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- PDB-7rom: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae NADH-cytochrome b5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rom
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae NADH-cytochrome b5 reductase 1 (Cbr1) fragment (residues 28-284) bound to FAD
要素NADH-cytochrome b5 reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin C (ascorbate) metabolism / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / cytochrome-b5 reductase / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / Platelet degranulation / NADH dehydrogenase activity / Neutrophil degranulation ...Vitamin C (ascorbate) metabolism / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / cytochrome-b5 reductase / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / Platelet degranulation / NADH dehydrogenase activity / Neutrophil degranulation / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADH:cytochrome b5 reductase-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / NADH-cytochrome b5 reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Zhang, Y. / Lin, H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK107868-04 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124165-01 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021527 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae NADH-cytochrome b5 reductase 1 (Cbr1) fragment (residues 28-284) bound to FAD
著者: Fenwick, M.K. / Lin, H.
履歴
登録2021年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-cytochrome b5 reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2227
ポリマ－29,0301
非ポリマー1,1926
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.225, 72.225, 114.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NADH-cytochrome b5 reductase 1 / Microsomal cytochrome b reductase / P35


分子量: 29029.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CBR1, CBR, CBR5, YIL043C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38626, cytochrome-b5 reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350 and 200 mM sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.65 Å / Num. obs: 36978 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 23.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 322326 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.688.90.5761621618160.870.2030.6123.5100
9.04-46.657.40.03219622640.9990.0120.03448.296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EIX

2eix


解像度: 1.65→46.65 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 1839 4.98 %
Rwork0.1553 35110 -
obs0.1569 36949 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.12 Å2 / Biso mean: 26.8104 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 76 435 2494
Biso mean--21.75 38.3 -
残基数----255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.690.26341370.215726562793100
1.69-1.740.25171450.202126562801100
1.74-1.80.33031150.243727132828100
1.8-1.870.30521440.222926532797100
1.87-1.940.21081430.179126842827100
1.94-2.030.19191370.163826802817100
2.03-2.140.21521630.170826722835100
2.14-2.270.20531210.17332705282699
2.27-2.440.18911490.15582685283499
2.44-2.690.19461410.15362718285999
2.69-3.080.17551550.15432703285899
3.08-3.880.16691500.13292727287798
3.88-46.650.15131390.13292858299796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60171.1208-0.92815.0305-1.38741.41680.00170.20370.1837-0.28850.1645-0.0222-0.11920.0632-0.17470.16-0.03270.01020.1872-0.04470.192238.956512.866635.5167
21.5768-1.144-0.022.02630.25230.8490.00720.06790.1337-0.02070.0479-0.2623-0.11270.183-0.05290.1656-0.02460.01410.1593-0.00760.135334.56619.887734.3352
31.0067-1.0591.08113.5337-2.29223.1694-0.0489-0.05520.0410.18320.06340.0279-0.1426-0.038-0.01260.14010.00340.01390.1199-0.01340.13319.604310.090748.0388
41.93130.56220.08143.3618-2.62444.6511-0.07470.1754-0.0494-0.22010.17610.27060.3506-0.3292-0.06690.1843-0.03850.0020.1342-0.01630.205312.3185-0.574738.0388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 61 )A30 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 147 )A62 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 223 )A148 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 224 through 284 )A224 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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