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- PDB-7rmw: Crystal structure of B. subtilis PurR bound to ppGpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rmw
タイトルCrystal structure of B. subtilis PurR bound to ppGpp
要素Pur operon repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PurR / ppGpp / transcription / regulator / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of purine nucleobase metabolic process / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Pur operon repressor / Bacterial purine repressor, N-terminal / Bacterial purine repressor, N-terminal / : / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Pur operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The nucleotide messenger (p)ppGpp is an anti-inducer of the purine synthesis transcription regulator PurR in Bacillus.
著者: Anderson, B.W. / Schumacher, M.A. / Yang, J. / Turdiev, A. / Turdiev, H. / Schroeder, J.W. / He, Q. / Lee, V.T. / Brennan, R.G. / Wang, J.D.
履歴
登録2021年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pur operon repressor
B: Pur operon repressor
C: Pur operon repressor
D: Pur operon repressor
E: Pur operon repressor
F: Pur operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,97810
ポリマ－187,5656
非ポリマー2,4134
水1,72996
1
A: Pur operon repressor
B: Pur operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7284
ポリマ－62,5222
非ポリマー1,2062
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22980 Å2
手法PISA
2
C: Pur operon repressor
D: Pur operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1253
ポリマ－62,5222
非ポリマー6031
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
3
E: Pur operon repressor
F: Pur operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1253
ポリマ－62,5222
非ポリマー6031
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.264, 90.969, 98.708
Angle α, β, γ (deg.)62.750, 75.360, 78.530
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pur operon repressor


分子量: 31260.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: purR, B4122_4510, B4417_1788, BS16045_00058, CFD21_22225, ETA10_00295, ETL41_13190, FAL52_19670, FIU26_15290, SC09_Contig28orf00392
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063X7Y1
#2: 化合物
ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 18% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→80.5 Å / Num. obs: 62863 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.039 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.277 / Rsym value: 0.377

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P4A

1p4a


解像度: 2.45→80.494 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 1725 2.74 %
Rwork0.1945 61138 -
obs0.1957 62863 95.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 343.81 Å2 / Biso mean: 79.7247 Å2 / Biso min: 24.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→80.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12178 0 144 96 12418
Biso mean--176.62 67.65 -
残基数----1581
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.52210.30481300.2764459885
2.5221-2.60350.31481450.2513516496
2.6035-2.69660.27981440.2405511597
2.6966-2.80450.28551460.234515196
2.8045-2.93220.30211460.2467515496
2.9322-3.08680.31731460.2499519797
3.0868-3.28020.29391460.2444519497
3.2802-3.53350.30691470.2201518397
3.5335-3.8890.26141430.1922508296
3.889-4.45180.19851440.1677511295
4.4518-5.60850.18451450.16513096
5.6085-80.4940.20871430.1685505895
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.3248 Å / Origin y: -75.7119 Å / Origin z: -39.5334 Å
111213212223313233
T0.2704 Å2-0.0018 Å2-0.0251 Å2-0.3205 Å2-0.001 Å2--0.2933 Å2
L0.1315 °20.0542 °2-0.0721 °2-0.4223 °2-0.0249 °2--0.2102 °2
S0.0147 Å °0.0047 Å °0.0179 Å °-0.0061 Å °-0.0223 Å °-0.0361 Å °0.0754 Å °-0.0334 Å °-0.0068 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 275
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 273
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 274
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 274
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 274
6X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 273
7X-RAY DIFFRACTION1allM301
8X-RAY DIFFRACTION1allT302
9X-RAY DIFFRACTION1allZ305
10X-RAY DIFFRACTION1allY303
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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