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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rqt | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | THE B-DNA DODECAMER With HIGH RESOLUTION | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / Dodecamer | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | データ登録者 | Chen, C. / Huang, Z. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2022 | タイトル: 2'-beta-Selenium Atom on Thymidine to Control beta-Form DNA Conformation and Large Crystal Formation 著者: Chen, C. / Fang, Z. / Huang, Z. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rqt.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rqt.ent.gz | 16.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rqt_validation.pdf.gz | 378.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rqt_full_validation.pdf.gz | 378.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rqt_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rqt_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/7rqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/7rqt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 355dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2-Methyl-2,4-pentanedial, sodium cacodylate trihydrate, spermine tetrahydrochloride, sodium chloride, potassium chloride, magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.969 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.969 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 18494 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 253507 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 355D 解像度: 1.26→34.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 0.736 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.49 Å2 / Biso mean: 16.404 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.26→34.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.262→1.295 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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