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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rqf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of LbcA (lipoprotein binding partner of CtpA) of Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | TPR repeat-containing protein PA4667 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / LbcA / CtpA / lipoprotein binding / membrane | ||||||
機能・相同性 | Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / TPR repeat-containing protein PA4667 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hsu, H.C. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2022 タイトル: Pseudomonas aeruginosa C-Terminal Processing Protease CtpA Assembles into a Hexameric Structure That Requires Activation by a Spiral-Shaped Lipoprotein-Binding Partner. 著者: Hsu, H.C. / Wang, M. / Kovach, A. / Darwin, A.J. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rqf.cif.gz | 212.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rqf.ent.gz | 172.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rqf_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rqf_full_validation.pdf.gz | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rqf_validation.xml.gz | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rqf_validation.cif.gz | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/7rqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/7rqf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rpqC 7rqhC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61671.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA4667 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42810 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, and 1.9 M ammonium dihydrogen phosphate at a concentration of 45 mg/mL PH範囲: 4.4-4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→94.57 Å / Num. obs: 24325 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.69 Å / Num. unique obs: 3487 / CC1/2: 0.566 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→60.39 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→60.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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