-0.1428	0.0337	-0.0311	-0.035	0.1187	-0.0055	0.1022	72.682	54.832	19.71
4	5.7026	0.2697	1.827	3.1784	0.1018	3.3724	-0.0853	0.6337	0.2933	-0.141	-0.0385	-0.1577	-0.0065	0.3404	0.1238	0.0249	-0.0326	-0.0553	0.1211	0.1277	0.223	90.629	22.249	26.876
5	4.8895	0.9359	2.5098	1.0237	0.4196	2.1255	-0.0169	-0.0174	0.1421	0.061	-0.1057	0.0558	-0.007	-0.0409	0.1226	0.0553	-0.0317	-0.0269	0.1075	0.0868	0.137	71.404	17.254	23.433
6	3.4414	-2.5112	1.9825	2.7916	-1.8838	4.8825	-0.2424	-1.1715	0.0456	0.4832	0.014	0.0369	0.1382	-1.508	0.2284	0.1718	-0.3444	0.0391	1.5157	-0.1075	0.286	60.818	13.08	34.644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	336 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	10 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	108 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	336 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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