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万見
- PDB-7rox: BthTX-I complexed with inhibitor MMV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rox
タイトルBthTX-I complexed with inhibitor MMV
要素Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
キーワードTOXIN / BthTX-I / phospholipase A2-like protein / 12-methoxy-4-methylvoachalotine (MMV) / Tabernaemontana catharinensis / Bothrops jararacussu
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
12-methoxy-Nb-methylvoachalotine / Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops jararacussu (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Borges, R.J. / De Marino, I. / Uson, I. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)16/24191-8 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)302883/2017-7 ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Structural and functional studies of a snake venom phospholipase A 2 -like protein complexed to an inhibitor from Tabernaemontana catharinensis.
著者: Borges, R.J. / Cardoso, F.F. / de Carvalho, C. / de Marino, I. / Pereira, P.S. / Soares, A.M. / Dal-Pai-Silva, M. / Uson, I. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
B: Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9183
ポリマ－27,5062
非ポリマー4121
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.920, 104.920, 64.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-256-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I / Bothropstoxin I / BthTx-I / BtxtxI / svPLA2 homolog / BOJU-I / Myotoxic phospholipase A2-like / ...Bothropstoxin I / BthTx-I / BtxtxI / svPLA2 homolog / BOJU-I / Myotoxic phospholipase A2-like / Phospholipase A2 homolog 1


分子量: 13753.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops jararacussu (ヘビ) / 参照: UniProt: Q90249, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-85O / 12-methoxy-Nb-methylvoachalotine


分子量: 411.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 20% PEG4000, 22% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.439 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.439 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→26.28 Å / Num. obs: 24142 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique obs: 1959 / CC1/2: 0.313 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.354 / Χ2: 1.34 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLM7.3.0データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wtb

4wtb


解像度: 2.1→26.23 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 17.9 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 1227 5.09 %
Rwork0.1672 --
obs0.179 24101 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 30 238 2078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.782532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.418283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004325
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.29071180.23472510X-RAY DIFFRACTION95
2.18-2.280.21191380.20682508X-RAY DIFFRACTION94
2.28-2.40.25551150.19192508X-RAY DIFFRACTION95
2.4-2.550.21821480.1852533X-RAY DIFFRACTION94
2.55-2.750.19591420.18012517X-RAY DIFFRACTION95
2.75-3.030.20111560.1662523X-RAY DIFFRACTION94
3.03-3.460.18091280.16332545X-RAY DIFFRACTION95
3.47-4.360.20461300.15842607X-RAY DIFFRACTION95
4.36-26.230.19341510.17292624X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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