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万見
- PDB-7rpt: Crystal Structure of Protective Human Antibody 3A6 Fab Against Eb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rpt
タイトルCrystal Structure of Protective Human Antibody 3A6 Fab Against Ebola Virus
要素
  • 3A6 Fab heavy chain
  • 3A6 Fab light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Salie, Z.L. / Saphire, E.O. / Davis, C.W. / Ahmed, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protection against Ebola virus disease and neutralization mechanism of a survivor's anti-stalk/MPER antibody
著者: Salie, Z.L. / Saphire, E.O.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3A6 Fab heavy chain
B: 3A6 Fab light chain
C: 3A6 Fab heavy chain
D: 3A6 Fab light chain
E: 3A6 Fab heavy chain
F: 3A6 Fab light chain
G: 3A6 Fab heavy chain
H: 3A6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,1798
ポリマ－188,1798
非ポリマー00
水3,855214
1
A: 3A6 Fab heavy chain
B: 3A6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0452
ポリマ－47,0452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 3A6 Fab heavy chain
D: 3A6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0452
ポリマ－47,0452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 3A6 Fab heavy chain
F: 3A6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0452
ポリマ－47,0452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 3A6 Fab heavy chain
H: 3A6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0452
ポリマ－47,0452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.659, 65.674, 125.556
Angle α, β, γ (deg.)98.737, 91.366, 96.009
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 18 or resid 20...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1 through 18 or resid 20...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 1 through 18 or resid 20...
d_4ens_1(chain "G" and (resid 1 through 18 or resid 20...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 217 or (resid 218...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 217 or (resid 218...
d_3ens_2(chain "F" and (resid 1 through 217 or (resid 218...
d_4ens_2chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLULEUA1 - 18
d_12ens_1LEULEUA21
d_13ens_1CYSLEUA24 - 88
d_14ens_1ASPALAA92 - 95
d_15ens_1TYRSERA98 - 118
d_16ens_1ALAPROA120 - 125
d_17ens_1VALGLYA127 - 141
d_18ens_1LEUTYRA143 - 178
d_19ens_1LEULEUA180
d_110ens_1SERILEA183 - 198
d_111ens_1ASNLYSA200 - 217
d_21ens_1GLULEUC1 - 18
d_22ens_1LEULEUC21
d_23ens_1CYSLEUC24 - 88
d_24ens_1ASPALAC92 - 95
d_25ens_1TYRSERC97 - 117
d_26ens_1ALAPROC120 - 125
d_27ens_1VALGLYC128 - 142
d_28ens_1LEUTYRC144 - 179
d_29ens_1LEULEUC181
d_210ens_1SERILEC183 - 198
d_211ens_1ASNLYSC200 - 217
d_31ens_1GLULEUE1 - 18
d_32ens_1LEULEUE21
d_33ens_1CYSLEUE24 - 88
d_34ens_1ASPALAE92 - 95
d_35ens_1TYRSERE98 - 118
d_36ens_1ALAPROE120 - 125
d_37ens_1VALGLYE128 - 142
d_38ens_1LEUTYRE144 - 179
d_39ens_1LEULEUE182
d_310ens_1SERILEE184 - 199
d_311ens_1ASNLYSE201 - 218
d_41ens_1GLULEUG1 - 18
d_42ens_1LEULEUG21
d_43ens_1CYSLEUG24 - 88
d_44ens_1ASPALAG94 - 97
d_45ens_1TYRSERG100 - 120
d_46ens_1ALAPROG122 - 127
d_47ens_1VALGLYG129 - 143
d_48ens_1LEUTYRG147 - 182
d_49ens_1LEULEUG185
d_410ens_1SERILEG188 - 203
d_411ens_1ASNLYSG207 - 224
d_11ens_2ASPGLUB1 - 218
d_21ens_2ASPGLUD1 - 218
d_31ens_2ASPGLUF1 - 218
d_41ens_2ASPGLUH1 - 218

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999953470224, 0.00756471020315, -0.00598602923115), (0.00323885461003, -0.321232917115, -0.946994679384), (-0.00908664994533, -0.946970003813, 0.321193469223)-39.0114701264, -5.28922070846, 41.8774808598
2given(0.972166210955, 0.207312866584, 0.109152341364), (0.207084709777, -0.978229210125, 0.0135475250266), (0.109584584924, 0.00943333486001, -0.993932709463)3.61305919038, -32.3902028448, -6.17570820918
3given(-0.986165775283, -0.12239265315, -0.111790438387), (-0.145308798994, 0.313780043971, 0.938310948961), (-0.0797647578504, 0.94157427878, -0.327223869766)-36.9211523335, -53.3043650465, 72.1223645133
4given(-0.999897680917, -0.000431672768969, 0.0142982990741), (-0.0132801669558, -0.343474478842, -0.939068112306), (0.00531647095508, -0.939161911516, 0.343433602162)-39.4122245132, -6.11069139755, 42.1962682996
5given(0.971327220451, 0.207552745607, 0.115953820992), (0.208997341666, -0.977916160412, -0.000307216219027), (0.113329351839, 0.0245324478193, -0.993254558014)3.56492293667, -32.0920014454, -5.68633055525
6given(-0.981377313923, -0.138946301796, -0.132636695281), (-0.170921367272, 0.316531421802, 0.933056131871), (-0.0876610171511, 0.938350565742, -0.33438564838)-36.7471451563, -53.744266801, 71.8480591312

-
要素

#1: 抗体
3A6 Fab heavy chain


分子量: 23047.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
3A6 Fab light chain


分子量: 23996.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG400, 0.1M HEPES:NaOH, pH7.5 and 0.2M Calcium Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→123.998 Å / Num. obs: 38276 / % possible obs: 78.1 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.733 Å / Num. unique obs: 1915 / CC1/2: 0.525

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SWISS Model

解像度: 2.5→43.51 Å / SU ML: 0.3004 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.9143
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1968 5.15 %
Rwork0.198 36222 -
obs0.2008 38190 65.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13007 0 0 214 13221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013513492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.669818360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.18132065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00522370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.10074891
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.761137599348
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.756587436276
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.962306567625
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10564098797
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.985167126848
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25683937402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.570.3908170.2952229X-RAY DIFFRACTION5.97
2.57-2.640.3104220.29443X-RAY DIFFRACTION11.22
2.64-2.710.3415520.2673852X-RAY DIFFRACTION21.79
2.71-2.80.3854750.27241431X-RAY DIFFRACTION36.72
2.8-2.90.35271190.27422187X-RAY DIFFRACTION55.58
2.9-3.020.33131480.26192843X-RAY DIFFRACTION72.11
3.02-3.150.32521640.23713291X-RAY DIFFRACTION82.26
3.15-3.320.2932010.22353437X-RAY DIFFRACTION89.12
3.32-3.530.2672030.20223622X-RAY DIFFRACTION92.93
3.53-3.80.23241920.18693683X-RAY DIFFRACTION92.68
3.8-4.180.23562010.17683563X-RAY DIFFRACTION91.01
4.18-4.790.20151860.15933546X-RAY DIFFRACTION90.45
4.79-6.030.21762050.16633563X-RAY DIFFRACTION90.45
6.03-43.510.23021830.19813532X-RAY DIFFRACTION90.1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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