PDB-7rpz: KRAS G12D in complex with MRTX-1133

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rpz

タイトル

KRAS G12D in complex with MRTX-1133

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Oncoprotein / G12D / GDP / GTPase / KRAS4B / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / Chem-6IC / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Gunn, R.J. / Thomas, N.C. / Xiaolun, W. / Lawson, J.D. / Marx, M.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of MRTX1133, a Noncovalent, Potent, and Selective KRAS G12D Inhibitor.
著者: Wang, X. / Allen, S. / Blake, J.F. / Bowcut, V. / Briere, D.M. / Calinisan, A. / Dahlke, J.R. / Fell, J.B. / Fischer, J.P. / Gunn, R.J. / Hallin, J. / Laguer, J. / Lawson, J.D. / Medwid, J. / ...

履歴

登録	2021年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rpz.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rpz.ent.gz	74.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rpz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rpz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7rpz_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	7rpz_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/7rpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/7rpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rt1C 7rt2C 7rt3C 7rt4C 7rt5C 6utoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gj8-d 3rs2-d 6n2j-d 6mbq-d 6mqt-6 4epr-d 6p8x-1 4np1-2 6mqt-2 6mqt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.868, 51.757, 89.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19364.730 Da / 分子数: 1 / 変異: G12D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-6IC / 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol / MRTX-1133 分子量: 600.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₁F₃N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Sodium Citrate pH 4.2,29% PEG 8K, 200 mM Ammonium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→40 Å / Num. obs: 45402 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 11.16 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 2100 / CC_1/2: 0.98 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UTO

6uto

解像度: 1.3→36.43 Å / SU ML: 0.102 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.3133
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1713	2186	4.85 %
R_work	0.1489	42910	-
obs	0.1499	45096	96.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1414	0	1	275	1690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0192	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6179	1972
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1029	218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0136	244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9362	547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.33	0.1725	116	0.1608	2567	X-RAY DIFFRACTION	92.9
1.33-1.36	0.1957	132	0.1522	2671	X-RAY DIFFRACTION	97.6
1.36-1.39	0.2002	137	0.1557	2603	X-RAY DIFFRACTION	97.09
1.39-1.43	0.2021	140	0.1541	2627	X-RAY DIFFRACTION	96.18
1.43-1.47	0.1899	129	0.1545	2579	X-RAY DIFFRACTION	94.22
1.47-1.52	0.1783	155	0.1444	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.52-1.57	0.1633	130	0.1378	2676	X-RAY DIFFRACTION	98.56
1.57-1.64	0.1818	164	0.1413	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.76
1.64-1.71	0.1741	117	0.1397	2690	X-RAY DIFFRACTION	97.8
1.71-1.8	0.177	131	0.1457	2724	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.8-1.91	0.1668	135	0.1485	2707	X-RAY DIFFRACTION	97.46
1.91-2.06	0.1713	126	0.1407	2663	X-RAY DIFFRACTION	96.07
2.06-2.27	0.188	138	0.1449	2741	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.27-2.6	0.1448	154	0.1579	2741	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.6-3.27	0.1938	148	0.1626	2767	X-RAY DIFFRACTION	97.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94813826452	0.110616902984	-0.49928470598	1.33218485786	-0.181159620005	1.31504575834	-0.0643249857868	-0.0168311455479	-0.080828890938	0.0203675597568	0.0400405080015	0.0455923666733	0.172784758961	-0.0358286266612	0.0386453300384	0.115468972074	-0.00639989463651	0.0113466945383	0.0671129993231	-0.00334839333922	0.0738814458397	-0.701836960605	-7.30008569891	-13.7249424604
2	1.16692513312	0.00862233108989	-0.71223899004	0.97284636641	-0.176542057239	1.67952157324	-0.133470163224	-0.0686534703282	-0.200917765831	0.0151220539391	0.0581663357749	-0.0659851964795	0.178704426968	0.0132210956871	0.101242962175	0.139839238036	0.00128641607856	0.0253468391446	0.0894107177783	0.00254045932502	0.114415886247	-1.56111090932	-12.3115639209	-13.8870657493
3	1.95606583859	-0.0594720161173	-0.0285172561425	1.76341444354	-0.391043773819	2.01537586146	-0.118152709579	0.351222482414	0.0135773899037	-0.57582356117	0.0615075287923	0.0614592552509	0.299632243633	-0.299600581666	-0.0332250527754	0.250882233014	-0.0359683830651	-0.00988018224461	0.169605012067	0.0019152046105	0.0997955838818	-3.3817781694	0.283096559433	-27.5219440932
4	1.54561094166	-0.167019786195	-0.167975744578	1.33058551411	-0.264839564534	1.79918968386	-0.00611614220393	0.0354132242055	0.114685543721	-0.0542665125114	0.0572026250013	-0.0209540219054	-0.162764770957	-0.0396660090618	-0.0437125968012	0.0905540623778	0.00823332690281	0.0194916352531	0.055573729209	-0.000674664481757	0.0814720357987	-1.29013854959	6.55229303448	-15.2623235649
5	1.0051099922	0.679522606417	-0.790249983486	1.38875609996	0.642968907677	2.74258578782	-0.112923163835	0.136739648005	0.442284530394	-0.120049237229	0.0587936669733	0.225967543383	-0.322748102548	-0.37952915934	0.0346628955314	0.113938250926	0.0134260552634	-0.0112288196813	0.116142704692	0.0305334910847	0.157695960821	-8.58010978861	4.53697510109	-12.6125978664
6	1.8695860402	-0.129828461563	-0.105520519622	0.913698522341	0.0345906929158	1.09330190147	0.0127606474457	-0.213056666466	0.0980369114069	0.0613083290582	0.0232294505627	-0.0299970240369	-0.0440039468137	0.0263369894127	-0.0281447345595	0.0772041008582	0.0103738116755	0.0102888889995	0.0998822920811	-0.00611711204086	0.0642979722248	-3.10282172742	1.16048026015	-4.39216873974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 105 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 169 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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